Table showing results for April 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8GKG	40183	2024-04-09	2023-03-18	4.38	3.94	4.39	4.9	0.002	0.54	0.0	0.04	12.43	0.00	2.293	5.72	0.00	16.3	83.5	0.2	-2.00	0.45	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17160	2700	5	0	0	0	0	logfile
✘	8GK4	40179	2024-04-11	2023-03-17	3.12	3.67	3.28	3.6	0.007	1.28	0.0	0.09	11.44	0.01	2.324	8.40	2.37	2.4	97.5	0.0	0.46	0.70	0.73	1.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23911	3094	3	0	1	0	0	logfile
✘	8iQi	35671	2024-04-16	2023-03-16	3.32	3.73	3.31	3.3	0.007	0.94	0.0	0.06	13.72	0.01	1.618	2.97	0.64	2.6	97.4	0.0	1.31	0.87	0.82	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40432	5488	13	10	10	0	0	logfile
✘	8Gi1	40059	2024-04-07	2023-03-13	3.65	3.39	3.63	3.8	0.017	1.44	12.0	0.10	11.69	0.01	1.301	10.30	0.86	4.1	95.9	0.0	1.00	0.61	0.69	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9704	1152	8	0	0	0	0	logfile
✘	8GGT	40020	2024-04-05	2023-03-08	3.5	3.61	3.44	3.7	0.004	0.70	0.0	0.04	13.41	0.00	2.240	4.15	0.00	2.5	97.5	0.0	1.88	0.49	0.81	2.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2105	281	2	0	1	0	0	logfile
✘	8iN8	35592	2024-04-06	2023-03-08	3.0	3.19	3.04	3.2	0.003	0.62	0.0	0.04	21.50	0.01	1.950	10.16	3.63	6.1	93.7	0.1	-0.30	0.71	0.75	1.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6663	724	5	47	1	0	0	logfile
✘	8GFA	29983	2024-04-16	2023-03-07	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36679	2124	12	0	46	105	17380	logfile
✘	8iMY	35576	2024-04-10	2023-03-07	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19986	2393	13	0	39	0	0	logfile
✘	8iMX	35575	2024-04-10	2023-03-07	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19779	2402	15	0	31	0	0	logfile
✘	8GED	29966	2024-04-06	2023-03-06	3.5	3.89	3.70	3.9	0.003	0.48	0.0	0.04	12.40	0.00	2.251	7.07	0.00	1.4	98.6	0.0	1.82	0.71	0.78	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6505	946	5	0	1	0	0	logfile
✘	8iLR	35543	2024-04-07	2023-03-04	3.05	3.24	3.08	3.3	0.003	0.45	1.0	0.04	15.95	0.00	1.967	27.72	0.35	4.5	95.5	0.1	0.10	0.73	0.82	2.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10374	1253	3	0	1	7	0	logfile
✘	8GCE	29932	2024-04-08	2023-03-01	3.12	3.35	3.13	3.5	0.007	1.15	15.0	0.08	16.74	0.02	1.584	31.98	3.38	9.6	88.8	1.6	-2.30	0.63	0.57	1.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12343	1588	7	0	17	0	0	logfile
✘	8iJB	35484	2024-04-06	2023-02-27	3.23	3.78	1.14	3.6	0.006	1.54	20.0	0.11	19.14	0.02	1.921	16.10	8.31	8.3	91.4	0.3	-1.26	0.65	0.80	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8842	1136	6	0	1	0	0	logfile
✘	8GAE	29895	2024-04-15	2023-02-22	3.3	4.66	3.24	2.4	0.016	2.11	27.0	0.12	14.87	0.02	1.904	1.55	0.05	2.0	98.0	0.0	-1.76	0.92	0.81	2.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35378	2175	8	0	8	0	17630	logfile
✘	8GA8	29892	2024-04-11	2023-02-22	3.5	3.70	3.49	3.7	0.003	0.54	0.0	0.04	17.43	0.00	2.028	11.33	0.33	2.6	97.4	0.0	0.98	0.70	0.69	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22011	2675	12	0	2	0	0	logfile
✘	8iFC	35412	2024-04-15	2023-02-17	2.9	2.92	2.87	2.9	0.008	0.64	0.0	0.04	23.41	0.02	1.672	13.72	3.37	4.4	95.6	0.0	0.30	0.54	0.79	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	142560	5585	72	4554	490	0	0	logfile
✘	8G6Y	29788	2024-04-14	2023-02-16	2.09	1.85	2.01	1.9	0.007	0.87	0.0	0.05	23.23	0.02	1.446	5.72	3.72	3.5	96.3	0.2	-1.60	0.73	0.86	6.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	93683	3175	69	3037	250	3460	0	logfile
✘	8G7S	29822	2024-04-16	2023-02-16	3.1	3.84	3.12	3.3	0.007	0.63	0.0	0.04	22.60	0.02	1.438	5.30	0.02	4.1	95.8	0.0	-1.21	0.83	0.76	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	145316	5551	86	4703	570	219	0	logfile
✘	8G6X	29787	2024-04-14	2023-02-16	2.31	1.96	2.20	2.0	0.011	0.97	0.0	0.06	23.48	0.02	1.474	7.58	5.85	4.1	95.8	0.2	-2.02	0.68	0.83	5.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	93873	3177	72	3037	252	3462	0	logfile
✘	8G7N	29817	2024-04-08	2023-02-16	2.7	2.83	2.69	2.8	0.003	0.57	0.0	0.05	13.36	0.00	2.109	2.56	0.20	1.0	99.0	0.0	1.66	0.77	0.85	3.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	66108	8778	42	0	42	0	0	logfile

• ← previous
• Page 9 of 75
• next →