Table showing results for April 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7BW7	30229	2025-04-29	2020-04-13	4.1	4.55	4.25	4.4	0.008	1.06	0.0	0.06	16.20	0.01	2.050	40.13	0.00	23.4	76.6	0.0	-5.62	0.73	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8824	1091	3	0	0	0	0	logfile
✘	6W4S	21539	2025-04-27	2020-03-11	3.2	3.63	—	3.6	0.004	0.57	0.0	0.04	14.38	0.00	2.176	8.10	4.45	5.6	94.4	0.0	-1.13	0.61	0.85	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4986	650	3	0	0	0	0	logfile
✘	6XWR	10636	2025-04-30	2020-01-24	3.22	3.96	—	3.7	0.008	0.75	0.0	0.05	12.81	0.00	2.122	11.13	0.00	5.7	94.3	0.0	-2.71	0.74	0.85	2.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9564	1278	3	0	0	0	0	logfile
✘	6LN8	0927	2025-04-28	2019-12-28	3.1	3.26	3.34	3.3	0.011	0.56	0.0	0.04	12.81	0.00	2.051	6.74	0.00	3.0	97.0	0.0	-2.71	0.70	0.80	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7739	1003	2	0	2	0	0	logfile
✘	6UUS	20901	2025-04-30	2019-10-31	2.4	2.10	2.28	2.4	0.002	0.50	0.0	0.04	17.13	0.00	2.214	7.50	3.27	2.8	97.2	0.0	-2.25	0.57	0.73	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9308	1190	7	0	0	0	0	logfile
✘	6U5H	20646	2025-04-28	2019-08-27	4.0	3.67	—	3.7	0.005	1.07	0.0	0.06	8.74	0.01	2.234	9.36	0.39	13.6	86.4	0.0	-5.23	0.41	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7326	954	3	0	0	0	0	logfile
✘	6U1N	20612	2025-04-27	2019-08-16	4.0	4.36	—	4.0	0.008	0.81	0.0	0.04	12.15	0.00	2.198	17.99	0.00	7.8	92.2	0.0	-4.67	0.84	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5863	864	5	0	1	0	0	logfile
✘	6KPF	0744	2025-04-29	2019-08-15	2.9	3.03	—	3.0	0.007	0.91	0.0	0.05	14.93	0.01	2.215	5.40	0.00	4.4	95.4	0.2	-4.46	0.67	0.82	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8775	1135	6	0	1	0	0	logfile
✘	6RJU	4906	2025-04-26	2019-04-29	3.2	4.49	2.13	19.0	0.007	0.94	0.0	0.05	15.36	0.00	2.423	4.52	0.00	11.6	88.4	0.0	-7.10	0.22	-0.01	-0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1992	131	1	0	0	0	997	logfile
✘	6R81	4749	2025-04-29	2019-03-30	3.9	4.63	—	4.4	0.013	1.50	6.0	0.07	16.77	0.01	1.538	14.26	1.25	11.5	88.1	0.4	-5.27	0.71	0.82	1.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8861	1141	4	0	4	0	0	logfile
✘	6R3Q	4719	2025-04-30	2019-03-20	3.4	3.77	—	3.5	0.011	1.24	0.0	0.07	12.61	0.01	2.080	5.88	0.58	6.7	93.3	0.0	-3.70	0.79	0.81	2.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9529	1182	3	0	2	0	0	logfile
✘	6QNU	4609	2025-04-28	2019-02-12	3.8	3.99	—	3.9	0.004	0.91	0.0	0.06	13.91	0.01	2.324	3.68	0.61	10.0	90.0	0.0	-4.05	0.77	0.81	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7250	920	5	0	0	0	0	logfile
✘	6JBJ	9791	2025-04-30	2019-01-25	3.6	3.75	—	3.7	0.008	1.04	0.0	0.06	16.77	0.01	2.206	10.64	0.00	9.1	90.9	0.0	-6.19	0.65	0.83	2.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9166	1130	4	0	2	0	0	logfile
✘	6N9U	0379	2025-04-30	2018-12-04	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8822	1063	7	18	4	0	0	logfile
✘	6N7W	0365	2025-04-28	2018-11-28	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7837	808	5	70	2	0	0	logfile
✘	6HRE	0259	2025-04-26	2018-09-26	3.2	2.74	2.88	3.3	0.019	1.47	0.0	0.11	13.34	0.01	2.474	6.01	0.00	12.0	88.0	0.0	-4.17	0.32	0.80	4.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3522	462	6	0	0	0	0	logfile
✘	6MG8	9111	2025-04-28	2018-09-13	3.6	3.81	3.39	3.7	0.006	0.75	0.0	0.06	12.86	0.00	2.157	8.79	0.00	8.0	92.0	0.0	-3.49	0.71	0.81	2.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7034	985	2	0	4	0	0	logfile
✘	6DW1	8923	2025-04-29	2018-06-26	3.1	3.36	—	3.3	0.006	0.99	0.0	0.06	18.01	0.01	2.304	4.67	0.00	5.7	94.3	0.0	-3.70	0.68	0.82	4.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8595	1046	13	0	24	0	0	logfile
✘	6C14	7328	2025-04-30	2018-01-03	4.5	4.15	—	4.0	0.005	1.04	0.0	0.06	9.46	0.01	2.263	5.29	0.27	6.8	93.2	0.0	-4.44	0.55	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6746	860	4	0	0	0	0	logfile
✘	5X1G	6701	2025-04-26	2017-01-25	4.5	7.89	—	4.0	0.008	1.42	0.0	0.05	10.05	0.01	2.345	27.78	0.00	6.9	93.1	0.0	-2.75	0.00	0.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	155	31	1	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 11 of 12
• next →