Table showing results for April 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7M71	23707	2025-04-28	2021-03-26	2.66	3.67	2.73	3.0	0.013	1.87	5.0	0.11	12.98	0.02	2.531	0.08	0.41	5.0	95.0	0.0	-0.93	0.52	0.79	3.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6646	852	6	0	4	0	0	logfile
✘	7NV0	12601	2025-04-30	2021-03-15	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9928	1180	7	53	1	0	0	logfile
✘	7LX5	23566	2025-04-26	2021-03-03	3.44	3.85	3.41	3.9	0.005	0.62	0.0	0.04	10.10	0.00	2.198	4.72	0.00	3.4	96.6	0.0	-0.46	0.71	0.81	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3485	448	3	0	0	0	0	logfile
✘	7LQ6	23482	2025-04-27	2021-02-13	3.28	4.07	3.15	3.5	0.005	0.76	0.0	0.05	15.77	0.00	1.987	9.45	1.41	5.5	94.4	0.2	-4.83	0.90	0.85	3.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5267	672	1	0	0	0	0	logfile
✘	7LKF	23405	2025-04-27	2021-02-02	2.9	2.97	—	3.0	0.005	0.67	0.0	0.05	12.76	0.01	2.101	5.26	0.00	4.6	95.4	0.0	-0.59	0.70	0.83	4.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4139	511	4	0	2	0	0	logfile
✘	7DSK	30835	2025-04-29	2020-12-31	2.9	3.17	—	3.2	0.011	1.14	0.0	0.49	23.27	0.01	1.969	4.94	0.63	8.2	91.3	0.5	-3.42	0.69	0.86	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7524	935	8	0	12	12	0	logfile
✘	7DSL	30837	2025-04-29	2020-12-31	2.9	3.28	—	3.2	0.013	1.28	0.0	0.49	22.64	0.01	2.055	6.20	1.14	9.1	90.0	0.9	-3.74	0.70	0.86	2.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7522	935	8	0	12	8	0	logfile
✘	7L1U	23118	2025-04-29	2020-12-15	3.2	3.71	—	3.7	0.011	1.00	0.0	0.06	13.51	0.01	2.202	3.03	0.78	3.6	96.4	0.0	-3.21	0.67	0.85	3.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8723	1148	7	0	1	0	0	logfile
✘	7B6E	12053	2025-04-26	2020-12-07	4.5	2.79	—	5.1	0.005	1.03	0.0	0.05	15.04	0.01	2.129	36.05	0.00	10.9	89.1	0.0	-3.88	0.62	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2205	269	1	0	0	0	0	logfile
✘	7KJX	22901	2025-04-29	2020-10-26	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8589	948	5	44	2	0	0	logfile
✘	7DCR	30640	2025-04-27	2020-10-26	3.15	3.27	—	3.2	0.005	0.89	1.0	0.06	10.49	0.01	2.260	4.10	0.63	3.0	96.7	0.3	-4.71	0.66	0.78	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5653	711	2	0	0	0	0	logfile
✘	7KJV	22899	2025-04-29	2020-10-26	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8361	941	5	44	2	0	0	logfile
✘	7KJW	22900	2025-04-29	2020-10-26	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8561	949	5	44	2	0	0	logfile
✘	7D77	30603	2025-04-30	2020-10-03	2.9	3.25	—	3.2	0.008	0.78	0.0	0.06	13.72	0.00	2.107	8.48	0.21	3.7	96.3	0.0	-2.58	0.62	0.80	4.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8785	1105	7	0	7	1	0	logfile
✘	7JVR	22511	2025-04-29	2020-08-22	2.8	2.21	—	2.0	0.005	0.85	0.0	0.05	8.95	0.01	2.235	4.75	0.00	2.8	97.2	0.0	-0.85	0.74	0.74	2.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8872	1126	6	0	1	0	0	logfile
✘	7CP9	30421	2025-04-29	2020-08-06	3.0	3.22	—	3.2	0.007	1.24	0.0	0.04	17.40	0.00	2.183	8.57	7.05	6.5	93.5	0.0	-2.50	0.57	0.74	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8530	1021	16	0	11	0	0	logfile
✘	6XPE	22286	2025-04-27	2020-07-08	4.1	4.23	—	4.2	0.021	0.91	0.0	0.04	14.30	0.00	1.492	20.11	2.08	10.6	88.1	1.3	-5.36	0.60	0.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4292	554	4	0	8	0	0	logfile
✘	6ZGD	11202	2025-04-30	2020-06-18	4.1	4.30	4.01	4.2	0.006	0.62	0.0	0.05	10.93	0.01	2.137	10.94	0.61	4.6	95.4	0.0	-1.11	0.74	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10175	1440	5	0	0	0	0	logfile
✘	6ZD0	11172	2025-04-28	2020-06-13	4.6	4.62	2.79	3.7	0.004	0.91	0.0	0.05	7.55	0.00	2.207	10.05	0.00	10.1	89.8	0.1	-4.73	0.59	0.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7962	1611	6	0	0	0	0	logfile
✘	6WTD	21894	2025-04-29	2020-05-02	4.2	4.24	—	4.2	0.007	1.17	0.0	0.06	15.33	0.01	2.208	7.39	0.86	7.2	92.8	0.0	-6.31	0.56	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9139	1233	16	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 10 of 12
• next →