cryo-EM Re-Refine

Table showing results for April 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	Logfile
✘	9CDE	45469	2025-04-28	2024-06-24	3.44	3.63	3.44	3.7	0.012	1.15	0.0	0.08	25.59	0.01	2.031	23.67	1.46	7.1	92.9	0.0	1.12	0.56	0.72	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6822	720	6	0	24	36	logfile
✘	9CB3	45413	2025-04-27	2024-06-18	3.47	3.78	3.64	3.8	0.015	1.61	1.0	0.05	18.76	0.01	1.293	12.53	1.46	5.0	95.0	0.0	0.03	0.57	0.68	1.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4995	672	3	0	0	0	logfile
✘	8ZYD	60562	2025-04-28	2024-06-17	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7058	728	6	73	2	0	logfile
✘	8ZYC	60561	2025-04-28	2024-06-17	2.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7058	728	6	73	2	0	logfile
✘	9C9Y	45376	2025-04-27	2024-06-16	3.35	2.51	3.35	2.2	0.005	0.66	0.0	0.04	16.02	0.01	2.041	6.79	0.15	6.0	93.9	0.1	-0.01	0.77	0.79	2.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6225	773	4	8	2	0	logfile
✘	9C53	45196	2025-04-30	2024-06-05	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9060	1011	6	50	2	0	logfile
✘	9C51	45194	2025-04-30	2024-06-05	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9235	1010	5	58	2	0	logfile
✘	9C52	45195	2025-04-30	2024-06-05	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9167	1011	6	55	2	0	logfile
✘	8ZMS	60255	2025-04-26	2024-05-23	3.7	3.97	3.82	4.0	0.007	1.15	0.0	0.05	9.68	0.01	2.349	3.51	0.00	5.0	95.0	0.0	-3.71	0.44	0.76	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2920	386	2	0	1	0	logfile
✘	8ZKo	60201	2025-04-27	2024-05-17	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6066	772	4	0	3	0	logfile
✘	8ZFE	60058	2025-04-26	2024-05-07	2.56	2.41	2.34	2.2	0.008	0.76	1.0	0.06	12.27	0.01	2.278	10.52	0.48	8.2	91.8	0.0	-2.16	0.80	0.80	3.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2198	293	1	0	0	0	logfile
✘	9BKJ	44642	2025-04-27	2024-04-29	2.59	2.90	2.70	2.9	0.005	0.76	0.0	0.05	12.93	0.00	2.260	9.17	0.71	2.0	97.8	0.2	1.02	0.61	0.68	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6795	891	6	0	1	0	logfile
✘	8Z7U	39828	2025-04-26	2024-04-21	3.1	3.31	3.03	3.3	0.014	0.90	1.0	0.05	19.01	0.01	2.218	15.72	0.90	3.1	96.9	0.0	-0.32	0.58	0.82	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3135	387	2	0	1	0	logfile
✘	9EYK	50056	2025-04-27	2024-04-09	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6639	891	5	8	0	0	logfile
✘	9EXH	50038	2025-04-30	2024-04-08	3.9	4.64	4.04	4.1	0.002	0.41	0.0	0.04	8.92	0.00	2.199	7.78	0.29	3.7	96.3	0.0	0.79	0.92	0.85	1.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9728	1205	1	0	0	0	logfile
✘	9BAQ	44411	2025-04-30	2024-04-04	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9733	1154	9	36	1	0	logfile
✘	9B89	44335	2025-04-28	2024-03-29	3.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7148	817	5	36	6	0	logfile
✘	9B83	44331	2025-04-27	2024-03-28	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6418	735	5	31	6	0	logfile
✘	9B84	44332	2025-04-28	2024-03-28	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6982	739	5	58	6	0	logfile
✘	9ENQ	19838	2025-04-27	2024-03-13	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5743	707	6	4	4	7	logfile