Table showing results for April 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9i65	52650	2025-04-29	2025-01-29	4.1	4.36	3.98	4.4	0.003	0.66	0.0	0.05	11.38	0.00	2.162	11.35	0.00	11.3	88.2	0.5	-1.25	0.69	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8433	1215	9	0	0	0	0	logfile
✘	9MNY	48443	2025-04-27	2024-12-24	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5332	675	7	0	1	0	0	logfile
✘	9HNW	52316	2025-04-30	2024-12-11	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9349	1178	6	0	2	0	0	logfile
✘	9MEK	48216	2025-04-26	2024-12-06	2.85	3.15	2.88	3.1	0.003	0.53	0.0	0.03	14.27	0.00	2.306	6.84	1.68	2.1	97.9	0.0	3.48	0.58	0.84	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3594	478	4	0	6	0	0	logfile
✘	9HBX	52033	2025-04-27	2024-11-08	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5261	630	5	22	0	0	0	logfile
✘	9HBV	52031	2025-04-27	2024-11-08	3.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5405	629	5	30	0	0	0	logfile
✘	9HBU	52030	2025-04-27	2024-11-08	3.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5530	629	4	37	0	0	0	logfile
✘	9HBR	52027	2025-04-27	2024-11-08	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5236	625	5	22	0	0	0	logfile
✘	9HBY	52034	2025-04-28	2024-11-08	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7976	951	7	35	0	0	0	logfile
✘	9JUL	61829	2025-04-29	2024-10-08	3.1	3.11	3.25	3.2	0.005	0.76	0.0	0.05	14.49	0.01	2.238	12.44	0.74	5.3	94.7	0.0	0.64	0.65	0.81	2.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9005	1165	2	0	1	0	0	logfile
✘	9JLN	61591	2025-04-27	2024-09-19	2.84	3.29	2.98	3.3	0.004	0.66	0.0	0.04	16.02	0.00	2.219	6.62	0.00	3.1	96.9	0.0	1.28	0.55	0.74	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4295	521	2	0	9	0	0	logfile
✘	9D43	46548	2025-04-30	2024-08-12	3.39	4.23	3.39	3.8	0.002	0.48	0.0	0.04	15.66	0.00	2.206	5.57	0.09	3.6	96.4	0.0	1.93	0.90	0.84	1.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9754	1189	1	0	0	0	0	logfile
✘	9J53	61141	2025-04-27	2024-08-11	3.3	3.55	3.36	3.5	0.003	0.57	0.0	0.04	14.75	0.00	2.117	11.26	4.13	8.6	91.4	0.0	-0.49	0.49	0.71	1.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6598	764	4	0	6	0	0	logfile
✘	9D2i	46497	2025-04-30	2024-08-08	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9053	1010	6	50	2	0	0	logfile
✘	9J16	61069	2025-04-28	2024-08-03	3.4	3.63	3.45	3.6	0.007	0.97	0.0	0.06	9.60	0.01	2.342	1.46	0.00	8.2	91.8	0.0	-6.55	0.61	0.83	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7458	1008	6	2	0	2	0	logfile
✘	9iY8	60990	2025-04-30	2024-07-30	3.01	2.61	3.04	3.1	0.003	0.79	0.0	0.05	16.61	0.01	2.102	16.87	0.30	4.4	95.6	0.0	0.01	0.82	0.83	1.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9014	1141	5	0	0	0	0	logfile
✘	9iTo	60873	2025-04-30	2024-07-20	3.3	3.92	3.45	3.7	0.008	0.70	0.0	0.05	16.53	0.01	2.264	8.84	0.95	3.9	96.1	0.0	0.55	0.63	0.80	0.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9987	1378	16	0	0	0	0	logfile
✘	9iRX	60824	2025-04-26	2024-07-16	3.0	3.17	2.77	3.2	0.009	0.58	0.0	0.03	11.28	0.00	2.197	7.04	0.56	2.4	97.6	0.0	2.29	0.65	0.82	3.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3509	469	2	0	1	0	0	logfile
✘	9CMH	45748	2025-04-26	2024-07-15	4.0	4.53	4.01	4.1	0.004	0.87	0.0	0.05	14.79	0.00	2.092	27.43	0.77	5.8	94.2	0.0	-1.26	0.61	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3553	466	2	0	0	0	0	logfile
✘	9CHU	45602	2025-04-28	2024-07-02	3.49	3.92	3.50	3.9	0.008	0.89	3.0	0.06	16.11	0.01	2.165	7.85	0.41	6.6	93.4	0.0	-1.06	0.71	0.80	2.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7009	887	5	0	2	0	0	logfile

• Page 1 of 12
• next →