Table showing results for May 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9AYG	43991	2024-05-07	2024-03-07	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8822	1055	2	0	12	0	0	logfile
✘	8XMM	38482	2024-05-08	2023-12-27	2.89	3.35	2.94	3.2	0.010	1.16	0.0	0.06	21.13	0.01	2.077	12.01	0.34	3.7	96.3	0.0	0.13	0.64	0.83	2.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11389	1318	6	0	28	0	0	logfile
✘	8XLN	38454	2024-05-08	2023-12-26	3.78	3.92	3.75	3.8	0.004	0.65	0.0	0.04	17.14	0.00	2.162	7.15	0.00	6.2	93.8	0.0	0.46	0.78	0.81	1.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6593	789	8	0	15	0	0	logfile
✘	8VDE	43147	2024-05-18	2023-12-14	3.4	3.79	3.62	3.7	0.006	0.86	0.0	0.05	13.48	0.01	2.235	1.81	0.09	3.4	96.6	0.0	-1.45	0.59	0.79	2.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	70177	8643	27	0	0	0	0	logfile
✘	8RF0	19114	2024-05-12	2023-12-12	3.4	4.01	3.68	3.9	0.004	0.73	1.0	0.05	16.92	0.01	2.171	10.52	0.45	8.8	90.3	0.9	-1.04	0.70	0.59	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21922	2780	4	0	19	0	0	logfile
✘	8XBX	38232	2024-05-06	2023-12-07	4.36	6.89	4.04	7.5	0.005	0.90	0.0	0.04	18.16	0.01	2.260	13.70	0.00	0.9	99.1	0.0	-0.16	0.65	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5873	663	5	38	0	0	0	logfile
✘	8V6V	43002	2024-05-17	2023-12-03	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37004	1673	14	294	4	0	17362	logfile
✘	8X93	38160	2024-05-12	2023-11-29	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21976	2659	10	0	28	0	0	logfile
✘	8X91	38159	2024-05-12	2023-11-29	3.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22269	2691	11	0	29	0	0	logfile
✘	8X90	38158	2024-05-12	2023-11-29	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22122	2665	10	0	29	0	0	logfile
✘	8WY8	37919	2024-05-15	2023-10-30	3.1	3.36	1.76	3.3	0.002	0.55	0.0	0.04	17.36	0.00	2.028	12.27	0.20	2.2	97.8	0.0	1.01	0.72	0.82	2.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31412	3757	4	0	0	0	0	logfile
✘	8QYS	18761	2024-05-14	2023-10-26	3.89	4.28	3.89	4.1	0.003	0.57	2.0	0.04	14.29	0.00	2.222	9.04	0.00	10.1	89.9	0.0	-1.10	0.85	0.85	1.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57862	7588	34	0	0	0	0	logfile
✘	8UNM	42409	2024-05-07	2023-10-19	3.4	3.77	3.54	3.7	0.005	0.64	0.0	0.04	13.95	0.00	2.208	3.37	0.00	2.5	97.5	0.0	1.00	0.64	0.86	3.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6415	889	6	0	2	0	0	logfile
✘	8Uo4	42427	2024-05-06	2023-10-19	4.0	4.28	3.99	4.2	0.004	0.72	0.0	0.04	12.00	0.00	2.322	5.46	0.00	3.2	96.8	0.0	-0.04	0.69	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5702	910	6	0	3	0	0	logfile
✘	8UNY	42421	2024-05-07	2023-10-19	3.6	4.06	3.81	4.0	0.006	0.97	0.0	0.06	14.64	0.01	2.255	7.64	0.00	1.7	98.3	0.0	1.32	0.63	0.80	2.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6546	912	6	0	2	0	0	logfile
✘	8UNF	42399	2024-05-11	2023-10-18	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17810	2147	14	44	8	0	0	logfile
✘	8QUC	18659	2024-05-09	2023-10-16	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12829	1580	12	0	21	40	0	logfile
✘	8QUD	18660	2024-05-09	2023-10-16	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12806	1580	12	0	22	108	0	logfile
✘	8QQK	18594	2024-05-08	2023-10-05	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9978	1227	6	0	9	0	0	logfile
✘	8UBX	42108	2024-05-07	2023-09-25	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6757	419	2	0	4	68	3328	logfile

• Page 1 of 54
• next →