Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8KFY	37208	2025-05-12	2023-08-16	3.06	2.26	3.16	2.0	0.003	0.54	0.0	0.04	15.79	0.00	2.155	8.49	0.20	1.7	98.3	0.0	1.35	0.78	0.78	2.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8992	1139	6	0	1	0	0	logfile
✘	8KEP	37163	2025-05-10	2023-08-13	2.93	2.48	3.12	2.2	0.002	0.64	0.0	0.04	8.96	0.00	2.328	4.63	2.78	8.9	91.1	0.0	-4.25	0.71	0.73	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4834	622	3	0	0	0	0	logfile
✘	8KET	37167	2025-05-11	2023-08-13	3.3	3.57	3.36	3.6	0.004	0.79	0.0	0.06	21.36	0.01	2.241	4.38	1.70	3.8	96.1	0.1	-1.90	0.59	0.66	1.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8399	1329	7	0	11	0	0	logfile
✘	8TTB	41604	2025-05-21	2023-08-13	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21924	1376	5	0	2	0	10922	logfile
✘	8KDi	37137	2025-05-13	2023-08-09	3.58	3.40	3.36	3.6	0.013	1.93	9.0	0.09	13.64	0.01	2.022	1.80	1.47	4.5	95.4	0.1	-1.92	0.63	0.76	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10532	1353	5	0	4	0	0	logfile
✘	8TR5	41570	2025-05-25	2023-08-09	2.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26782	1659	12	3	31	204	12924	logfile
✘	8KD5	37125	2025-05-25	2023-08-09	2.9	3.00	2.85	3.0	0.003	0.75	0.0	0.04	24.46	0.01	2.044	8.17	0.54	4.3	95.6	0.1	-1.18	0.76	0.74	1.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26908	2502	17	319	1	0	0	logfile
✘	8TRB	41576	2025-05-25	2023-08-09	2.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27145	1662	9	3	31	312	13065	logfile
✘	8K9K	36989	2025-05-12	2023-08-01	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8923	1142	8	0	2	0	0	logfile
✘	8K9L	36990	2025-05-12	2023-08-01	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8919	1142	9	0	3	0	0	logfile
✘	8PZ1	18034	2025-05-15	2023-07-26	4.1	3.55	3.94	3.5	0.029	0.59	0.0	0.04	14.13	0.00	2.194	9.71	0.20	5.8	94.1	0.1	-0.57	0.69	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13849	1776	6	0	0	0	0	logfile
✘	8K69	36919	2025-05-11	2023-07-25	2.33	2.41	2.30	2.4	0.007	0.98	0.0	0.06	17.64	0.01	2.040	9.84	5.85	2.9	96.9	0.2	0.30	0.57	0.77	5.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7744	916	6	0	18	126	0	logfile
✘	8PVX	17979	2025-05-17	2023-07-18	3.55	4.27	3.20	3.6	0.003	0.79	0.0	0.05	13.29	0.01	1.951	4.68	0.00	4.0	96.0	0.0	-0.31	0.78	0.87	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15140	1920	15	0	10	0	0	logfile
✘	8PQ8	17821	2025-05-19	2023-07-10	3.21	3.58	3.25	3.6	0.011	1.49	0.0	0.09	12.41	0.00	2.394	1.65	0.00	0.8	99.2	0.0	-0.24	0.69	0.82	3.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18936	2304	36	0	0	162	0	logfile
✘	8K0i	36765	2025-05-17	2023-07-09	3.62	4.01	3.63	4.0	0.004	0.65	0.0	0.04	18.38	0.00	2.077	7.64	0.37	4.9	95.0	0.1	0.24	0.73	0.72	1.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15372	1882	10	0	6	0	0	logfile
✘	8JZR	36751	2025-05-09	2023-07-06	3.25	3.52	3.27	3.5	0.007	0.81	0.0	0.05	12.74	0.01	2.381	4.82	0.00	3.8	95.7	0.4	0.75	0.64	0.79	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3474	456	2	0	1	0	0	logfile
✘	8JZL	36746	2025-05-22	2023-07-05	2.62	3.57	2.71	3.2	0.009	0.67	0.0	0.05	12.91	0.00	2.353	6.06	0.00	5.3	94.7	0.0	1.22	0.86	0.88	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23184	2988	6	0	0	0	0	logfile
✘	8PoC	17788	2025-05-10	2023-07-04	4.0	4.12	3.85	4.0	0.003	0.67	0.0	0.03	14.86	0.00	2.324	6.38	0.00	3.0	97.0	0.0	2.14	0.77	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4924	616	4	0	0	0	0	logfile
✘	8TAo	41139	2025-05-15	2023-06-27	2.9	3.35	—	3.1	0.003	0.55	0.0	0.04	13.60	0.00	2.231	4.77	0.00	3.6	96.4	0.0	0.43	0.83	0.82	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13422	1794	6	0	3	0	0	logfile
✘	8JTT	36652	2025-05-09	2023-06-22	3.87	4.32	3.72	4.4	0.006	0.87	0.0	0.05	12.93	0.02	2.250	7.82	0.00	4.0	96.0	0.0	-2.01	0.51	0.57	0.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3321	454	2	0	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 13 of 38
• next →