Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8WiY	37572	2025-05-17	2023-09-25	2.31	2.56	2.32	2.6	0.116	1.71	0.0	0.10	19.56	0.02	0.000	10.57	11.25	2.5	97.5	0.0	-1.41	0.56	0.70	4.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15486	1722	36	0	24	1248	0	logfile
✘	8WiZ	37573	2025-05-17	2023-09-25	2.2	2.38	2.22	2.4	0.117	1.76	6.0	0.10	20.31	0.03	0.000	13.55	10.83	2.8	97.2	0.0	-1.91	0.59	0.73	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15306	1722	36	0	18	1068	0	logfile
✘	8UBW	42107	2025-05-10	2023-09-25	2.59	3.18	2.61	3.0	0.002	0.48	0.0	0.03	14.62	0.00	2.236	3.93	0.85	1.4	98.6	0.0	3.39	0.70	0.88	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6741	418	2	0	4	38	3343	logfile
✘	8WJ1	37575	2025-05-16	2023-09-25	2.27	2.40	2.28	2.5	0.076	1.75	12.0	0.10	18.98	0.03	0.000	10.88	14.10	1.1	98.6	0.4	-1.89	0.56	0.71	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14196	1698	36	0	24	738	0	logfile
✘	8QN6	18508	2025-05-28	2023-09-25	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32010	4180	110	0	0	0	0	logfile
✘	8WG9	37506	2025-05-14	2023-09-20	4.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11806	1511	3	0	1	0	0	logfile
✘	8WFX	37499	2025-05-25	2023-09-20	3.73	3.90	3.64	3.7	0.007	1.08	0.0	0.06	17.48	0.01	2.221	11.70	0.79	10.3	89.6	0.1	-5.44	0.78	0.71	1.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27176	3319	15	50	0	0	0	logfile
✘	8WFB	37489	2025-05-13	2023-09-19	3.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10288	1002	4	100	2	0	0	logfile
✘	8WE1	37470	2025-05-14	2023-09-16	2.47	2.24	2.54	2.0	0.005	0.62	0.0	0.04	18.67	0.00	2.001	5.63	3.89	4.1	95.9	0.0	0.67	0.80	0.79	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6559	791	6	0	11	0	0	logfile
✘	8U7D	41979	2025-05-16	2023-09-15	3.5	3.73	3.48	3.7	0.004	0.63	0.0	0.04	17.90	0.01	2.308	5.54	0.00	2.6	97.4	0.0	0.76	0.62	0.80	1.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14924	1846	4	0	7	0	0	logfile
✘	8WCR	37447	2025-05-16	2023-09-13	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14615	1560	15	0	50	270	0	logfile
✘	8U54	41912	2025-05-13	2023-09-12	2.65	3.71	2.66	3.5	0.006	0.79	0.0	0.05	12.07	0.01	2.221	3.48	0.17	3.6	96.4	0.0	-1.34	0.61	0.67	0.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10745	1359	4	0	2	0	0	logfile
✘	8QHC	18407	2025-05-17	2023-09-07	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14829	1764	5	61	2	0	0	logfile
✘	8QFS	18383	2025-05-16	2023-09-04	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13294	1576	4	61	2	0	0	logfile
✘	8KiE	37258	2025-05-14	2023-08-23	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12424	600	5	361	30	0	0	logfile
✘	8Ki6	37252	2025-05-15	2023-08-23	3.4	3.70	3.46	3.7	0.005	1.09	2.0	0.06	16.71	0.01	2.238	5.31	2.06	7.1	92.5	0.3	-1.93	0.71	0.72	0.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12751	1580	2	0	2	0	0	logfile
✘	8TWV	41672	2025-05-15	2023-08-21	3.4	3.51	3.33	3.5	0.004	0.73	0.0	0.05	15.80	0.01	2.244	11.78	0.07	4.9	95.1	0.0	-1.53	0.66	0.83	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12720	1550	10	0	5	0	0	logfile
✘	8KH4	37236	2025-05-11	2023-08-21	3.1	3.38	3.16	3.4	0.009	1.02	9.0	0.08	14.02	0.01	2.049	16.56	0.40	2.8	97.2	0.0	0.62	0.59	0.72	2.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7521	1001	6	0	1	0	0	logfile
✘	8TW8	41662	2025-05-19	2023-08-20	3.5	3.73	3.74	3.7	0.009	1.20	2.0	0.09	14.61	0.01	1.772	9.08	0.54	3.3	95.9	0.9	-1.23	0.79	0.68	1.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18419	2349	12	0	7	0	0	logfile
✘	8Q8L	18254	2025-05-09	2023-08-18	3.04	3.14	2.87	3.2	0.011	2.07	2.0	0.11	11.49	0.01	2.539	0.29	0.00	5.3	94.5	0.2	-2.17	0.33	0.74	5.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3405	447	6	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 12 of 38
• next →