Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8WUT	37859	2025-05-21	2023-10-21	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18316	1766	6	190	0	0	0	logfile
✘	8WUS	37858	2025-05-21	2023-10-21	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18358	1766	6	192	0	0	0	logfile
✘	8UNS	42415	2025-05-10	2023-10-19	3.4	3.73	3.46	3.7	0.004	0.77	0.0	0.05	14.48	0.00	2.332	3.61	0.00	2.1	97.9	0.0	1.05	0.65	0.86	4.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6683	916	6	0	2	1	0	logfile
✘	8Uo1	42424	2025-05-10	2023-10-19	3.6	3.92	3.71	3.9	0.006	0.92	0.0	0.06	13.48	0.00	2.233	5.01	0.18	2.1	97.9	0.0	0.78	0.65	0.83	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6915	1006	6	0	3	0	0	logfile
✘	8QTi	18650	2025-05-26	2023-10-12	3.09	3.56	3.10	3.2	0.002	0.49	0.0	0.04	16.37	0.00	1.928	3.55	0.04	3.3	96.7	0.0	0.91	0.88	0.83	2.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27858	3329	10	93	3	0	0	logfile
✘	8WPK	37717	2025-05-18	2023-10-10	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16854	1909	11	70	1	0	0	logfile
✘	8WPF	37715	2025-05-18	2023-10-10	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16896	1908	11	73	1	0	0	logfile
✘	8WPE	37714	2025-05-18	2023-10-10	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16745	1898	11	69	1	0	0	logfile
✘	8Ui8	42288	2025-05-20	2023-10-10	3.1	3.26	3.14	3.2	0.005	0.85	0.0	0.05	17.83	0.01	2.003	7.70	0.91	2.5	97.5	0.0	-1.06	0.77	0.86	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19822	2499	12	0	8	0	0	logfile
✘	8QRo	18621	2025-05-12	2023-10-09	2.6	3.08	2.53	2.9	0.002	0.52	0.0	0.04	11.99	0.00	2.231	6.31	0.31	1.5	98.5	0.0	0.95	0.65	0.87	3.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9273	1245	6	0	9	0	0	logfile
✘	8QRV	18627	2025-05-09	2023-10-09	2.9	3.28	2.88	3.2	0.004	0.57	0.0	0.04	14.31	0.00	2.373	6.73	0.61	1.2	98.8	0.0	2.08	0.55	0.83	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3111	419	2	0	1	0	0	logfile
✘	8UHB	42268	2025-05-18	2023-10-08	3.35	4.22	3.35	3.8	0.004	0.62	0.0	0.04	14.11	0.00	2.015	9.46	0.00	5.9	94.1	0.0	-1.42	0.70	0.72	2.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16561	1075	6	0	1	0	8144	logfile
✘	8UF0	42181	2025-05-25	2023-10-03	2.02	2.34	2.08	2.2	0.007	0.76	0.0	0.05	17.50	0.01	0.013	4.38	0.54	1.8	98.2	0.0	0.09	0.84	0.89	5.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27000	3456	48	0	0	804	0	logfile
✘	8WM3	37639	2025-05-21	2023-10-02	3.34	4.50	3.37	3.7	0.006	0.87	0.0	0.05	19.23	0.02	2.169	8.51	0.91	4.1	95.9	0.0	0.99	0.74	0.85	1.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21616	2642	20	0	30	0	0	logfile
✘	8WJQ	37589	2025-05-09	2023-09-26	3.8	4.16	3.82	4.3	0.010	1.47	1.0	0.07	15.62	0.02	2.216	9.81	0.48	3.6	96.4	0.0	0.80	0.41	0.60	0.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3999	530	2	0	1	0	0	logfile
✘	8WiX	37571	2025-05-16	2023-09-25	2.29	2.42	2.29	2.4	0.119	1.75	0.0	0.10	18.64	0.02	0.000	8.78	9.17	2.8	96.8	0.4	-1.63	0.58	0.74	3.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14940	1722	36	0	24	702	0	logfile
✘	8WJ1	37575	2025-05-16	2023-09-25	2.27	2.40	2.28	2.5	0.076	1.75	12.0	0.10	18.98	0.03	0.000	10.88	14.10	1.1	98.6	0.4	-1.89	0.56	0.71	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14196	1698	36	0	24	738	0	logfile
✘	8UBW	42107	2025-05-10	2023-09-25	2.59	3.18	2.61	3.0	0.002	0.48	0.0	0.03	14.62	0.00	2.236	3.93	0.85	1.4	98.6	0.0	3.39	0.70	0.88	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6741	418	2	0	4	38	3343	logfile
✘	8WJ2	37576	2025-05-16	2023-09-25	2.35	2.51	2.35	2.6	0.080	1.93	12.0	0.10	18.14	0.03	0.000	8.58	11.26	2.1	97.5	0.4	-2.08	0.58	0.73	4.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14844	1722	36	0	12	1176	0	logfile
✘	8WJG	37579	2025-05-09	2023-09-25	3.0	3.18	2.96	3.3	0.005	1.21	0.0	0.06	15.28	0.01	2.211	6.71	2.03	2.6	97.4	0.0	0.84	0.51	0.73	1.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3952	533	1	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 11 of 38
• next →