Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8RCF	19051	2025-05-20	2023-12-06	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20202	2488	18	46	24	0	0	logfile
✘	8V6U	42999	2025-05-11	2023-12-03	3.0	2.35	—	3.0	0.011	1.67	3.0	0.09	14.06	0.01	1.999	1.24	1.31	4.1	95.8	0.1	0.40	0.83	0.79	4.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8211	1090	6	0	1	0	0	logfile
✘	8V5R	42984	2025-05-17	2023-11-30	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15338	1743	6	43	1	0	0	logfile
✘	8R8U	19011	2025-05-13	2023-11-30	3.1	3.24	3.12	3.2	0.002	0.48	0.0	0.04	16.32	0.00	1.792	4.52	0.00	2.4	97.6	0.0	0.37	0.75	0.86	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10140	1280	6	0	12	0	0	logfile
✘	8R8T	19009	2025-05-09	2023-11-29	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3256	418	2	0	1	0	0	logfile
✘	8X8N	38150	2025-05-18	2023-11-27	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17358	1133	7	0	2	0	8589	logfile
✘	8X6G	38088	2025-05-25	2023-11-21	3.3	2.85	3.24	3.2	0.004	0.60	0.0	0.04	16.82	0.00	2.200	8.79	0.25	1.7	98.3	0.1	1.36	0.55	0.69	2.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27271	3232	10	81	0	0	0	logfile
✘	8V1R	42888	2025-05-14	2023-11-21	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11864	1355	5	56	6	3	0	logfile
✘	8V1Q	42887	2025-05-14	2023-11-21	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11914	1367	5	56	2	3	0	logfile
✘	8R64	18946	2025-05-15	2023-11-20	3.2	3.36	3.33	3.3	0.002	0.49	0.0	0.05	11.85	0.00	1.940	4.62	0.29	1.4	98.6	0.0	2.70	0.83	0.85	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13429	1765	13	0	12	0	0	logfile
✘	8X52	38059	2025-05-13	2023-11-16	2.9	3.11	2.86	3.3	0.017	1.46	7.0	0.07	14.34	0.01	1.598	7.57	0.88	4.7	95.2	0.2	-3.49	0.49	0.63	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10907	1334	14	0	25	0	0	logfile
✘	8R57	18903	2025-05-24	2023-11-16	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25048	1878	29	458	28	357	0	logfile
✘	8UY7	42794	2025-05-16	2023-11-13	2.93	3.21	2.98	3.2	0.005	0.74	3.0	0.05	12.81	0.01	2.057	8.32	0.34	3.7	96.3	0.0	0.34	0.71	0.89	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14033	1796	6	0	6	200	0	logfile
✘	8UW3	42637	2025-05-14	2023-11-06	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12005	1265	4	73	1	0	0	logfile
✘	8R1U	18828	2025-05-10	2023-11-02	3.19	4.38	3.25	3.9	0.002	0.46	0.0	0.04	14.26	0.00	2.230	5.04	0.00	4.9	95.1	0.0	-0.79	0.88	0.82	1.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5032	658	4	0	2	0	0	logfile
✘	8R1F	18809	2025-05-18	2023-11-01	3.67	3.92	3.69	3.9	0.008	1.00	0.0	0.07	11.49	0.02	2.496	0.36	0.21	2.3	97.7	0.0	-0.70	0.58	0.53	1.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16629	1025	5	0	3	0	8263	logfile
✘	8UTV	42551	2025-05-15	2023-10-31	3.0	2.58	3.11	3.2	0.005	0.85	0.0	0.05	17.97	0.01	2.091	4.84	0.70	4.1	95.9	0.1	-0.10	0.59	0.82	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13337	1679	9	1	6	0	0	logfile
✘	8UTU	42550	2025-05-15	2023-10-31	3.0	2.25	2.97	2.2	0.006	0.97	1.0	0.05	18.78	0.01	1.969	5.30	1.50	3.7	96.1	0.2	-0.42	0.57	0.83	3.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13615	1709	9	1	7	0	0	logfile
✘	8WY8	37919	2025-05-29	2023-10-30	3.1	3.36	25.59	3.3	0.002	0.55	0.0	0.04	17.36	0.00	2.028	12.27	0.20	2.2	97.8	0.0	1.01	0.72	0.82	2.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31412	3757	4	0	0	0	0	logfile
✘	8WUS	37858	2025-05-21	2023-10-21	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18358	1766	6	192	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 10 of 38
• next →