Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8VNV	43361	2025-05-18	2024-01-13	3.1	4.06	3.30	3.5	0.003	0.69	0.0	0.04	18.71	0.00	2.107	13.48	0.48	5.9	94.1	0.0	-0.29	0.75	0.70	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15927	1983	10	49	1	0	0	logfile
✘	8XSM	38622	2025-05-09	2024-01-09	3.01	3.31	3.04	3.3	0.008	0.93	0.0	0.05	13.81	0.01	2.161	5.27	1.40	3.8	96.2	0.0	-1.76	0.54	0.81	2.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2788	375	2	0	2	0	0	logfile
✘	8XSE	38617	2025-05-15	2024-01-09	2.5	2.23	2.61	2.0	0.004	0.65	0.0	0.04	17.93	0.01	2.174	6.64	5.41	5.6	94.3	0.1	-0.52	0.79	0.79	3.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8120	1065	6	0	1	0	0	logfile
✘	8XQC	38573	2025-05-11	2024-01-05	3.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7233	842	4	24	3	0	0	logfile
✘	8XPS	38560	2025-05-10	2024-01-04	3.22	3.24	3.25	1.5	0.005	0.87	1.0	0.06	20.48	0.00	2.208	5.24	4.58	9.0	90.6	0.4	-4.49	0.90	0.82	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4568	546	7	0	24	0	0	logfile
✘	8XoG	38528	2025-05-12	2024-01-01	2.9	3.23	3.03	3.2	0.003	0.56	0.0	0.04	14.84	0.00	2.247	3.53	0.21	2.5	97.5	0.0	0.78	0.47	0.74	3.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8708	1115	6	0	0	2	0	logfile
✘	8XoA	38524	2025-05-09	2023-12-31	3.03	3.24	3.00	3.3	0.007	1.00	1.0	0.06	11.52	0.01	2.346	6.05	0.00	1.3	98.7	0.0	0.90	0.57	0.77	2.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2713	376	2	0	1	0	0	logfile
✘	8RK5	19260	2025-05-16	2023-12-23	4.54	3.79	4.60	3.8	0.013	0.67	0.0	0.04	12.15	0.01	0.555	21.86	0.00	4.5	95.5	0.0	-1.01	0.67	0.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14424	1866	6	0	0	0	0	logfile
✘	8XJW	38408	2025-05-13	2023-12-22	2.84	3.04	2.71	3.0	0.003	0.58	0.0	0.04	16.62	0.00	2.132	9.85	0.00	5.6	94.3	0.1	-0.92	0.66	0.71	2.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6248	690	5	31	1	6	0	logfile
✘	8VEF	43172	2025-05-18	2023-12-18	3.04	3.37	3.12	3.4	0.006	0.98	9.0	0.07	13.57	0.01	2.299	3.38	0.05	4.2	95.8	0.0	-0.53	0.70	0.79	3.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17554	2157	23	0	41	0	0	logfile
✘	8XH7	38343	2025-05-11	2023-12-17	3.52	3.84	3.42	3.9	0.005	0.91	0.0	0.06	14.93	0.00	2.376	7.40	2.17	4.5	95.5	0.0	2.45	0.57	0.77	1.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7902	966	6	0	0	0	0	logfile
✘	8RHG	19175	2025-05-16	2023-12-15	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13897	1650	10	0	26	0	0	logfile
✘	8RH8	19172	2025-05-16	2023-12-15	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14067	1645	15	0	42	135	0	logfile
✘	8RH7	19171	2025-05-16	2023-12-15	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13866	1610	15	0	61	20	0	logfile
✘	8REV	19109	2025-05-11	2023-12-12	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7797	898	7	26	2	0	0	logfile
✘	8VBA	43118	2025-05-12	2023-12-12	3.29	3.69	3.32	3.8	0.010	1.31	0.0	0.12	12.48	0.00	2.200	14.87	0.51	4.6	94.9	0.5	-0.19	0.67	0.76	3.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9416	1260	4	0	39	0	0	logfile
✘	8VBi	43126	2025-05-11	2023-12-12	2.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8514	944	4	38	3	0	0	logfile
✘	8VBE	43122	2025-05-11	2023-12-12	2.6	3.21	2.56	3.1	0.004	0.68	0.0	0.05	19.82	0.00	2.052	4.72	4.46	4.0	95.4	0.5	-0.35	0.79	0.86	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8421	931	4	39	3	0	0	logfile
✘	8XCN	38248	2025-05-12	2023-12-09	3.02	3.72	3.09	3.7	0.031	1.70	0.0	0.49	18.74	0.01	1.241	23.11	2.15	5.4	94.6	0.0	-0.97	0.73	0.74	1.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8601	1089	5	0	6	0	0	logfile
✘	8RCF	19051	2025-05-20	2023-12-06	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20202	2488	18	46	24	0	0	logfile

• ← previous
• Page 9 of 38
• next →