cryo-EM Re-Refine

Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	Logfile
✘	8Y8X	39063	2025-05-21	2024-02-06	2.26	2.31	2.19	2.3	0.018	0.63	0.0	0.04	14.31	0.00	0.000	6.97	1.08	1.6	98.4	0.0	1.31	0.74	0.87	4.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22452	3012	12	0	0	logfile
✘	8Y8Q	39055	2025-05-21	2024-02-06	2.67	2.71	2.59	2.8	0.022	0.66	0.0	0.04	17.47	0.00	0.000	6.83	1.56	5.6	94.4	0.0	-1.01	0.68	0.85	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22596	3024	12	0	0	logfile
✘	8Y8o	39053	2025-05-21	2024-02-06	2.94	3.07	2.87	3.1	0.034	0.59	0.0	0.03	16.73	0.00	0.000	7.80	1.04	2.4	97.6	0.0	0.25	0.69	0.85	4.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22656	3024	12	0	0	logfile
✘	8Y7Y	39026	2025-05-10	2024-02-05	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6860	861	13	0	27	logfile
✘	8VX4	43607	2025-05-09	2024-02-03	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3650	311	3	60	0	logfile
✘	8VX6	43609	2025-05-16	2024-02-03	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14984	1085	11	312	0	logfile
✘	8VWS	43595	2025-05-17	2024-02-02	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11907	743	10	294	0	logfile
✘	8VWV	43601	2025-05-19	2024-02-02	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14474	1066	11	294	0	logfile
✘	8VWT	43596	2025-05-18	2024-02-02	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14451	1061	11	294	0	logfile
✘	8VWU	43600	2025-05-17	2024-02-02	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12021	757	10	294	0	logfile
✘	8VV0	43546	2025-05-15	2024-01-30	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13250	1580	15	0	30	logfile
✘	8Y3P	38894	2025-05-18	2024-01-29	3.48	3.68	3.57	3.6	0.004	0.76	0.0	0.05	13.55	0.01	2.296	6.88	0.00	4.8	95.2	0.0	-1.81	0.71	0.79	2.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17028	2163	9	0	0	logfile
✘	8VUW	43542	2025-05-15	2024-01-29	3.19	2.92	3.06	3.0	0.007	0.98	0.0	0.06	17.62	0.00	2.280	7.02	0.36	4.5	95.5	0.0	-1.89	0.66	0.80	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13055	1560	10	0	5	logfile
✘	8RR4	19457	2025-05-18	2024-01-22	3.2	3.82	3.24	3.5	0.005	0.57	0.0	0.05	17.64	0.01	1.967	7.41	0.50	2.4	97.5	0.1	1.22	0.85	0.79	2.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16539	1960	9	76	3	logfile
✘	8XZB	38792	2025-05-13	2024-01-21	3.12	4.44	3.15	3.8	0.011	1.65	8.0	0.13	17.47	0.01	1.941	19.64	4.45	1.7	97.8	0.5	2.75	0.82	0.70	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6412	787	3	0	1	logfile
✘	8XZG	38795	2025-05-10	2024-01-21	3.2	3.59	3.31	3.6	0.008	1.02	0.0	0.06	14.04	0.00	2.173	9.19	1.56	6.1	93.8	0.1	-2.72	0.62	0.77	2.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7172	919	5	0	0	logfile
✘	8XUU	38684	2025-05-09	2024-01-14	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3598	431	3	0	9	logfile
✘	8XUS	38682	2025-05-24	2024-01-14	3.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25713	3189	6	0	55	logfile
✘	8XUR	38681	2025-05-24	2024-01-14	3.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25792	3189	20	0	63	logfile
✘	8XUT	38683	2025-05-24	2024-01-14	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25149	3126	6	0	49	logfile