Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8HMZ	34905	2025-05-14	2022-12-06	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11542	1367	9	82	6	0	0	logfile
✘	8BVS	16270	2025-05-10	2022-12-05	3.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4799	617	4	1	1	0	0	logfile
✘	8HiR	34827	2025-05-27	2022-11-21	3.18	3.42	3.31	3.4	0.006	0.80	8.0	0.05	15.77	0.00	2.000	11.70	0.09	2.8	97.2	0.0	-1.87	0.62	0.80	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29168	3672	8	0	16	0	0	logfile
✘	8F7Q	28907	2025-05-14	2022-11-20	3.22	3.34	3.11	3.3	0.004	0.87	0.0	0.07	8.26	0.01	2.262	3.31	0.00	1.4	98.6	0.0	0.89	0.64	0.78	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11994	1484	11	0	10	0	0	logfile
✘	8F7W	28911	2025-05-12	2022-11-20	3.19	3.44	3.14	3.4	0.004	0.80	0.0	0.06	8.29	0.01	2.282	3.96	0.10	1.9	98.1	0.0	-1.80	0.58	0.75	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9087	1145	7	0	5	0	0	logfile
✘	8F7E	28904	2025-05-10	2022-11-18	4.13	4.21	4.35	4.1	0.005	0.98	0.0	0.05	15.17	0.01	2.266	14.09	0.53	7.4	92.6	0.0	-3.38	0.55	0.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6642	814	2	0	0	0	0	logfile
✘	8BK8	16092	2025-05-29	2022-11-08	2.9	2.39	2.84	2.7	0.003	0.66	0.0	0.05	13.28	0.01	2.252	5.52	0.00	3.2	96.8	0.0	-0.31	0.59	0.80	4.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32500	4044	4	0	0	0	0	logfile
✘	8HBV	34644	2025-05-09	2022-10-31	2.51	2.70	2.51	2.7	0.009	0.96	0.0	0.05	15.84	0.01	2.209	8.10	0.00	2.0	98.0	0.0	1.54	0.61	0.88	4.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3279	414	3	0	3	0	0	logfile
✘	8BHo	16063	2025-05-25	2022-10-31	2.93	3.61	2.99	3.4	0.002	0.45	0.0	0.04	7.45	0.01	2.092	2.60	0.00	0.9	99.1	0.0	2.52	0.75	0.81	4.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27190	1680	10	0	10	0	13415	logfile
✘	8EYX	28723	2025-05-20	2022-10-29	4.5	4.99	4.57	4.1	0.007	0.76	1.0	0.05	12.87	0.00	1.876	33.88	1.18	9.7	89.7	0.6	-1.73	0.86	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14298	1773	6	0	0	0	0	logfile
✘	8EXX	28663	2025-05-14	2022-10-26	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11862	1354	5	57	4	0	0	logfile
✘	8H9K	34570	2025-05-09	2022-10-25	3.51	3.83	3.65	3.7	0.006	0.91	0.0	0.05	15.47	0.01	2.169	13.42	0.00	5.8	94.2	0.0	-2.34	0.39	0.77	1.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3381	421	3	0	0	0	0	logfile
✘	8EX5	28651	2025-05-09	2022-10-24	3.47	3.76	3.31	3.7	0.004	0.71	0.0	0.04	12.11	0.00	2.141	9.78	0.00	2.2	97.8	0.0	0.88	0.48	0.70	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3177	414	1	0	0	0	0	logfile
✘	8H86	34530	2025-05-11	2022-10-21	2.56	2.71	2.57	2.7	0.015	1.56	0.0	0.08	18.47	0.03	2.296	6.79	0.45	4.0	96.0	0.0	-0.67	0.46	0.73	5.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7080	765	6	0	48	63	0	logfile
✘	8H87	34531	2025-05-11	2022-10-21	2.53	2.73	2.50	2.7	0.011	1.55	0.0	0.08	18.83	0.02	2.300	4.49	0.91	2.3	97.7	0.0	-1.32	0.58	0.79	4.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7083	777	6	0	48	147	0	logfile
✘	8H3S	32829	2025-05-10	2022-10-09	4.9	4.75	—	7.3	0.002	0.44	0.0	0.04	9.51	0.00	2.202	10.15	2.76	7.4	92.6	0.0	-4.26	0.85	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6901	888	3	0	0	0	0	logfile
✘	8B9K	15934	2025-05-16	2022-10-06	4.04	6.74	4.21	4.3	0.004	1.15	0.0	0.04	15.72	0.00	2.160	17.25	5.04	10.5	88.9	0.6	-0.89	0.80	0.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8390	951	3	40	2	0	0	logfile
✘	8B7Q	15899	2025-05-10	2022-09-30	4.02	4.26	3.85	4.2	0.003	0.60	0.0	0.04	9.87	0.00	2.234	4.41	2.94	3.9	95.6	0.5	0.29	0.66	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3511	441	4	0	1	0	0	logfile
✘	8H07	34410	2025-05-28	2022-09-28	2.9	3.15	3.00	3.1	0.014	1.98	81.0	0.14	13.36	0.01	2.223	9.88	1.16	5.5	93.8	0.7	-0.33	0.64	0.66	2.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31320	4187	18	0	3	0	0	logfile
✘	8EMR	28262	2025-05-11	2022-09-28	2.92	3.25	2.98	3.2	0.003	0.63	0.0	0.05	14.91	0.00	2.263	5.06	0.12	4.4	95.6	0.0	-0.58	0.74	0.79	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7685	952	4	0	6	0	0	logfile

• ← previous
• Page 18 of 38
• next →