Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8EM2	28232	2025-05-11	2022-09-26	3.02	3.25	3.03	3.2	0.004	0.82	0.0	0.05	17.86	0.01	2.233	6.51	0.48	4.2	95.8	0.0	-1.92	0.64	0.66	1.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8022	1002	4	0	2	0	0	logfile
✘	8EKM	28207	2025-05-20	2022-09-21	3.56	3.84	3.63	3.8	0.002	0.59	0.0	0.04	17.68	0.00	2.199	8.94	0.37	9.6	90.4	0.0	-2.09	0.68	0.84	1.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19772	2590	14	0	14	0	0	logfile
✘	8EKE	28200	2025-05-10	2022-09-20	3.36	3.79	3.31	3.7	0.002	0.45	0.0	0.04	10.50	0.00	2.313	5.20	2.71	2.5	97.2	0.3	-0.29	0.78	0.72	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4681	610	2	0	0	0	0	logfile
✘	8B3Q	15833	2025-05-24	2022-09-16	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.09	—	—	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5.83	—	—	—	0.09	25095	3395	75	0	0	0	0	logfile
✘	8B3o	15831	2025-05-21	2022-09-16	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.91	—	—	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3.20	—	—	—	1.38	20475	2720	45	0	0	0	0	logfile
✘	8B3P	15832	2025-05-19	2022-09-16	2.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.91	—	—	1.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6.15	—	—	—	-0.01	17620	2370	55	0	0	0	0	logfile
✘	8GVW	34300	2025-05-22	2022-09-16	3.59	3.83	3.61	3.9	0.006	0.90	0.0	0.05	15.33	0.01	2.233	3.61	0.17	2.3	97.7	0.0	0.01	0.67	0.81	1.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22496	2684	8	0	24	0	0	logfile
✘	8Eii	28157	2025-05-13	2022-09-15	3.12	3.48	3.13	3.4	0.004	0.75	0.0	0.04	15.07	0.01	2.205	9.34	0.10	5.8	94.2	0.0	-2.07	0.70	0.75	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10451	1364	7	0	11	0	0	logfile
✘	8AZT	15771	2025-05-10	2022-09-06	3.7	3.48	2.89	4.2	0.011	1.93	0.0	0.11	15.54	0.01	0.000	19.56	4.35	10.3	89.7	0.0	-6.12	0.40	0.59	5.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5424	744	24	0	0	0	0	logfile
✘	8AZU	15772	2025-05-22	2022-09-06	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-5.07	—	—	4.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23856	3108	42	0	0	0	0	logfile
✘	8EDG	28034	2025-05-22	2022-09-04	4.64	4.06	4.62	4.0	0.003	0.61	0.0	0.04	21.43	0.00	2.143	12.47	0.05	4.8	95.2	0.0	-0.34	0.69	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23358	2348	18	216	6	0	0	logfile
✘	8EBX	28001	2025-05-26	2022-08-31	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27533	3219	17	80	9	0	0	logfile
✘	8AVC	15678	2025-05-25	2022-08-26	4.6	5.35	5.54	4.6	0.004	0.80	1.0	0.05	12.05	0.01	1.931	18.34	0.00	4.3	95.4	0.3	-0.17	0.81	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17505	2199	9	0	3	0	0	logfile
✘	8E8o	27945	2025-05-18	2022-08-25	2.77	3.96	2.79	3.4	0.007	0.75	0.0	0.05	14.96	0.00	2.148	9.75	0.00	5.6	94.4	0.0	-2.82	0.86	0.79	3.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17704	2224	8	0	4	0	0	logfile
✘	8Go9	34174	2025-05-14	2022-08-24	3.35	3.59	3.37	3.6	0.003	0.55	0.0	0.04	13.07	0.01	2.277	5.93	0.32	5.2	94.8	0.0	0.51	0.76	0.81	2.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11662	1524	8	0	0	0	0	logfile
✘	8GN7	34156	2025-05-19	2022-08-23	3.0	3.00	2.78	3.0	0.003	0.70	0.0	0.04	18.24	0.01	2.001	2.57	8.33	2.7	97.3	0.0	-1.11	0.65	0.83	1.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17530	2030	20	0	50	0	0	logfile
✘	8E6W	27928	2025-05-21	2022-08-23	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21145	2502	13	58	18	0	53	logfile
✘	8E70	27932	2025-05-21	2022-08-23	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21097	2502	13	61	18	0	63	logfile
✘	7YSW	34084	2025-05-15	2022-08-13	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12407	1517	7	0	12	0	0	logfile
✘	7YSU	34082	2025-05-15	2022-08-13	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12430	1521	7	0	12	0	0	logfile

• ← previous
• Page 19 of 38
• next →