Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7YSH	34075	2025-05-15	2022-08-12	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12480	1525	7	0	11	0	0	logfile
✘	8DZ4	27788	2025-05-20	2022-08-06	3.2	3.45	3.19	3.4	0.002	0.55	0.0	0.04	14.79	0.00	2.190	6.88	0.09	2.9	97.1	0.0	0.22	0.72	0.85	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20290	2618	23	0	0	0	0	logfile
✘	7YQ3	34018	2025-05-16	2022-08-05	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14412	1707	5	28	0	0	0	logfile
✘	7YQ6	34021	2025-05-16	2022-08-05	4.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13990	1592	4	48	0	0	0	logfile
✘	7YQ4	34019	2025-05-13	2022-08-05	3.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10618	1243	5	24	0	0	0	logfile
✘	7YQ5	34020	2025-05-16	2022-08-05	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14067	1673	5	24	0	0	0	logfile
✘	8AN2	15530	2025-05-12	2022-08-04	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.32	—	—	3.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.51	—	—	—	3.17	8657	1040	18	0	63	0	0	logfile
✘	7YPX	34017	2025-05-12	2022-08-04	3.12	4.18	3.16	3.7	0.004	0.57	0.0	0.04	10.61	0.00	2.092	12.71	0.00	3.7	96.3	0.0	-0.23	0.91	0.85	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8808	1236	6	0	0	0	0	logfile
✘	8AN3	15531	2025-05-12	2022-08-04	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.24	—	—	1.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.32	—	—	—	1.39	8721	1040	20	0	68	0	0	logfile
✘	7YNA	33956	2025-05-16	2022-07-30	3.64	3.83	3.70	3.7	0.007	0.73	0.0	0.05	16.96	0.01	2.143	10.32	0.60	16.1	83.8	0.1	-4.75	0.84	0.88	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13784	1536	3	63	0	0	0	logfile
✘	8DT8	27692	2025-05-22	2022-07-25	3.34	3.09	3.26	3.1	0.006	1.04	0.0	0.06	10.60	0.01	2.083	1.13	0.20	2.8	97.2	0.0	0.67	0.71	0.82	2.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22796	2900	8	0	13	0	0	logfile
✘	8DTF	27696	2025-05-15	2022-07-25	3.7	3.84	3.70	3.7	0.003	0.72	0.0	0.04	11.94	0.01	2.250	8.95	0.00	4.4	95.6	0.0	0.35	0.83	0.79	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12414	1606	2	0	0	0	0	logfile
✘	8DTi	27699	2025-05-13	2022-07-25	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9455	1258	4	0	2	0	0	logfile
✘	8DTG	27697	2025-05-14	2022-07-25	3.9	3.99	3.88	3.9	0.004	0.63	0.0	0.04	12.36	0.01	2.136	8.01	0.00	5.6	94.4	0.0	0.05	0.81	0.80	2.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11451	1539	2	0	0	0	0	logfile
✘	8AG4	15415	2025-05-13	2022-07-19	2.46	2.04	2.47	1.7	0.003	0.49	0.0	0.04	13.59	0.00	2.170	5.34	0.00	3.9	96.1	0.0	0.77	0.82	0.83	4.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11155	1384	4	0	0	0	0	logfile
✘	7YiY	33866	2025-05-12	2022-07-18	2.7	2.84	2.66	2.8	0.008	0.98	0.0	0.06	16.23	0.01	2.205	6.16	4.77	5.2	94.2	0.6	-1.48	0.71	0.87	3.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9257	1164	7	0	2	0	0	logfile
✘	8DPF	27633	2025-05-11	2022-07-15	2.84	2.18	2.90	2.0	0.004	0.75	0.0	0.06	11.29	0.00	2.093	3.46	0.12	1.8	98.2	0.0	1.40	0.78	0.77	4.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8160	1093	6	0	2	0	0	logfile
✘	8DPL	27637	2025-05-21	2022-07-15	2.53	3.55	2.57	3.0	0.002	0.51	0.0	0.04	9.41	0.00	2.277	3.90	0.00	2.5	97.5	0.0	1.13	0.90	0.87	4.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16872	2163	21	0	21	0	0	logfile
✘	7YHP	33835	2025-05-09	2022-07-14	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3815	374	4	38	1	0	0	logfile
✘	8DNY	27584	2025-05-10	2022-07-12	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4428	558	8	0	1	0	97	logfile

• ← previous
• Page 20 of 38
• next →