cryo-EM Re-Refine

Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# H	Logfile
✘	9HBX	52033	2025-05-10	2024-11-08	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5261	630	5	22	0	0	logfile
✘	9HBV	52031	2025-05-10	2024-11-08	3.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5405	629	5	30	0	0	logfile
✘	9HBZ	52035	2025-05-17	2024-11-08	3.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15706	1881	12	64	0	0	logfile
✘	9HBU	52030	2025-05-10	2024-11-08	3.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5530	629	4	37	0	0	logfile
✘	9HBY	52034	2025-05-11	2024-11-08	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7976	951	7	35	0	0	logfile
✘	9HBW	52032	2025-05-13	2024-11-08	3.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10702	1259	8	54	0	0	logfile
✘	9HBS	52028	2025-05-13	2024-11-08	3.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11044	1252	6	74	0	0	logfile
✘	9E4R	47518	2025-05-16	2024-10-25	3.31	3.69	3.51	3.7	0.003	0.57	0.0	0.04	15.26	0.00	2.353	6.29	0.25	2.9	97.1	0.0	0.28	0.74	0.81	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14784	1866	12	0	6	0	logfile
✘	9E26	47439	2025-05-19	2024-10-21	2.8	3.57	—	3.3	0.005	0.53	0.0	0.05	14.68	0.00	1.886	5.82	1.07	2.9	97.1	0.0	1.74	0.83	0.69	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18444	2532	10	0	8	0	logfile
✘	9E29	47446	2025-05-19	2024-10-21	3.3	4.22	—	3.9	0.004	0.59	0.0	0.05	15.01	0.00	1.765	10.24	0.17	5.0	95.0	0.0	0.33	0.86	0.68	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18498	2532	12	0	12	0	logfile
✘	9K1D	61972	2025-05-10	2024-10-16	3.34	3.51	3.17	3.5	0.020	0.72	0.0	0.07	16.97	0.00	2.183	12.57	0.27	2.5	97.5	0.0	0.87	0.69	0.81	0.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6892	858	5	0	6	0	logfile
✘	9DYJ	47306	2025-05-16	2024-10-14	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14391	1735	10	0	11	0	logfile
✘	9DYN	47310	2025-05-16	2024-10-14	2.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14391	1735	10	0	11	0	logfile
✘	9DYi	47305	2025-05-17	2024-10-14	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15521	1885	15	0	6	0	logfile
✘	9DWE	47241	2025-05-18	2024-10-09	2.8	3.10	2.94	3.1	0.005	0.83	0.0	0.05	14.21	0.01	1.485	3.75	0.00	2.8	97.2	0.0	-0.83	0.72	0.87	4.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17400	2187	15	0	21	3	logfile
✘	9JVM	61840	2025-05-09	2024-10-09	2.36	2.47	2.27	3.0	0.009	1.11	0.0	0.05	12.65	0.01	2.211	12.67	0.00	11.2	88.4	0.4	-1.75	0.65	0.61	4.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1800	267	1	0	0	0	logfile
✘	9JUL	61829	2025-05-12	2024-10-08	3.1	3.11	3.25	3.2	0.005	0.76	0.0	0.05	14.49	0.01	2.238	12.44	0.74	5.3	94.7	0.0	0.64	0.65	0.81	2.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9005	1165	2	0	1	0	logfile
✘	9DRX	47132	2025-05-18	2024-09-26	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17398	2121	17	0	25	0	logfile
✘	9JNT	61626	2025-05-17	2024-09-24	2.7	3.43	2.76	3.1	0.005	0.67	0.0	0.04	26.48	0.00	1.985	10.74	0.00	6.6	93.3	0.1	0.16	0.87	0.85	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16283	1283	12	292	2	0	logfile
✘	9DPL	47106	2025-05-19	2024-09-22	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10555	1092	10	76	6	0	logfile