Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9DH8	46859	2025-05-22	2024-09-03	3.5	3.83	3.62	3.7	0.004	0.66	0.0	0.04	14.59	0.00	2.108	11.31	0.00	2.7	97.3	0.0	1.36	0.77	0.77	1.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21847	2709	2	0	4	0	0	logfile
✘	9DAo	46695	2025-05-13	2024-08-22	2.8	3.05	2.81	3.1	0.008	0.97	0.0	0.05	16.57	0.01	1.978	6.22	2.59	4.5	95.4	0.2	-0.40	0.66	0.82	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9804	1264	6	0	6	0	0	logfile
✘	9J8V	61241	2025-05-15	2024-08-21	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13498	1677	3	2	0	0	0	logfile
✘	9J7A	61199	2025-05-13	2024-08-18	4.13	4.32	4.10	4.2	0.003	0.66	0.0	0.04	14.85	0.01	2.244	8.56	0.08	6.4	93.6	0.0	-0.81	0.74	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11036	1389	6	0	22	0	0	logfile
✘	9J53	61141	2025-05-10	2024-08-11	3.3	3.55	3.36	3.5	0.003	0.57	0.0	0.04	14.75	0.00	2.117	11.26	4.13	8.6	91.4	0.0	-0.49	0.49	0.71	1.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6598	764	4	0	6	0	0	logfile
✘	9D2i	46497	2025-05-12	2024-08-08	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9053	1010	6	50	2	0	0	logfile
✘	9J13	61066	2025-05-11	2024-08-03	3.4	3.75	3.49	3.8	0.006	0.87	2.0	0.07	13.30	0.00	2.139	7.65	0.25	8.0	92.0	0.0	-1.46	0.62	0.83	2.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7440	1008	2	0	0	0	0	logfile
✘	9CXB	45984	2025-05-16	2024-07-31	3.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14479	1749	16	0	22	0	0	logfile
✘	9CUJ	45935	2025-05-21	2024-07-26	2.78	2.95	2.81	3.0	0.011	1.39	0.0	0.05	17.60	0.01	2.291	5.23	1.51	4.3	95.7	0.0	-5.66	0.60	0.82	4.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21557	2440	12	0	65	72	0	logfile
✘	9CTR	45916	2025-05-17	2024-07-25	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15623	1880	10	0	9	0	0	logfile
✘	9CTQ	45915	2025-05-17	2024-07-25	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15630	1880	10	0	10	0	0	logfile
✘	9CTS	45917	2025-05-17	2024-07-25	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15623	1880	10	0	9	0	0	logfile
✘	9CQT	45822	2025-05-10	2024-07-19	2.37	2.53	2.37	2.6	0.014	0.68	0.0	0.04	18.27	0.01	2.090	7.18	0.44	0.5	99.5	0.0	3.48	0.69	0.84	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4790	568	12	0	8	290	0	logfile
✘	9CHU	45602	2025-05-10	2024-07-02	3.49	3.92	3.50	3.9	0.008	0.89	3.0	0.06	16.11	0.01	2.165	7.85	0.41	6.6	93.4	0.0	-1.06	0.71	0.80	2.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7009	887	5	0	2	0	0	logfile
✘	9CEV	45520	2025-05-15	2024-06-27	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14047	600	6	131	3	3	6353	logfile
✘	9CET	45518	2025-05-16	2024-06-27	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14090	596	5	134	1	0	6375	logfile
✘	9CEX	45522	2025-05-16	2024-06-27	3.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14679	600	8	151	3	3	6578	logfile
✘	9CEU	45519	2025-05-15	2024-06-27	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13398	607	5	108	1	0	6141	logfile
✘	9CEW	45521	2025-05-16	2024-06-27	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15163	600	7	166	3	0	6758	logfile
✘	9CER	45516	2025-05-16	2024-06-27	4.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14598	612	2	142	0	0	6561	logfile

• ← previous
• Page 3 of 38
• next →