Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8DBF	27282	2025-05-27	2022-06-14	2.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29964	3792	36	0	60	84	0	logfile
✘	8DBi	27285	2025-05-16	2022-06-14	2.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14496	1854	18	0	30	12	0	logfile
✘	8DBN	27291	2025-05-16	2022-06-14	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14244	1824	12	0	24	0	0	logfile
✘	8DBK	27287	2025-05-16	2022-06-14	2.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14612	1868	18	0	30	12	0	logfile
✘	8DBJ	27286	2025-05-26	2022-06-14	2.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28992	3708	36	0	60	24	0	logfile
✘	8D9X	27269	2025-05-15	2022-06-11	3.8	2.68	3.66	2.8	0.004	0.71	2.0	0.04	13.94	0.01	2.217	13.63	0.58	3.9	96.1	0.0	0.05	0.72	0.71	1.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12670	1680	8	0	0	0	0	logfile
✘	8A3B	15110	2025-05-16	2022-06-07	3.1	2.31	2.86	2.9	0.003	0.55	0.0	0.03	14.17	0.00	2.091	4.59	0.00	0.9	99.1	0.0	2.21	0.73	0.72	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14448	1792	7	0	0	0	0	logfile
✘	8D4T	27196	2025-05-26	2022-06-02	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27994	1738	17	0	12	0	13730	logfile
✘	8A1R	15084	2025-05-13	2022-06-01	3.6	5.63	3.62	3.4	0.011	0.86	0.0	0.06	16.56	0.00	2.097	11.72	0.00	5.2	94.8	0.0	-0.06	0.91	0.75	-0.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9286	1186	4	0	4	0	0	logfile
✘	8D1G	27129	2025-05-18	2022-05-27	2.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16201	1735	15	0	61	620	0	logfile
✘	8A03	15046	2025-05-10	2022-05-26	3.2	3.30	3.22	3.3	0.002	0.44	0.0	0.04	14.18	0.00	2.399	3.41	0.00	2.4	97.6	0.0	0.63	0.51	0.84	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5511	717	3	0	0	0	0	logfile
✘	8CYi	27078	2025-05-16	2022-05-23	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14621	932	3	0	2	0	7191	logfile
✘	7ZWC	14996	2025-05-16	2022-05-19	3.2	3.57	3.12	3.3	0.003	0.53	0.0	0.04	18.42	0.00	2.067	7.82	0.00	3.7	96.3	0.0	1.08	0.74	0.80	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13944	1500	11	83	2	0	0	logfile
✘	8CWo	27028	2025-05-30	2022-05-19	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34342	1508	16	1044	66	1	0	logfile
✘	7ZRZ	14923	2025-05-10	2022-05-05	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.27	—	—	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.13	—	—	—	1.82	6580	617	5	77	0	0	0	logfile
✘	7XoS	33358	2025-05-09	2022-05-01	3.2	3.54	3.05	3.3	0.003	0.58	0.0	0.04	13.12	0.00	2.109	10.85	0.00	1.5	98.5	0.0	1.37	0.54	0.84	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3855	524	1	0	0	0	0	logfile
✘	7Xo4	33336	2025-05-30	2022-04-30	3.24	2.35	3.35	2.1	0.007	0.66	0.0	0.04	11.87	0.00	1.184	7.12	0.00	2.0	98.0	0.0	-2.83	0.52	0.40	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33410	4252	10	0	41	0	0	logfile
✘	7UUY	26806	2025-05-09	2022-04-29	3.3	3.47	3.27	3.5	0.004	0.58	0.0	0.04	13.50	0.00	2.067	5.68	0.25	5.5	94.5	0.0	0.72	0.61	0.84	2.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3809	503	2	0	1	0	0	logfile
✘	7XNo	33321	2025-05-17	2022-04-29	2.54	2.96	2.54	2.8	0.002	0.53	0.0	0.04	12.89	0.00	2.215	5.72	0.12	4.5	95.4	0.1	1.92	0.69	0.85	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15888	2085	15	0	3	0	0	logfile
✘	7XMV	33306	2025-05-17	2022-04-27	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15228	1842	18	0	30	810	0	logfile

• ← previous
• Page 22 of 38
• next →