cryo-EM Re-Refine

Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	Logfile
✘	7UT1	26744	2025-05-28	2022-04-26	3.8	4.42	3.91	4.1	0.008	0.63	0.0	0.04	20.16	0.00	2.148	11.32	0.00	3.8	96.2	0.0	0.17	0.82	0.81	1.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31319	3147	40	298	12	0	logfile
✘	7XMU	33305	2025-05-17	2022-04-26	2.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15294	1842	18	0	36	822	logfile
✘	7ZLK	14783	2025-05-23	2022-04-15	3.99	4.35	4.03	4.2	0.022	1.89	0.0	0.13	14.46	0.01	2.348	0.97	0.08	2.9	97.1	0.0	0.34	0.76	0.76	1.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23518	2836	35	0	98	0	logfile
✘	7XiZ	33213	2025-05-09	2022-04-14	3.74	3.27	3.77	3.1	0.013	1.11	0.0	0.06	19.02	0.01	2.386	4.94	0.00	12.8	86.4	0.8	-3.37	0.35	0.71	1.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2161	267	2	0	2	0	logfile
✘	7ZKi	14763	2025-05-11	2022-04-13	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7120	688	5	77	2	0	logfile
✘	7XiC	33202	2025-05-27	2022-04-12	3.3	3.72	3.48	3.6	0.010	1.43	0.0	0.08	10.86	0.01	1.933	11.05	1.40	5.6	92.5	1.8	-2.01	0.67	0.65	1.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29941	3706	31	0	71	0	logfile
✘	7Xi9	33200	2025-05-11	2022-04-12	2.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7620	869	8	24	5	232	logfile
✘	7XiB	33201	2025-05-11	2022-04-12	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7178	815	8	24	2	196	logfile
✘	7XGY	33189	2025-05-10	2022-04-07	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4555	574	8	0	4	0	logfile
✘	7XG0	33181	2025-05-20	2022-04-02	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19893	2280	12	118	1	0	logfile
✘	7XG2	33183	2025-05-20	2022-04-02	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19904	2282	12	118	1	0	logfile
✘	7XG4	33185	2025-05-26	2022-04-02	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24769	2876	13	134	1	0	logfile
✘	7XG3	33184	2025-05-26	2022-04-02	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24368	2839	13	128	1	0	logfile
✘	7UKM	26584	2025-05-28	2022-04-01	3.03	3.70	3.13	3.4	0.005	0.78	0.0	0.05	12.65	0.00	2.223	1.41	0.00	3.2	96.8	0.0	0.17	0.83	0.87	3.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30145	3771	12	0	47	0	logfile
✘	7ZFW	14704	2025-05-15	2022-04-01	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13188	0	1	615	0	0	logfile
✘	7XFM	33176	2025-05-15	2022-04-01	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12914	946	11	266	0	0	logfile
✘	7XFH	33172	2025-05-15	2022-04-01	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12969	957	11	264	0	0	logfile
✘	7XFJ	33174	2025-05-14	2022-04-01	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12805	943	11	262	0	0	logfile
✘	7UHG	26514	2025-05-21	2022-03-26	3.0	3.13	—	3.1	0.004	0.62	0.0	0.05	16.29	0.00	2.167	7.48	0.09	4.4	95.5	0.1	-1.09	0.60	0.83	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20414	2502	11	0	23	0	logfile
✘	7XD1	33132	2025-05-14	2022-03-26	3.2	2.74	3.18	3.1	0.009	0.87	0.0	0.05	26.77	0.01	2.339	2.77	1.59	1.3	98.7	0.0	-5.83	0.76	0.83	4.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12048	760	10	294	0	0	logfile