Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7UGV	26497	2025-05-10	2022-03-25	2.94	3.59	2.93	3.4	0.003	0.57	0.0	0.04	9.13	0.00	2.111	3.29	0.00	0.7	99.3	0.0	2.34	0.50	0.85	4.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3107	418	2	0	3	0	0	logfile
✘	7XBD	33103	2025-05-12	2022-03-21	3.11	3.35	3.12	3.4	0.003	0.53	0.0	0.04	14.05	0.00	2.201	6.38	0.00	4.8	95.2	0.0	-1.80	0.61	0.73	2.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8981	1153	6	0	0	0	0	logfile
✘	7U9o	26402	2025-05-10	2022-03-11	3.4	3.12	3.37	3.4	0.007	0.93	0.0	0.06	10.08	0.01	2.330	1.94	0.28	9.5	90.3	0.1	-4.13	0.71	0.84	4.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6563	829	6	0	3	0	0	logfile
✘	7X6V	33028	2025-05-13	2022-03-08	3.6	4.04	3.51	3.9	0.012	1.58	34.0	0.12	14.93	0.01	1.640	15.04	0.62	14.7	84.3	1.0	-3.94	0.71	0.70	1.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10903	1429	4	0	3	0	0	logfile
✘	7Z4Y	14510	2025-05-18	2022-03-06	4.5	3.71	4.31	4.3	0.003	0.74	0.0	0.05	14.19	0.01	2.154	14.96	0.46	1.9	97.5	0.6	-1.98	0.69	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16756	2197	4	0	0	0	0	logfile
✘	7X5V	33016	2025-05-12	2022-03-05	2.83	3.04	—	3.1	0.007	0.87	1.0	0.05	14.75	0.01	1.891	19.22	1.40	5.7	94.3	0.0	-2.31	0.57	0.77	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9504	1176	5	0	0	0	0	logfile
✘	7U5N	26356	2025-05-25	2022-03-02	2.58	2.84	2.74	2.8	0.006	0.92	0.0	0.06	12.59	0.01	2.261	5.51	2.44	2.9	97.1	0.0	0.60	0.66	0.81	4.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27280	3430	20	0	10	0	0	logfile
✘	7Z37	14472	2025-05-16	2022-03-01	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.30	—	—	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.03	—	—	—	2.25	14256	1740	6	0	2	0	0	logfile
✘	7Z24	14457	2025-05-11	2022-02-25	3.32	2.74	3.27	3.3	0.007	1.05	2.0	0.08	18.10	0.01	2.387	7.61	2.07	2.8	97.2	0.0	-0.18	0.57	0.71	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8303	929	4	36	1	0	0	logfile
✘	7X2C	32964	2025-05-13	2022-02-25	3.2	3.88	—	3.8	0.006	0.71	0.0	0.05	13.49	0.00	2.102	9.59	0.48	2.0	98.0	0.0	0.97	0.58	0.72	1.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7953	1031	6	0	3	0	0	logfile
✘	7X13	32933	2025-05-21	2022-02-23	3.7	3.38	—	3.3	0.002	0.51	0.0	0.04	14.42	0.00	2.152	8.27	0.04	1.7	98.3	0.0	2.42	0.50	0.55	1.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21248	2668	12	0	0	0	0	logfile
✘	7X07	32919	2025-05-13	2022-02-21	3.78	4.03	—	4.0	0.013	1.66	0.0	0.08	15.38	0.01	2.145	8.39	1.97	8.1	91.2	0.7	-4.75	0.61	0.78	1.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10125	1266	3	0	1	0	0	logfile
✘	7U16	26279	2025-05-09	2022-02-19	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3456	405	6	0	12	0	0	logfile
✘	7WWK	32868	2025-05-10	2022-02-13	3.4	3.74	—	3.6	0.005	0.71	0.0	0.05	12.68	0.00	2.206	7.38	0.00	4.1	95.7	0.2	-0.93	0.74	0.87	3.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6620	845	6	0	0	0	0	logfile
✘	7WVF	32852	2025-05-16	2022-02-10	3.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14249	1546	5	46	46	0	0	logfile
✘	7WVJ	32853	2025-05-15	2022-02-10	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12488	1318	4	46	46	0	0	logfile
✘	7WVE	32851	2025-05-15	2022-02-10	3.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12498	1318	4	46	46	0	0	logfile
✘	7TXV	26161	2025-05-26	2022-02-09	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27648	3528	16	0	28	0	0	logfile
✘	7WV3	32844	2025-05-24	2022-02-09	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25386	2672	18	80	124	0	0	logfile
✘	7WV4	32845	2025-05-23	2022-02-09	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24490	2636	6	80	80	0	0	logfile

• ← previous
• Page 24 of 38
• next →