Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7WB0	32391	2025-05-13	2021-12-15	3.2	3.52	—	3.3	0.003	0.58	0.0	0.03	21.37	0.00	2.136	7.20	0.00	3.3	96.6	0.1	0.54	0.70	0.73	1.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10096	797	4	175	0	0	0	logfile
✘	7WAH	32385	2025-05-15	2021-12-14	2.45	2.65	—	2.8	0.002	0.51	0.0	0.04	14.18	0.00	2.239	7.07	0.55	1.7	98.3	0.0	0.28	0.64	0.80	3.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13217	1473	4	62	4	0	0	logfile
✘	7T6X	25730	2025-05-12	2021-12-14	3.83	4.14	3.83	4.0	0.022	2.01	0.0	0.13	15.96	0.02	1.505	3.89	0.00	3.8	96.1	0.1	-0.16	0.77	0.82	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9217	1140	19	0	37	0	0	logfile
✘	7W9i	32367	2025-05-10	2021-12-09	3.4	3.65	—	3.7	0.005	0.72	0.0	0.05	14.90	0.01	2.289	3.91	0.00	4.8	95.2	0.0	-5.48	0.68	0.80	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6412	791	2	0	0	0	0	logfile
✘	7T2G	25612	2025-05-10	2021-12-04	2.5	1.71	—	1.4	0.007	0.88	0.0	0.05	12.03	0.01	2.214	13.39	1.00	3.5	96.5	0.0	0.61	0.80	0.81	5.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6922	898	5	0	3	8	0	logfile
✘	7QEN	13934	2025-05-20	2021-12-03	3.46	2.43	3.43	2.1	0.006	0.96	0.0	0.06	19.01	0.01	2.068	4.07	0.20	3.6	96.4	0.0	-3.65	0.74	0.75	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19205	2209	8	70	20	0	0	logfile
✘	7T02	25577	2025-05-16	2021-11-29	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14359	1752	4	25	5	0	0	logfile
✘	7SXT	25505	2025-05-24	2021-11-24	2.31	3.14	—	2.6	0.005	0.81	0.0	0.05	12.82	0.01	2.287	2.67	0.00	2.8	97.2	0.0	-0.67	0.84	0.83	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25248	3120	24	0	60	0	0	logfile
✘	7SVV	25454	2025-05-22	2021-11-19	3.54	3.06	3.43	3.5	0.024	1.88	10.0	0.10	16.78	0.01	1.320	4.73	0.00	1.4	98.6	0.0	-0.21	0.56	0.75	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23046	2710	32	38	20	0	0	logfile
✘	7VYH	32205	2025-05-26	2021-11-14	2.9	3.02	—	3.0	0.011	0.96	0.0	0.05	14.77	0.01	2.198	8.58	0.00	3.6	96.3	0.1	0.11	0.75	0.86	3.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27933	3488	27	0	16	0	0	logfile
✘	7VX1	32167	2025-05-24	2021-11-12	3.5	2.44	—	3.4	0.004	0.51	1.0	0.04	7.46	0.00	1.753	8.22	0.00	4.3	95.7	0.1	-2.11	0.63	0.59	1.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25362	3237	3	0	0	0	0	logfile
✘	7VV3	32136	2025-05-12	2021-11-04	2.97	3.10	—	3.0	0.009	1.26	0.0	0.07	13.10	0.01	1.600	7.63	0.75	3.3	96.7	0.0	-1.72	0.73	0.85	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8633	1105	6	0	1	0	0	logfile
✘	7SP1	25364	2025-05-09	2021-11-02	3.4	3.65	—	3.9	0.006	1.29	0.0	0.07	19.39	0.01	2.288	11.67	0.00	2.9	97.1	0.0	-2.42	0.41	0.72	4.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4343	540	17	20	0	0	0	logfile
✘	7SPC	24770	2025-05-28	2021-11-02	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.98	—	—	1.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.59	—	—	—	2.54	29716	3978	34	0	0	0	0	logfile
✘	7SL3	25190	2025-05-18	2021-10-22	3.4	3.65	—	3.5	0.002	0.54	0.0	0.04	13.25	0.00	2.238	8.44	0.32	6.4	93.4	0.2	-0.71	0.80	0.81	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14016	1736	6	0	0	0	0	logfile
✘	7VQ2	32083	2025-05-22	2021-10-18	3.68	4.07	—	3.9	0.009	0.84	0.0	0.05	12.14	0.00	2.297	6.39	1.27	4.8	93.8	1.4	-3.35	0.54	0.36	1.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23340	1416	4	0	0	0	11764	logfile
✘	7SD0	25044	2025-05-15	2021-09-29	2.95	3.72	2.97	3.5	0.007	0.97	3.0	0.07	13.55	0.00	1.813	11.57	0.91	5.3	94.7	0.0	-2.03	0.79	0.74	1.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7729	965	5	0	4	0	0	logfile
✘	7SCJ	25036	2025-05-13	2021-09-28	3.4	2.31	2.97	2.0	0.004	0.63	0.0	0.05	14.79	0.01	2.200	9.22	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.25	0.75	0.72	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9336	1131	6	2	7	0	0	logfile
✘	7PRo	13609	2025-05-12	2021-09-22	3.0	3.28	3.20	3.2	0.012	1.09	0.0	0.06	13.80	0.01	2.192	7.00	0.00	4.8	95.2	0.0	-1.65	0.61	0.84	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9032	1160	2	0	0	0	0	logfile
✘	7PPo	13583	2025-05-13	2021-09-14	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10990	1383	5	0	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 26 of 38
• next →