cryo-EM Re-Refine

Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7P1G	13158	2025-05-26	2021-07-01	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28580	3620	30	5	25	0	0	logfile
✘	7oZV	13138	2025-05-12	2021-06-28	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8409	991	6	22	2	0	0	logfile
✘	7oZU	13135	2025-05-12	2021-06-28	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8408	991	6	22	2	0	0	logfile
✘	7R77	24294	2025-05-17	2021-06-24	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14980	1830	4	25	5	0	0	logfile
✘	7F62	31470	2025-05-09	2021-06-24	3.6	4.33	—	4.1	0.003	0.65	0.0	0.04	13.21	0.00	1.925	19.73	1.38	8.1	91.6	0.2	-2.76	0.66	0.62	0.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3321	427	3	0	0	0	0	logfile
✘	7R78	24295	2025-05-17	2021-06-24	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15238	1880	4	18	8	0	0	logfile
✘	7NAF	24271	2025-05-19	2021-06-21	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18868	1341	17	378	1	2	0	logfile
✘	7F3Q	31434	2025-05-11	2021-06-16	3.3	3.52	—	3.4	0.006	0.81	0.0	0.06	13.82	0.01	1.848	10.11	2.14	5.6	94.3	0.1	-0.94	0.81	0.84	3.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8003	1050	7	0	2	0	0	logfile
✘	7N76	24221	2025-05-11	2021-06-09	2.9	3.57	2.96	3.3	0.005	0.64	0.0	0.07	12.16	0.00	2.074	5.80	0.00	3.3	96.7	0.0	0.22	0.70	0.83	3.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7399	1036	2	0	0	3	0	logfile
✘	7EZ2	31386	2025-05-11	2021-06-01	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8698	0	4	406	31	0	0	logfile
✘	7EZM	31389	2025-05-12	2021-06-01	2.9	2.20	—	2.0	0.011	1.07	1.0	0.07	13.16	0.01	2.228	4.78	0.94	3.8	96.2	0.0	-0.87	0.76	0.76	3.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9008	1171	6	0	0	0	0	logfile
✘	7N33	24137	2025-05-18	2021-05-31	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16524	2076	12	12	0	0	0	logfile
✘	7EWL	31351	2025-05-15	2021-05-25	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13784	994	2	0	0	0	6756	logfile
✘	7EWP	31360	2025-05-24	2021-05-25	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20179	1816	4	0	0	0	6804	logfile
✘	7oM0	12982	2025-05-22	2021-05-21	3.1	3.92	3.06	3.2	0.004	0.63	0.0	0.04	15.34	0.00	2.209	7.54	0.04	2.7	97.3	0.0	1.24	0.90	0.85	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22042	2657	12	0	6	0	0	logfile
✘	7MXD	24071	2025-05-27	2021-05-19	3.4	3.54	3.38	3.5	0.005	0.81	1.0	0.06	16.46	0.00	2.107	7.65	0.00	5.9	94.1	0.0	-1.62	0.80	0.80	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29496	3519	58	0	146	0	0	logfile
✘	7MVZ	24059	2025-05-25	2021-05-15	2.81	3.64	2.78	3.1	0.002	0.48	0.0	0.03	7.60	0.00	2.206	2.84	0.00	1.6	98.4	0.0	-1.11	0.80	0.67	0.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26733	1707	3	0	0	0	13421	logfile
✘	7oH0	12890	2025-05-10	2021-05-07	3.9	4.55	—	4.3	0.005	0.92	0.0	0.05	13.94	0.01	2.046	29.13	0.26	11.9	87.9	0.1	-5.70	0.80	0.71	1.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6830	870	3	0	0	0	0	logfile
✘	7MoA	23922	2025-05-15	2021-05-01	4.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12511	1580	5	0	12	0	0	logfile
✘	7Mo7	23919	2025-05-19	2021-05-01	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18135	2329	5	0	6	0	0	logfile