Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7MoA	23922	2025-05-15	2021-05-01	4.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12511	1580	5	0	12	0	0	logfile
✘	7Mo9	23921	2025-05-13	2021-05-01	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9755	1247	4	0	6	0	0	logfile
✘	7ENF	31209	2025-05-25	2021-04-16	2.76	3.23	—	3.1	0.010	0.97	5.0	0.06	19.13	0.01	2.192	10.41	0.53	5.3	94.7	0.0	-1.36	0.77	0.83	2.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26619	3390	21	0	53	0	0	logfile
✘	7Mi3	23838	2025-05-13	2021-04-16	3.5	3.72	3.45	3.6	0.012	1.47	0.0	0.08	13.20	0.01	1.978	5.17	1.94	6.8	92.8	0.3	-1.80	0.85	0.86	3.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9682	1192	2	0	4	0	0	logfile
✘	7MHS	23835	2025-05-21	2021-04-15	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21148	2652	11	0	48	0	0	logfile
✘	7EJ2	31149	2025-05-21	2021-04-01	3.3	3.53	—	3.4	0.009	0.94	0.0	0.06	16.55	0.01	2.290	7.49	0.19	4.8	95.1	0.1	-5.99	0.81	0.85	3.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20968	2728	12	0	4	0	0	logfile
✘	7M6N	23701	2025-05-16	2021-03-26	2.61	3.47	2.67	3.2	0.009	1.28	0.0	0.08	11.87	0.01	2.228	4.91	0.31	1.7	98.3	0.0	0.23	0.86	0.85	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14700	1810	15	0	5	0	0	logfile
✘	5BKJ	9406	2025-05-18	2021-03-19	3.5	3.68	—	3.7	0.006	0.81	0.0	0.06	15.40	0.00	2.251	5.00	1.09	4.1	95.9	0.0	-3.93	0.69	0.84	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16939	2156	16	0	7	4	0	logfile
✘	7M1X	23626	2025-05-14	2021-03-15	3.7	4.26	—	4.1	0.007	0.78	0.0	0.04	29.13	0.01	2.244	6.51	2.27	5.5	94.4	0.1	-1.56	0.83	0.84	1.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11475	746	10	272	0	0	0	logfile
✘	7NV0	12601	2025-05-13	2021-03-15	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9928	1180	7	53	1	0	0	logfile
✘	7LYT	23601	2025-05-17	2021-03-08	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14354	712	6	92	6	0	6722	logfile
✘	7LYS	23600	2025-05-16	2021-03-08	3.05	2.55	3.08	3.1	0.003	0.54	0.0	0.04	20.02	0.00	1.976	5.82	0.17	0.0	100.0	0.0	-1.46	0.83	0.83	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13573	669	4	89	0	0	6374	logfile
✘	7LYA	23590	2025-05-18	2021-03-06	2.91	3.17	3.00	3.2	0.007	0.67	0.0	0.04	27.35	0.00	2.173	3.62	0.16	2.5	97.5	0.0	-1.91	0.70	0.84	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12098	767	10	293	0	0	0	logfile
✘	7NSC	12564	2025-05-12	2021-03-05	3.3	3.46	3.32	3.4	0.005	0.71	0.0	0.04	14.50	0.00	1.732	9.65	0.10	8.3	91.7	0.0	-1.46	0.77	0.81	2.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9327	1230	4	0	0	0	0	logfile
✘	7LWJ	23547	2025-05-23	2021-03-01	3.24	3.45	—	3.3	0.014	1.84	2.0	0.10	13.35	0.01	2.482	0.34	0.84	7.0	92.8	0.2	-1.78	0.70	0.68	1.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23840	3003	6	0	30	0	0	logfile
✘	7LUV	23527	2025-05-19	2021-02-23	3.7	4.02	—	3.6	0.007	0.80	0.0	0.05	9.84	0.00	2.050	10.92	0.05	9.6	90.1	0.3	-4.47	0.76	0.79	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18773	2168	8	0	210	0	0	logfile
✘	7NKD	12438	2025-05-13	2021-02-17	3.12	3.57	—	3.2	0.003	0.45	0.0	0.04	14.50	0.00	2.134	6.59	0.00	1.7	98.3	0.0	2.45	0.85	0.81	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9555	643	8	0	0	0	4768	logfile
✘	7NG8	12309	2025-05-20	2021-02-08	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20173	1341	4	0	0	0	9979	logfile
✘	7LLL	23425	2025-05-12	2021-02-04	3.7	3.48	3.60	3.7	0.006	0.90	0.0	0.06	13.68	0.01	2.124	8.45	0.11	7.1	92.9	0.0	-4.22	0.68	0.82	2.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8940	1153	6	0	0	0	0	logfile
✘	7LiC	23372	2025-05-14	2021-01-26	3.3	4.38	—	4.2	0.004	0.81	0.0	0.04	15.15	0.01	2.261	5.27	0.90	1.4	98.6	0.0	-0.82	0.72	0.79	1.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11980	1508	4	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 29 of 38
• next →