Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7BoD	12239	2025-05-30	2021-01-25	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33389	1289	14	1078	101	0	0	logfile
✘	7BoG	12242	2025-05-30	2021-01-25	2.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33589	1336	16	1071	105	0	0	logfile
✘	7NAS	12246	2025-05-29	2021-01-25	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32390	1454	15	974	43	0	0	logfile
✘	7BoF	12241	2025-05-29	2021-01-25	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32814	1238	13	1070	129	0	0	logfile
✘	7LGJ	23325	2025-05-26	2021-01-20	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27277	3492	16	0	24	0	185	logfile
✘	7LGQ	23328	2025-05-26	2021-01-20	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27718	3508	16	0	16	0	402	logfile
✘	7DV5	30870	2025-05-12	2021-01-12	3.7	3.37	—	3.7	0.014	1.46	6.0	0.08	14.00	0.01	1.936	9.61	2.23	11.7	88.2	0.1	-6.60	0.63	0.79	2.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9319	1189	2	0	2	0	0	logfile
✘	7LB8	23251	2025-05-13	2021-01-07	3.4	3.48	—	3.5	0.002	0.62	1.0	0.04	14.95	0.00	2.093	9.76	2.66	4.7	95.0	0.3	-1.98	0.58	0.72	1.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10439	1405	4	0	0	0	0	logfile
✘	7DTV	30855	2025-05-14	2021-01-06	3.5	3.53	—	3.5	0.009	1.03	0.0	0.07	14.96	0.01	2.189	5.29	0.00	9.8	90.1	0.1	-4.67	0.75	0.83	2.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11276	1560	10	0	22	0	0	logfile
✘	7DTC	30850	2025-05-13	2021-01-04	3.3	3.73	—	3.6	0.004	0.74	0.0	0.04	14.15	0.00	2.201	12.28	0.49	7.9	91.6	0.4	-3.34	0.52	0.80	1.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9363	1151	2	0	9	0	0	logfile
✘	7L1U	23118	2025-05-12	2020-12-15	3.2	3.71	—	3.7	0.011	1.00	0.0	0.06	13.51	0.01	2.202	3.03	0.78	3.6	96.4	0.0	-3.21	0.67	0.85	3.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8723	1148	7	0	1	0	0	logfile
✘	7KYB	23074	2025-05-14	2020-12-07	3.2	3.39	—	3.4	0.012	1.24	0.0	0.05	17.75	0.00	1.917	12.45	8.04	7.9	91.9	0.2	-2.75	0.69	0.86	3.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10814	1322	7	0	14	0	0	logfile
✘	7KY9	23072	2025-05-13	2020-12-07	4.05	4.67	—	4.5	0.004	1.15	0.0	0.05	14.17	0.00	2.206	15.79	0.00	8.3	91.7	0.0	-1.25	0.67	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10354	1275	7	0	14	0	0	logfile
✘	7B6E	12053	2025-05-09	2020-12-07	4.5	2.79	—	5.1	0.005	1.03	0.0	0.05	15.04	0.01	2.129	36.05	0.00	10.9	89.1	0.0	-3.88	0.62	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2205	269	1	0	0	0	0	logfile
✘	7B5P	12043	2025-05-22	2020-12-05	3.2	3.34	—	3.3	0.009	1.00	1.0	0.06	13.44	0.00	1.894	24.69	1.78	8.9	89.6	1.4	-2.84	0.70	0.83	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22527	3013	3	0	0	0	0	logfile
✘	7B2P	11989	2025-05-22	2020-11-27	3.43	2.53	3.40	3.2	0.003	0.54	0.0	0.04	13.61	0.00	2.088	8.42	0.00	4.9	95.1	0.0	-0.25	0.73	0.72	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23187	1509	6	0	5	0	11497	logfile
✘	7DGD	30671	2025-05-14	2020-11-11	3.96	4.40	—	4.2	0.015	2.08	10.0	0.12	15.16	0.01	1.930	4.79	3.87	9.2	89.9	0.9	-4.26	0.61	0.53	0.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12381	1572	2	0	0	0	0	logfile
✘	7KMB	22922	2025-05-10	2020-11-02	3.39	3.84	3.65	3.7	0.004	0.75	0.0	0.05	14.63	0.00	2.298	3.86	0.00	4.8	95.2	0.0	-3.57	0.77	0.80	1.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6509	788	5	0	9	0	0	logfile
✘	7AU2	11923	2025-05-14	2020-11-02	2.43	2.52	—	2.5	0.005	0.72	0.0	0.05	15.75	0.00	2.392	2.29	0.83	2.2	97.8	0.0	-0.04	0.71	0.86	4.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11236	1372	6	0	12	0	0	logfile
✘	7KLV	22919	2025-05-13	2020-11-01	3.1	3.02	—	3.1	0.004	0.65	0.0	0.04	15.24	0.00	1.974	6.77	0.09	4.1	95.9	0.0	-0.12	0.74	0.85	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9871	1226	4	0	6	0	0	logfile

• ← previous
• Page 30 of 38
• next →