Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7KJW	22900	2025-05-12	2020-10-26	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8561	949	5	44	2	0	0	logfile
✘	7KJX	22901	2025-05-12	2020-10-26	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8589	948	5	44	2	0	0	logfile
✘	7KJV	22899	2025-05-12	2020-10-26	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8361	941	5	44	2	0	0	logfile
✘	7AoF	11843	2025-05-30	2020-10-14	2.98	3.67	—	3.2	0.002	0.46	0.0	0.05	9.85	0.00	1.984	4.35	1.81	4.9	95.0	0.1	0.39	0.90	0.87	3.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32727	4034	12	0	5	0	0	logfile
✘	7KDP	22828	2025-05-17	2020-10-09	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15844	1914	6	0	34	0	0	logfile
✘	7KC0	22803	2025-05-20	2020-10-04	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19553	2334	10	47	4	0	0	logfile
✘	7D77	30603	2025-05-12	2020-10-03	2.9	3.25	—	3.2	0.008	0.78	0.0	0.06	13.72	0.00	2.107	8.48	0.21	3.7	96.3	0.0	-2.58	0.62	0.80	4.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8785	1105	7	0	7	1	0	logfile
✘	7AKJ	11813	2025-05-29	2020-10-01	3.8	3.63	—	3.6	0.005	1.04	0.0	0.07	16.70	0.01	2.143	6.11	0.09	2.9	97.1	0.0	-1.03	0.79	0.79	2.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31812	3930	30	0	96	0	0	logfile
✘	7AiP	11801	2025-05-16	2020-09-28	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13535	1734	10	0	14	4	0	logfile
✘	7AFo	11772	2025-05-30	2020-09-19	3.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34134	1691	16	971	20	0	0	logfile
✘	7AFi	11766	2025-05-30	2020-09-19	3.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33803	1387	14	1066	46	0	0	logfile
✘	7A8Z	11680	2025-05-11	2020-08-31	3.35	3.81	3.38	3.7	0.004	0.59	0.0	0.04	14.41	0.00	2.254	7.18	0.00	7.6	92.3	0.1	-1.49	0.68	0.75	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8402	1103	2	0	0	0	0	logfile
✘	7JWY	22515	2025-05-24	2020-08-26	2.5	2.64	2.52	2.6	0.011	1.25	0.0	0.07	13.66	0.01	2.248	2.44	0.11	6.1	93.9	0.0	-2.72	0.75	0.83	3.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25860	3178	26	0	64	119	0	logfile
✘	7A65	11666	2025-05-15	2020-08-25	3.9	3.56	—	3.5	0.007	0.79	0.0	0.05	12.71	0.00	2.200	14.84	1.72	4.3	95.7	0.0	-2.31	0.58	0.72	1.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12521	1596	4	0	6	0	0	logfile
✘	7CRR	30457	2025-05-23	2020-08-14	3.48	3.61	—	3.5	0.009	0.86	0.0	0.04	27.67	0.00	2.037	12.56	1.56	10.2	89.8	0.0	-5.14	0.74	0.82	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14839	1002	12	336	4	0	0	logfile
✘	7JPV	22424	2025-05-19	2020-08-10	3.4	3.54	—	3.5	0.012	0.76	0.0	0.04	18.50	0.00	2.040	13.82	7.64	6.6	93.3	0.2	-3.99	0.66	0.83	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18288	2227	5	0	11	0	0	logfile
✘	7JHY	22340	2025-05-18	2020-07-21	3.9	3.99	—	4.0	0.005	1.14	0.0	0.06	17.14	0.01	2.185	4.92	0.00	14.8	85.0	0.2	-2.88	0.53	0.68	1.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16597	2083	12	31	0	0	0	logfile
✘	7CKZ	30395	2025-05-16	2020-07-20	3.1	3.23	—	3.2	0.003	0.52	0.0	0.04	14.33	0.00	1.570	22.51	0.93	3.1	96.9	0.0	-3.38	0.59	0.71	2.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8133	1037	6	0	3	0	0	logfile
✘	7CKY	30394	2025-05-16	2020-07-20	3.2	3.28	—	3.3	0.007	0.65	0.0	0.04	14.49	0.00	2.154	17.29	1.51	4.3	95.7	0.0	-2.84	0.46	0.50	0.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8128	1038	6	0	2	0	0	logfile
✘	6XR8	22292	2025-05-26	2020-07-11	2.9	2.96	—	3.0	0.008	0.89	1.0	0.06	15.81	0.00	2.089	3.88	0.73	2.5	97.4	0.1	-1.26	0.69	0.84	3.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27627	3321	42	0	123	0	0	logfile

• ← previous
• Page 31 of 38
• next →