Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6ZJi	11234	2025-05-14	2020-06-29	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.12	—	—	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.79	—	—	—	2.01	10791	1397	4	0	2	0	0	logfile
✘	7CFN	30345	2025-05-11	2020-06-27	3.0	3.32	—	3.3	0.008	1.04	0.0	0.06	10.75	0.01	1.979	7.47	0.12	2.6	97.4	0.0	-2.77	0.62	0.79	4.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8112	1031	6	0	4	1	0	logfile
✘	7CCR	30340	2025-05-27	2020-06-17	4.9	6.57	—	4.8	0.007	0.96	0.0	0.06	24.75	0.01	1.593	7.02	0.11	4.4	95.6	0.0	-2.64	0.83	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29722	2202	22	588	0	0	0	logfile
✘	6ZDG	11173	2025-05-26	2020-06-14	4.7	4.97	—	4.8	0.004	0.51	0.0	0.04	9.08	0.00	1.891	7.24	2.41	3.9	96.1	0.0	0.05	0.71	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28548	1884	12	0	3	0	13995	logfile
✘	6ZD0	11172	2025-05-11	2020-06-13	4.6	4.62	2.79	3.7	0.004	0.91	0.0	0.05	7.55	0.00	2.207	10.05	0.00	10.1	89.8	0.1	-4.73	0.59	0.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7962	1611	6	0	0	0	0	logfile
✘	6ZBY	11158	2025-05-26	2020-06-09	3.1	2.81	—	3.1	0.013	2.02	19.0	0.13	14.55	0.02	2.514	0.63	1.24	4.3	95.1	0.6	-2.34	0.64	0.83	4.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28836	3792	12	0	0	0	0	logfile
✘	6ZBD	11151	2025-05-20	2020-06-08	3.21	3.97	3.37	3.6	0.010	1.23	0.0	0.08	13.68	0.01	2.466	0.97	0.00	0.9	99.1	0.0	0.87	0.85	0.78	1.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19519	1159	4	0	0	0	9896	logfile
✘	6X6A	22074	2025-05-20	2020-05-27	3.6	3.58	—	3.4	0.010	1.29	0.0	0.08	14.43	0.01	2.206	13.75	0.45	7.5	92.4	0.1	-2.80	0.86	0.83	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20240	2524	8	0	0	0	0	logfile
✘	6X3V	22034	2025-05-18	2020-05-21	3.5	3.71	3.49	3.6	0.006	0.66	0.0	0.05	15.05	0.00	2.136	7.47	0.58	4.5	95.5	0.0	-2.83	0.76	0.88	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17426	2121	16	0	27	0	0	logfile
✘	6X0U	21984	2025-05-09	2020-05-17	3.6	3.62	—	3.6	0.004	0.62	0.0	0.04	14.50	0.00	2.277	5.74	0.00	3.7	96.1	0.3	-5.79	0.26	0.78	1.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3091	398	4	0	0	0	0	logfile
✘	6WVR	21924	2025-05-25	2020-05-06	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26768	1712	10	2	6	0	13070	logfile
✘	6WVM	21923	2025-05-25	2020-05-06	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26768	1712	10	2	6	0	13070	logfile
✘	6WVL	21922	2025-05-25	2020-05-06	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26768	1712	10	2	6	0	13070	logfile
✘	6WPS	21864	2025-05-26	2020-04-27	3.1	3.36	3.25	3.3	0.013	1.36	0.0	0.09	11.02	0.01	2.364	0.29	0.10	2.4	97.6	0.0	0.67	0.73	0.74	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28116	3540	27	0	75	0	0	logfile
✘	6YSZ	10911	2025-05-16	2020-04-23	3.6	2.67	—	3.8	0.004	0.56	0.0	0.04	15.54	0.00	2.295	11.00	0.38	2.9	97.1	0.0	-1.45	0.80	0.81	1.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15192	1896	6	0	0	0	0	logfile
✘	6WMT	21852	2025-05-29	2020-04-21	4.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31942	3741	17	118	150	0	11	logfile
✘	7BWA	30231	2025-05-14	2020-04-14	4.9	5.10	4.73	4.8	0.004	0.77	0.0	0.05	15.31	0.00	1.970	41.05	0.00	13.4	86.6	0.0	-4.15	0.80	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11670	1444	4	0	0	0	0	logfile
✘	6WHA	21669	2025-05-11	2020-04-07	3.36	3.16	—	3.4	0.012	1.20	2.0	0.08	13.68	0.01	2.284	6.97	2.99	4.1	95.9	0.0	-0.19	0.78	0.85	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7888	1074	6	0	1	0	0	logfile
✘	6YLF	10837	2025-05-19	2020-04-07	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.06	—	—	—	—	18362	3700	2	0	0	0	0	logfile
✘	7BT7	30171	2025-05-16	2020-03-31	3.8	3.86	—	3.8	0.004	0.66	0.0	0.05	13.36	0.00	1.970	12.49	8.39	7.7	92.3	0.0	-4.13	0.72	0.87	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14530	1850	10	0	10	0	0	logfile

• ← previous
• Page 32 of 38
• next →