Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6WBG	21589	2025-05-20	2020-03-26	2.97	3.60	—	3.3	0.007	0.83	0.0	0.04	16.59	0.01	2.183	11.83	0.38	5.0	95.0	0.0	-1.48	0.72	0.81	2.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19712	2408	14	0	49	0	0	logfile
✘	6YBS	10772	2025-05-26	2020-03-17	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28732	2330	21	501	30	0	0	logfile
✘	6W62	21551	2025-05-11	2020-03-16	3.9	4.04	—	4.0	0.003	0.64	1.0	0.04	16.09	0.00	1.883	16.29	0.00	10.2	89.4	0.3	-2.04	0.71	0.67	1.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7387	910	2	24	0	0	0	logfile
✘	6M66	30114	2025-05-16	2020-03-13	4.1	4.40	—	4.2	0.005	1.08	0.0	0.06	16.35	0.01	2.231	9.42	0.00	8.8	91.2	0.0	-5.00	0.64	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14938	1855	7	0	0	0	0	logfile
✘	6M5V	30094	2025-05-13	2020-03-11	4.5	4.75	—	4.6	0.010	0.86	1.0	0.05	16.07	0.00	2.209	18.28	5.50	9.0	90.9	0.2	-3.04	0.56	0.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10549	1359	5	0	5	0	0	logfile
✘	6VY2	21456	2025-05-21	2020-02-25	4.86	6.05	—	5.2	0.009	1.36	0.0	0.08	22.30	0.00	2.056	18.44	4.96	5.7	93.8	0.5	-2.41	0.82	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21426	2442	66	0	180	0	0	logfile
✘	6M1D	30041	2025-05-21	2020-02-25	4.5	6.53	—	4.6	0.008	1.21	0.0	0.06	18.16	0.01	2.043	20.67	9.51	9.3	89.8	0.9	-5.09	0.69	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21776	2706	4	0	0	0	0	logfile
✘	6VVZ	21408	2025-05-27	2020-02-18	3.72	4.46	—	4.0	0.010	0.95	0.0	0.05	20.48	0.01	2.145	9.76	6.36	7.1	92.8	0.1	-3.51	0.90	0.85	1.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29860	3508	12	127	4	0	0	logfile
✘	6VPC	21308	2025-05-18	2020-02-03	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16309	1633	9	154	5	0	0	logfile
✘	6XXE	10648	2025-05-14	2020-01-27	3.49	2.31	—	3.3	0.007	1.09	0.0	0.06	11.82	0.00	2.471	6.11	2.27	11.0	89.0	0.0	-4.99	0.62	0.57	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12816	1776	16	0	0	0	0	logfile
✘	6XXD	10647	2025-05-16	2020-01-27	3.22	2.31	—	3.1	0.007	1.05	0.0	0.06	11.45	0.00	2.647	2.40	0.00	5.7	94.3	0.0	-2.51	0.70	0.68	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14896	2000	16	0	0	0	0	logfile
✘	6VL6	21231	2025-05-21	2020-01-22	4.6	5.00	4.53	4.6	0.019	1.46	0.0	0.09	11.38	0.01	2.431	0.59	0.00	0.9	99.1	0.0	0.45	0.87	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21504	2640	24	0	0	0	0	logfile
✘	6VKS	21228	2025-05-23	2020-01-22	3.02	3.41	—	3.4	0.009	0.89	0.0	0.05	15.55	0.01	1.946	8.72	0.00	3.2	96.8	0.0	-3.88	0.74	0.79	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24034	3131	6	0	18	0	0	logfile
✘	6VL5	21230	2025-05-17	2020-01-22	4.5	4.57	4.20	4.4	0.019	1.75	0.0	0.10	11.99	0.01	2.242	0.64	0.20	1.2	98.8	0.0	0.88	0.79	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15039	1719	42	0	105	0	0	logfile
✘	6LoD	0936	2025-05-19	2020-01-05	3.2	3.32	—	3.3	0.027	1.51	1.0	0.28	15.53	0.01	2.045	8.39	0.42	8.2	91.8	0.0	-5.59	0.66	0.84	3.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18785	2329	9	0	13	0	0	logfile
✘	6LMV	0921	2025-05-18	2019-12-26	3.6	3.70	3.53	3.7	0.009	1.01	0.0	0.05	14.13	0.01	2.342	3.51	0.94	6.2	93.8	0.0	-5.49	0.62	0.78	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17766	2223	9	0	0	0	0	logfile
✘	6VCC	21148	2025-05-11	2019-12-20	3.6	3.10	3.55	3.5	0.004	0.66	0.0	0.05	12.50	0.01	2.253	4.58	0.00	3.6	96.4	0.0	-4.54	0.53	0.68	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7572	936	12	0	0	0	0	logfile
✘	6V8o	21107	2025-05-24	2019-12-11	3.07	3.27	3.04	3.3	0.004	0.55	0.0	0.04	11.21	0.00	2.149	6.80	2.31	6.9	93.0	0.1	-1.57	0.67	0.77	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25103	3012	23	0	145	0	0	logfile
✘	6TNY	10539	2025-05-20	2019-12-10	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19726	2399	10	50	3	0	0	logfile
✘	6TNZ	10540	2025-05-21	2019-12-10	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22008	2705	11	50	3	0	0	logfile

• ← previous
• Page 33 of 38
• next →