Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6TNY	10539	2025-05-20	2019-12-10	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19726	2399	10	50	3	0	0	logfile
✘	6LHS	0896	2025-05-22	2019-12-10	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1456	2	0	0	0	11313	logfile
✘	6V3G	21036	2025-05-26	2019-11-25	4.0	4.39	—	4.1	0.008	1.05	0.0	0.07	10.57	0.01	2.211	13.47	2.66	5.6	94.4	0.0	-2.76	0.72	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28520	3580	4	0	0	0	0	logfile
✘	6V05	20969	2025-05-15	2019-11-18	4.1	4.20	—	4.1	0.003	0.66	0.0	0.05	13.87	0.00	2.054	9.26	0.75	3.6	96.3	0.1	-2.86	0.70	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13705	1884	6	0	0	0	0	logfile
✘	6V03	20968	2025-05-15	2019-11-18	3.3	3.42	3.26	3.4	0.014	0.67	0.0	0.05	13.49	0.00	2.234	7.76	0.79	6.1	93.9	0.0	-4.30	0.73	0.82	3.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12808	1535	10	0	10	0	0	logfile
✘	6UZ8	20953	2025-05-23	2019-11-14	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23320	2936	8	0	16	0	0	logfile
✘	6UXB	20932	2025-05-13	2019-11-07	4.9	5.50	—	6.0	0.005	0.77	0.0	0.06	4.56	0.00	2.627	0.00	0.00	3.8	96.2	0.0	-2.56	0.74	0.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10344	2104	8	0	0	0	0	logfile
✘	6UXA	20931	2025-05-13	2019-11-07	4.5	5.05	—	6.0	0.005	0.77	0.0	0.06	4.56	0.00	2.628	0.00	0.00	3.8	96.2	0.0	-2.56	0.71	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10344	2104	8	0	0	0	0	logfile
✘	6TAR	10425	2025-05-10	2019-10-30	2.8	2.81	—	3.7	0.005	0.91	0.0	0.06	14.53	0.01	2.319	5.38	0.69	8.5	91.5	0.0	-3.91	0.62	0.81	1.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6715	820	5	0	0	0	0	logfile
✘	6T9J	10413	2025-05-27	2019-10-28	3.4	3.31	3.25	3.2	0.008	1.06	0.0	0.06	15.11	0.01	2.256	5.51	0.90	8.0	92.0	0.0	-4.45	0.80	0.82	2.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29550	3617	3	0	0	0	0	logfile
✘	6T9K	10414	2025-05-19	2019-10-28	3.3	3.35	3.35	3.3	0.005	0.92	0.0	0.05	15.57	0.01	2.247	5.90	0.43	7.1	92.8	0.1	-4.36	0.71	0.74	1.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19241	2426	11	0	0	0	0	logfile
✘	6T8B	10399	2025-05-19	2019-10-24	3.65	3.73	—	3.7	0.004	0.72	0.0	0.05	12.53	0.01	1.942	14.10	0.00	7.2	92.8	0.0	-4.40	0.76	0.83	2.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19077	2370	14	40	10	0	0	logfile
✘	6T7S	10371	2025-05-23	2019-10-23	4.5	4.67	—	4.5	0.004	0.93	0.0	0.06	14.16	0.01	2.278	7.26	0.28	6.0	94.0	0.0	-4.74	0.65	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23436	3090	3	0	0	0	0	logfile
✘	6T2V	10370	2025-05-23	2019-10-09	3.8	4.58	—	3.8	0.002	0.45	0.0	0.03	13.09	0.01	2.213	4.84	3.02	2.0	98.0	0.0	-3.62	0.88	0.73	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23826	2847	4	54	0	0	0	logfile
✘	6L31	0816	2025-05-21	2019-10-07	4.18	4.92	—	4.8	0.007	1.26	7.0	0.07	16.23	0.01	1.738	16.77	2.27	11.7	88.0	0.3	-4.45	0.38	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20905	2670	6	0	0	0	0	logfile
✘	6UFR	20759	2025-05-09	2019-09-24	2.5	2.80	—	2.8	0.012	0.96	0.0	0.07	13.71	0.01	2.209	5.48	0.00	6.6	93.4	0.0	-1.99	0.50	0.87	5.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4420	630	20	0	0	90	0	logfile
✘	6SWE	10324	2025-05-22	2019-09-20	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22737	1523	21	486	9	18	0	logfile
✘	6UE8	20750	2025-05-19	2019-09-20	3.0	3.92	—	3.7	0.008	1.16	0.0	0.06	14.44	0.01	2.144	4.07	0.48	11.7	88.3	0.0	-3.88	0.75	0.75	2.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18183	2473	17	0	10	0	0	logfile
✘	6U9W	20703	2025-05-26	2019-09-09	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26952	1686	12	3	42	0	12918	logfile
✘	6U9V	20702	2025-05-26	2019-09-09	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26737	1680	18	3	54	0	12670	logfile

• ← previous
• Page 34 of 38
• next →