Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6Ri9	4886	2025-05-25	2019-04-23	3.7	4.16	—	3.9	0.012	1.17	0.0	0.06	12.50	0.01	1.871	20.22	0.07	15.7	84.1	0.1	-4.89	0.86	0.86	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26264	3185	9	65	3	0	0	logfile
✘	6oMB	20124	2025-05-21	2019-04-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21815	2775	11	0	48	0	0	logfile
✘	6RH3	4882	2025-05-25	2019-04-18	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26300	3207	9	58	4	0	0	logfile
✘	6RDS	4829	2025-05-30	2019-04-12	3.8	3.90	3.87	3.8	0.007	0.98	0.0	0.06	15.27	0.01	1.908	7.74	0.51	5.3	94.5	0.2	-4.24	0.65	0.76	1.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33891	4502	25	0	10	0	0	logfile
✘	6RAH	4775	2025-05-13	2019-04-06	2.8	2.99	3.01	2.9	0.008	1.57	9.0	0.09	10.60	0.01	2.022	9.87	0.00	2.1	97.7	0.2	-2.51	0.72	0.81	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10161	1277	7	0	4	4	0	logfile
✘	6R9B	4769	2025-05-24	2019-04-03	3.8	3.76	—	3.6	0.006	0.88	1.0	0.06	9.76	0.01	2.296	4.54	0.70	8.0	91.8	0.2	-4.57	0.63	0.51	0.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25880	3401	7	0	0	0	0	logfile
✘	6R93	4767	2025-05-22	2019-04-02	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23009	775	10	290	0	0	10171	logfile
✘	6R94	4768	2025-05-21	2019-04-02	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22443	803	10	290	0	0	10071	logfile
✘	6R3Q	4719	2025-05-13	2019-03-20	3.4	3.77	—	3.5	0.011	1.24	0.0	0.07	12.61	0.01	2.080	5.88	0.58	6.7	93.3	0.0	-3.70	0.79	0.81	2.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9529	1182	3	0	2	0	0	logfile
✘	6o6C	0633	2025-05-28	2019-03-05	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30166	3660	19	52	9	0	0	logfile
✘	6NZK	0557	2025-05-27	2019-02-13	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29268	3525	39	0	105	396	0	logfile
✘	6NUR	0520	2025-05-12	2019-02-01	3.1	3.25	3.17	3.3	0.020	1.61	0.0	0.09	10.59	0.01	2.270	2.28	0.52	1.4	98.6	0.0	-0.12	0.64	0.81	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8647	1087	5	0	2	0	0	logfile
✘	6NUS	0521	2025-05-10	2019-02-01	3.5	3.62	3.47	3.6	0.019	1.65	0.0	0.09	9.78	0.01	2.301	0.99	0.14	1.2	98.8	0.0	0.30	0.56	0.68	2.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6632	827	3	0	2	0	0	logfile
✘	6NT9	0506	2025-05-13	2019-01-28	3.3	3.42	—	3.3	0.010	0.89	0.0	0.06	9.66	0.01	2.250	1.52	0.18	3.5	96.5	0.0	-2.03	0.81	0.86	3.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9906	1228	4	0	0	0	0	logfile
✘	6JBJ	9791	2025-05-12	2019-01-25	3.6	3.75	—	3.7	0.008	1.04	0.0	0.06	16.77	0.01	2.206	10.64	0.00	9.1	90.9	0.0	-6.19	0.65	0.83	2.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9166	1130	4	0	2	0	0	logfile
✘	6NEF	9357	2025-05-27	2018-12-17	3.4	3.55	—	3.5	0.027	1.83	0.0	0.07	16.56	0.01	1.696	41.21	0.04	24.1	72.2	3.7	-6.35	0.42	0.36	0.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29457	3663	18	0	63	0	0	logfile
✘	6iWW	9743	2025-05-13	2018-12-08	3.9	3.82	—	3.8	0.008	1.09	0.0	0.06	13.48	0.01	2.301	5.79	0.00	4.2	95.8	0.0	-4.19	0.63	0.81	2.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10227	1386	9	0	3	0	0	logfile
✘	6NB7	0404	2025-05-24	2018-12-06	4.5	4.89	—	4.6	0.016	1.54	1.0	0.10	19.26	0.01	2.330	0.87	0.97	3.2	96.6	0.2	0.24	0.80	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24718	3828	49	0	137	0	0	logfile
✘	6N9W	0381	2025-05-20	2018-12-04	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19576	2410	15	30	12	0	0	logfile
✘	6N9X	0382	2025-05-20	2018-12-04	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19658	2419	14	31	12	0	0	logfile

• ← previous
• Page 36 of 38
• next →