Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6N9U	0379	2025-05-12	2018-12-04	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8822	1063	7	18	4	0	0	logfile
✘	6N9V	0380	2025-05-21	2018-12-04	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21526	2651	15	33	14	0	0	logfile
✘	6N7W	0365	2025-05-11	2018-11-28	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7837	808	5	70	2	0	0	logfile
✘	6N7H	0356	2025-05-19	2018-11-27	3.6	3.75	—	3.7	0.011	1.33	0.0	0.07	14.94	0.01	2.008	8.78	1.35	12.3	87.1	0.6	-4.46	0.64	0.76	2.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17242	2153	8	0	23	0	0	logfile
✘	6MZV	9308	2025-05-29	2018-11-05	3.4	3.57	—	3.5	0.006	0.73	0.0	0.05	8.48	0.01	2.343	7.17	0.34	3.4	96.6	0.0	-4.51	0.79	0.86	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32833	4523	42	0	0	0	0	logfile
✘	6MPH	9189	2025-05-29	2018-10-06	3.8	4.28	—	3.9	0.007	0.98	0.0	0.06	18.40	0.01	2.286	6.16	6.01	5.3	94.6	0.2	-3.46	0.84	0.85	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32092	3843	72	0	155	0	0	logfile
✘	6MN7	9166	2025-05-21	2018-10-01	4.8	5.01	—	5.0	0.019	2.53	12.0	0.12	17.86	0.02	1.395	35.74	0.57	8.6	89.4	2.0	-2.34	0.50	0.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21447	2418	66	0	192	0	0	logfile
✘	6HRE	0259	2025-05-09	2018-09-26	3.2	2.74	2.88	3.3	0.019	1.47	0.0	0.11	13.34	0.01	2.474	6.01	0.00	12.0	88.0	0.0	-4.17	0.32	0.80	4.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3522	462	6	0	0	0	0	logfile
✘	6H25	0128	2025-05-22	2018-07-13	3.8	3.89	—	3.9	0.006	1.10	1.0	0.06	11.14	0.01	1.101	12.90	1.51	5.7	93.9	0.4	-2.77	0.49	0.63	1.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22138	2971	12	6	0	0	0	logfile
✘	6DFG	7875	2025-05-20	2018-05-14	4.42	4.61	4.39	4.4	0.008	1.25	0.0	0.07	16.01	0.01	2.240	7.76	0.29	11.0	89.0	0.0	-4.24	0.79	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20190	2355	48	0	135	0	0	logfile
✘	6D05	7785	2025-05-26	2018-04-10	3.8	3.92	—	3.8	0.009	1.17	0.0	0.06	13.78	0.01	2.046	4.44	1.28	4.6	95.4	0.0	-3.29	0.86	0.82	1.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28748	3572	16	0	26	0	0	logfile
✘	6D04	7784	2025-05-26	2018-04-10	3.74	3.86	—	3.8	0.008	1.11	2.0	0.06	12.38	0.01	2.001	4.28	1.21	4.6	95.4	0.0	-3.02	0.86	0.84	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28748	3572	16	0	26	0	0	logfile
✘	6CNo	7539	2025-05-17	2018-03-08	4.7	4.91	—	4.8	0.006	1.03	0.0	0.05	9.24	0.01	1.936	5.57	0.26	3.5	96.5	0.0	-2.70	0.64	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15428	2024	12	0	12	0	0	logfile
✘	6CNA	7529	2025-05-21	2018-03-07	4.6	5.89	—	5.8	0.007	0.96	0.0	0.05	13.75	0.01	2.021	26.55	0.00	9.7	90.1	0.3	-4.80	0.57	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21426	3160	14	0	22	0	0	logfile
✘	6C4H	7340	2025-05-17	2018-01-12	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15326	184	8	648	34	0	0	logfile
✘	6C14	7328	2025-05-13	2018-01-03	4.5	4.15	—	4.0	0.005	1.04	0.0	0.06	9.46	0.01	2.263	5.29	0.27	6.8	93.2	0.0	-4.44	0.55	0.70	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6746	860	4	0	0	0	0	logfile
✘	6Bo8	7120	2025-05-19	2017-11-18	3.6	3.64	—	3.6	0.008	1.19	0.0	0.06	10.83	0.01	2.286	7.28	0.97	11.0	89.0	0.0	-4.49	0.56	0.62	1.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19048	2372	4	0	0	0	0	logfile
✘	6EZo	4162	2025-05-19	2017-11-16	4.1	4.20	4.05	4.2	0.008	1.36	4.0	0.09	10.35	0.01	1.569	8.78	3.41	18.5	80.8	0.8	-5.42	0.78	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18758	3367	11	0	1	0	0	logfile
✘	6BCJ	7081	2025-05-27	2017-10-20	3.14	3.22	—	3.2	0.008	0.97	0.0	0.05	9.60	0.01	2.301	2.63	0.38	5.9	94.1	0.0	-4.83	0.68	0.84	3.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29868	3744	9	0	4	8	0	logfile
✘	6B5V	7058	2025-05-20	2017-09-29	4.8	4.85	—	4.8	0.008	1.23	0.0	0.06	14.29	0.01	2.333	9.06	3.55	5.9	94.1	0.0	-4.79	0.61	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18933	2356	8	0	5	0	0	logfile

• ← previous
• Page 37 of 38
• next →