Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6B3J	7039	2025-05-12	2017-09-22	3.3	3.63	3.26	3.5	0.007	1.01	0.0	0.06	9.89	0.01	2.229	4.37	0.00	4.2	95.8	0.0	0.60	0.66	0.73	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9034	1129	6	0	0	0	0	logfile
✘	5W9o	8790	2025-05-30	2017-06-23	4.5	4.59	4.45	4.5	0.014	1.70	0.0	0.08	10.49	0.01	1.325	7.98	0.08	3.9	95.4	0.7	1.29	0.73	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32958	4257	12	0	0	0	0	logfile
✘	5W9J	8785	2025-05-30	2017-06-23	4.8	4.91	5.08	4.7	0.016	1.58	0.0	0.07	11.98	0.02	1.881	5.79	0.90	4.0	94.8	1.2	0.53	0.78	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32958	4257	12	0	0	0	0	logfile
✘	5N9Y	3605	2025-05-15	2017-02-27	4.2	4.37	—	4.2	0.008	1.29	0.0	0.07	12.87	0.01	2.233	12.59	2.02	8.3	91.7	0.0	-5.18	0.79	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12835	1635	5	0	0	0	0	logfile
✘	5X1G	6701	2025-05-09	2017-01-25	4.5	7.89	—	4.0	0.008	1.42	0.0	0.05	10.05	0.01	2.345	27.78	0.00	6.9	93.1	0.0	-2.75	0.00	0.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	155	31	1	0	0	0	0	logfile
✘	5UK0	8562	2025-05-30	2017-01-19	4.8	5.42	—	5.2	0.010	1.28	0.0	0.06	12.08	0.01	2.096	3.58	0.16	8.3	91.6	0.1	-3.58	0.84	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33948	2196	21	0	33	0	16401	logfile
✘	5UCY	8539	2025-05-24	2016-12-22	4.6	4.99	—	4.6	0.029	1.21	3.0	0.06	13.21	0.01	0.244	89.25	0.68	11.3	88.3	0.5	-4.47	0.50	0.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25005	2610	12	3	6	0	4467	logfile
✘	5U4J	8506	2025-05-14	2016-12-04	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11360	524	10	339	0	0	0	logfile
✘	5M5H	4155	2025-05-09	2016-10-21	4.5	2.29	—	2.2	0.007	1.50	0.0	0.08	12.37	0.01	2.186	39.89	0.00	8.7	88.9	2.4	-5.94	0.14	0.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1086	132	1	0	0	0	0	logfile
✘	5TJi	8414	2025-05-26	2016-10-04	3.8	8.35	—	3.4	0.007	0.98	0.0	0.06	11.75	0.00	2.483	1.87	0.41	6.0	93.8	0.2	-3.10	0.73	0.80	0.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27720	3528	8	0	4	0	0	logfile
✘	5KUF	8289	2025-05-23	2016-07-13	3.8	3.80	—	3.7	0.012	1.02	0.0	0.05	9.23	0.01	2.021	29.22	0.08	15.5	84.4	0.1	-5.82	0.61	0.71	1.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23728	3000	8	0	4	0	0	logfile
✘	5A7U	3079	2025-05-09	2015-07-10	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	455	27	2	0	1	0	231	logfile
✘	5A6E	3062	2025-05-14	2015-06-25	4.5	6.76	—	5.1	0.010	3.73	0.0	0.05	15.55	0.01	2.112	8.77	3.19	11.1	88.8	0.2	-5.00	0.36	0.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11093	634	4	0	182	0	5102	logfile
✘	3J9S	6272	2025-05-13	2015-02-19	2.6	3.83	—	3.5	0.021	1.80	0.0	0.12	18.55	0.01	0.216	25.10	6.86	1.3	98.0	0.8	1.97	0.68	0.76	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9813	1191	6	0	15	315	0	logfile
✘	4V1A	2787	2025-05-29	2014-09-25	3.4	3.43	—	3.4	0.009	1.29	0.0	0.05	13.81	0.01	2.067	12.17	6.03	4.6	95.3	0.1	-2.62	0.37	0.78	1.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31917	3843	27	0	94	0	0	logfile
✘	3J5Q	5776	2025-05-19	2013-10-28	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18556	2448	12	0	44	0	292	logfile
✘	3A5X	1641	2025-05-09	2009-08-13	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3616	494	1	0	0	0	0	logfile

• ← previous
• Page 38 of 38