Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9BY9	45023	2025-05-17	2024-05-23	4.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	0	logfile
✘	9BYA	45024	2025-05-17	2024-05-23	4.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	0	logfile
✘	9BY1	45017	2025-05-14	2024-05-23	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11522	1394	6	2	6	0	0	logfile
✘	9BY2	45018	2025-05-17	2024-05-23	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	0	logfile
✘	9BY8	45021	2025-05-17	2024-05-23	3.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	0	logfile
✘	9BYC	45026	2025-05-17	2024-05-23	3.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	0	logfile
✘	9FEE	50339	2025-05-12	2024-05-19	3.03	3.26	3.13	3.3	0.004	0.58	0.0	0.05	15.80	0.00	2.225	4.99	0.20	7.5	92.5	0.0	-1.40	0.76	0.87	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9112	1236	4	0	0	0	0	logfile
✘	8ZKo	60201	2025-05-10	2024-05-17	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6066	772	4	0	3	0	0	logfile
✘	8ZKW	60210	2025-05-11	2024-05-17	2.77	3.79	3.00	3.5	0.005	0.69	0.0	0.05	12.73	0.00	2.101	8.14	0.00	2.5	97.5	0.0	0.83	0.67	0.88	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8504	1080	4	0	4	0	0	logfile
✘	8ZJJ	60147	2025-05-30	2024-05-15	4.23	2.77	4.00	3.0	0.005	0.76	0.0	0.05	14.09	0.00	2.005	29.45	0.00	6.8	93.2	0.0	-1.29	0.83	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32858	4034	6	0	0	0	0	logfile
✘	8ZK2	60165	2025-05-28	2024-05-15	2.65	2.87	2.70	2.9	0.022	2.01	0.0	0.05	19.51	0.02	2.047	13.02	0.05	2.0	98.0	0.0	1.75	0.70	0.85	4.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26948	2772	72	0	111	0	0	logfile
✘	8ZJM	60150	2025-05-30	2024-05-15	4.52	3.27	4.21	3.6	0.006	0.92	0.0	0.05	14.08	0.01	2.055	50.37	0.00	10.2	89.8	0.0	-2.54	0.85	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32858	4034	6	0	0	0	0	logfile
✘	8ZFM	60065	2025-05-18	2024-05-08	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17120	2060	25	0	30	10	0	logfile
✘	8ZE0	60019	2025-05-15	2024-05-04	2.54	3.65	2.56	3.2	0.002	0.55	0.0	0.04	17.02	0.00	2.254	8.17	0.28	2.3	97.4	0.3	2.35	0.68	0.71	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12880	1568	4	0	0	0	0	logfile
✘	8ZDW	60015	2025-05-22	2024-05-03	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22602	2802	33	0	45	0	0	logfile
✘	9BMW	44713	2025-05-24	2024-05-02	3.3	3.69	3.50	3.6	0.003	0.64	0.0	0.04	14.82	0.00	1.967	11.13	0.00	2.2	97.8	0.0	1.71	0.74	0.80	1.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24617	3043	2	0	6	0	0	logfile
✘	9BKJ	44642	2025-05-10	2024-04-29	2.59	2.90	2.70	2.9	0.005	0.76	0.0	0.05	12.93	0.00	2.260	9.17	0.71	2.0	97.8	0.2	1.02	0.61	0.68	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6795	891	6	0	1	0	0	logfile
✘	8Z9C	39859	2025-05-22	2024-04-23	3.01	3.22	3.09	3.2	0.009	1.27	0.0	0.07	18.28	0.01	2.128	9.71	0.70	5.4	94.3	0.4	-3.22	0.70	0.81	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23182	2727	23	89	9	0	0	logfile
✘	8Z7Y	39832	2025-05-09	2024-04-21	3.02	3.16	2.95	3.2	0.013	0.80	0.0	0.04	16.15	0.00	2.215	10.80	0.00	2.6	97.4	0.0	1.07	0.48	0.67	1.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3083	382	2	0	1	0	0	logfile
✘	8Z7W	39830	2025-05-09	2024-04-21	3.09	3.32	3.05	3.3	0.007	1.03	3.0	0.07	17.01	0.02	2.241	20.67	3.30	3.7	96.3	0.0	-0.06	0.59	0.82	1.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3107	387	2	0	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 5 of 38
• next →