Table showing results for May 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8Z7B	39811	2025-05-13	2024-04-19	3.3	2.94	3.27	1.4	0.003	0.48	0.0	0.04	13.47	0.00	2.279	5.18	2.96	2.9	97.1	0.0	-2.05	0.93	0.88	3.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9580	1145	13	0	24	0	0	logfile
✘	8Z6T	39804	2025-05-10	2024-04-19	2.92	2.31	2.90	2.1	0.005	0.63	0.0	0.05	8.85	0.00	2.196	4.27	3.78	5.3	94.4	0.4	-2.88	0.61	0.74	3.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4526	589	3	0	0	0	0	logfile
✘	8Z5M	39775	2025-05-14	2024-04-18	3.66	3.88	3.67	3.8	0.004	0.65	1.0	0.04	18.28	0.00	2.032	10.86	1.07	6.6	93.1	0.3	2.00	0.74	0.76	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12006	1515	3	0	0	0	0	logfile
✘	9EYK	50056	2025-05-10	2024-04-09	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6639	891	5	8	0	0	0	logfile
✘	9EYi	50054	2025-05-12	2024-04-09	2.75	3.13	2.84	3.0	0.005	0.63	0.0	0.04	15.67	0.00	2.211	10.26	2.15	3.3	96.7	0.0	0.12	0.82	0.81	3.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9453	1248	5	8	0	0	0	logfile
✘	8YZ5	39685	2025-05-26	2024-04-06	3.93	3.86	3.78	3.8	0.003	0.66	0.0	0.05	12.98	0.01	1.479	16.77	0.07	5.9	94.0	0.1	-1.75	0.44	0.50	0.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27677	3556	7	0	0	0	0	logfile
✘	9BAQ	44411	2025-05-13	2024-04-04	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9733	1153	8	36	2	0	0	logfile
✘	8YYU	39679	2025-05-21	2024-04-04	3.84	15.33	4.83	—	0.013	2.64	142.0	0.12	23.76	0.02	0.002	21.90	8.50	14.7	80.2	5.1	-5.65	0.47	0.09	-1.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20996	2212	12	144	0	0	0	logfile
✘	9B9Y	44392	2025-05-10	2024-04-03	3.5	3.81	3.46	3.6	0.006	1.16	0.0	0.05	14.20	0.01	2.288	4.18	0.20	3.0	97.0	0.0	0.65	0.74	0.84	1.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4753	601	3	0	1	0	0	logfile
✘	9B8T	44358	2025-05-18	2024-03-31	2.95	3.15	3.00	3.1	0.005	0.99	0.0	0.05	18.83	0.01	2.085	6.98	4.30	4.6	95.4	0.0	-1.97	0.67	0.69	1.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16399	1929	7	50	3	0	0	logfile
✘	9B89	44335	2025-05-11	2024-03-29	3.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7148	817	5	36	6	0	0	logfile
✘	8YW6	39624	2025-05-09	2024-03-29	3.18	3.45	3.12	3.5	0.012	1.00	0.0	0.06	16.35	0.00	2.395	0.72	0.74	0.6	99.4	0.0	0.94	0.50	0.78	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2747	333	4	0	2	0	0	logfile
✘	9B83	44331	2025-05-10	2024-03-28	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6418	735	5	31	6	0	0	logfile
✘	9B84	44332	2025-05-10	2024-03-28	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6982	739	5	58	6	0	0	logfile
✘	9EV7	19993	2025-05-21	2024-03-28	2.74	2.16	2.73	2.0	0.003	0.55	0.0	0.04	8.72	0.00	2.198	3.85	0.58	3.0	96.8	0.2	0.94	0.75	0.72	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22195	2840	5	0	0	0	0	logfile
✘	9EQ5	19897	2025-05-17	2024-03-20	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15796	2052	8	0	0	0	0	logfile
✘	9B3Z	44161	2025-05-19	2024-03-20	3.0	3.25	3.09	3.4	0.003	0.56	0.0	0.04	16.15	0.00	2.279	4.25	1.87	1.0	99.0	0.0	0.17	0.68	0.83	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19180	2376	8	0	12	0	0	logfile
✘	9B3o	44147	2025-05-09	2024-03-19	3.18	3.36	3.12	3.3	0.003	0.60	0.0	0.04	16.77	0.00	2.295	10.17	0.00	2.5	97.5	0.0	2.11	0.61	0.85	1.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2630	363	1	0	0	0	0	logfile
✘	9EoZ	19870	2025-05-15	2024-03-16	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14100	1033	11	288	0	0	0	logfile
✘	9B1K	44082	2025-05-09	2024-03-13	3.3	3.55	3.32	3.5	0.006	0.74	0.0	0.04	10.55	0.00	2.265	1.26	0.00	1.8	98.2	0.0	0.11	0.55	0.79	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3911	512	2	0	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 6 of 38
• next →