Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8F6E	28881	2024-06-26	2022-11-16	3.8	4.02	3.70	4.0	0.003	0.55	0.0	0.04	13.52	0.00	2.060	5.75	0.00	5.4	94.2	0.4	-0.77	0.72	0.75	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10478	1366	8	0	8	0	0	logfile
✘	8F6C	28879	2024-06-29	2022-11-16	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19344	2396	12	0	12	0	0	logfile
✘	8F68	28877	2024-06-26	2022-11-16	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9666	1198	6	0	6	0	0	logfile
✘	8BPB	16148	2024-06-25	2022-11-16	2.8	2.48	3.00	2.8	0.004	0.61	0.0	0.04	17.77	0.00	1.755	8.92	2.96	2.5	97.5	0.0	0.64	0.74	0.80	2.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8384	1030	7	0	6	12	0	logfile
✘	8BoB	16140	2024-06-27	2022-11-15	2.94	3.13	2.90	3.0	0.009	0.87	0.0	0.06	15.31	0.00	2.208	10.38	3.17	4.2	95.5	0.3	-1.98	0.85	0.84	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12712	1604	8	0	4	0	0	logfile
✘	8HG5	34735	2024-06-25	2022-11-13	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7794	627	6	0	64	0	0	logfile
✘	8HG6	34736	2024-06-25	2022-11-13	3.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7259	593	6	0	60	0	0	logfile
✘	8HG3	34733	2024-06-25	2022-11-13	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7456	604	6	0	62	0	0	logfile
✘	8BLo	16110	2024-06-25	2022-11-10	2.9	3.05	2.97	3.1	0.007	0.69	0.0	0.04	17.38	0.00	2.328	7.94	0.98	2.9	96.9	0.3	-1.47	0.67	0.87	4.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8487	1056	9	0	24	18	0	logfile
✘	8BL2	16100	2024-06-25	2022-11-09	2.3	2.29	2.26	2.2	0.005	0.59	0.0	0.04	16.84	0.00	1.872	11.53	1.01	1.2	98.8	0.0	0.70	0.76	0.75	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57128	7336	42	0	42	2780	0	logfile
✘	8BLB	16105	2024-06-26	2022-11-09	3.3	3.54	3.32	3.6	0.004	0.66	0.0	0.05	15.18	0.00	2.171	3.36	0.00	1.4	98.6	0.0	-0.87	0.66	0.81	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9400	1055	20	0	30	0	0	logfile
✘	8HC8	34655	2024-06-24	2022-11-01	3.95	4.00	3.84	4.0	0.003	0.71	0.0	0.05	16.60	0.01	2.317	5.70	0.56	4.2	95.8	0.0	-1.17	0.64	0.70	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4832	628	4	0	1	0	0	logfile
✘	8HAJ	34592	2024-06-29	2022-10-26	4.8	4.66	4.63	3.6	0.003	0.60	0.0	0.03	24.86	0.00	2.213	11.34	0.00	2.3	97.7	0.0	1.21	0.88	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17214	1305	11	326	0	0	0	logfile
✘	8H87	34531	2024-06-25	2022-10-21	2.53	2.73	2.50	2.7	0.011	1.55	0.0	0.08	18.83	0.02	2.300	4.49	0.91	2.3	97.7	0.0	-1.32	0.58	0.79	4.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7083	777	6	0	48	147	0	logfile
✘	8H86	34530	2024-06-25	2022-10-21	2.56	2.71	2.58	2.7	0.014	1.56	0.0	0.08	18.47	0.03	2.296	6.79	0.45	4.0	96.0	0.0	-0.67	0.46	0.73	5.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7080	765	6	0	48	63	0	logfile
✘	8BCW	15970	2024-06-30	2022-10-17	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22313	2029	22	0	114	517	0	logfile
✘	8ESZ	28582	2024-06-28	2022-10-15	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67757	8114	68	0	95	0	0	logfile
✘	8ESA	28573	2024-06-24	2022-10-13	3.4	3.68	3.37	3.6	0.004	0.49	0.0	0.04	14.83	0.00	2.243	5.75	0.30	4.0	96.0	0.0	-0.99	0.65	0.84	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3140	384	3	0	0	0	0	logfile
✘	8ERC	28552	2024-06-24	2022-10-11	3.7	3.47	3.08	3.7	0.003	0.67	0.0	0.04	12.91	0.00	2.115	8.25	0.00	2.3	97.7	0.0	1.99	0.51	0.65	1.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3510	441	1	0	0	0	0	logfile
✘	8B9J	15933	2024-06-27	2022-10-06	3.45	4.21	3.53	3.9	0.005	1.37	0.0	0.05	17.47	0.02	2.019	13.74	1.18	7.2	92.1	0.7	-0.47	0.83	0.73	1.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6879	864	2	0	3	0	0	logfile

• ← previous
• Page 11 of 36
• next →