Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8DQ1	27646	2024-06-30	2022-07-18	4.1	3.85	3.29	3.9	0.011	1.10	3.0	0.06	19.21	0.01	2.082	14.69	0.87	5.7	94.3	0.0	-1.40	0.44	0.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17754	1075	8	36	2	0	8343	logfile
✘	8DPN	27639	2024-06-28	2022-07-15	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16067	1998	12	0	8	40	0	logfile
✘	8ADW	15372	2024-06-25	2022-07-11	2.95	2.93	2.87	3.0	0.009	1.46	0.0	0.07	22.42	0.01	2.469	8.01	23.33	7.7	92.3	0.0	-4.02	0.51	0.80	4.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6920	990	10	0	0	0	0	logfile
✘	7YFC	33785	2024-06-26	2022-07-08	3.0	3.40	3.05	3.4	0.005	0.66	0.0	0.04	18.01	0.00	2.198	5.98	0.09	2.5	97.5	0.0	1.05	0.65	0.82	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9882	1262	7	0	2	0	0	logfile
✘	8DMM	27544	2024-06-26	2022-07-08	3.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9314	1152	4	0	4	0	0	logfile
✘	8DL7	27498	2024-06-25	2022-07-07	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6586	909	6	0	4	1	0	logfile
✘	7YDQ	33756	2024-06-24	2022-07-04	4.04	4.32	4.02	4.4	0.006	0.83	0.0	0.04	17.50	0.01	2.262	10.34	0.57	3.2	96.8	0.0	1.21	0.46	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4778	598	1	0	1	0	0	logfile
✘	8DK5	27483	2024-06-28	2022-07-02	2.71	3.29	2.87	3.2	0.011	1.11	3.0	0.07	27.41	0.01	2.088	9.15	0.39	4.6	95.3	0.2	-0.97	0.74	0.79	3.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15618	1210	12	298	0	0	0	logfile
✘	8DJM	27461	2024-06-25	2022-07-01	3.23	3.66	3.31	3.6	0.029	1.53	2.0	1.04	32.65	0.00	1.844	8.23	0.82	3.7	96.3	0.0	-2.26	0.49	0.75	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7032	862	7	0	8	0	0	logfile
✘	7YCA	33737	2024-06-26	2022-07-01	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64832	5632	60	0	450	4	0	logfile
✘	8DJK	27460	2024-06-25	2022-06-30	3.33	3.77	3.32	3.7	0.029	1.52	1.0	1.03	32.03	0.01	1.327	7.25	0.82	5.0	95.0	0.0	-1.84	0.48	0.73	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7091	870	7	0	8	0	0	logfile
✘	7YAE	33710	2024-06-26	2022-06-28	3.37	3.61	3.35	3.7	0.005	0.74	1.0	0.05	14.62	0.00	2.207	12.85	0.92	5.2	94.8	0.0	-0.26	0.58	0.64	1.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9031	1146	7	0	4	0	0	logfile
✘	8DH6	27430	2024-06-27	2022-06-25	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12901	1560	16	0	17	0	0	logfile
✘	7Y8T	33685	2024-06-29	2022-06-24	2.9	3.12	2.98	3.1	0.004	0.63	1.0	0.04	16.97	0.00	2.218	4.76	1.21	6.0	93.8	0.2	-0.46	0.74	0.85	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16754	1978	4	37	4	0	0	logfile
✘	7Y8A	33683	2024-06-24	2022-06-23	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53404	4518	49	0	502	0	0	logfile
✘	7Y89	33682	2024-06-25	2022-06-23	3.02	3.56	3.18	3.4	0.007	0.76	0.0	0.05	14.49	0.00	2.092	11.46	1.29	8.2	91.5	0.4	-1.39	0.69	0.85	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8641	1110	5	0	0	0	0	logfile
✘	7Y7B	33659	2024-06-26	2022-06-22	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60515	5082	55	0	562	0	0	logfile
✘	8DFC	27404	2024-06-30	2022-06-21	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20713	2548	18	0	15	483	0	logfile
✘	7Y6i	33641	2024-06-25	2022-06-20	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8176	938	8	0	37	6	0	logfile
✘	8A6T	15212	2024-06-30	2022-06-19	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21132	2704	12	0	28	0	0	logfile

• ← previous
• Page 14 of 36
• next →