Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7Y5T	33624	2024-06-26	2022-06-17	2.9	2.28	2.95	3.0	0.007	1.02	0.0	0.19	14.01	0.01	2.265	3.95	0.18	5.1	94.9	0.0	-3.37	0.64	0.84	4.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10844	1314	13	0	27	0	0	logfile
✘	8DBY	27317	2024-06-29	2022-06-15	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16794	1998	12	0	8	770	0	logfile
✘	8DBi	27285	2024-06-28	2022-06-14	2.0	2.07	2.03	2.0	0.012	1.17	0.0	0.06	18.16	0.04	1.910	5.92	1.15	4.3	95.7	0.0	0.57	0.73	0.87	6.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14496	1854	18	0	30	12	0	logfile
✘	8DBX	27316	2024-06-29	2022-06-14	1.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16968	1998	12	0	10	914	0	logfile
✘	8A5E	15166	2024-06-27	2022-06-14	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13611	1769	8	0	19	0	0	logfile
✘	8DAN	27271	2024-06-29	2022-06-13	4.74	5.06	4.76	5.0	0.003	0.53	0.0	0.04	13.83	0.00	1.929	10.23	0.00	4.5	95.5	0.0	-0.75	0.65	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	68968	4472	24	0	12	0	33968	logfile
✘	8D9F	27260	2024-06-28	2022-06-09	2.71	3.74	2.92	3.4	0.010	0.94	0.0	0.06	15.70	0.01	2.015	10.10	0.06	3.3	96.6	0.1	0.50	0.82	0.83	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16163	1912	4	33	4	0	0	logfile
✘	8D7R	27231	2024-06-26	2022-06-07	3.9	4.13	3.91	4.0	0.003	0.54	0.0	0.04	15.03	0.00	2.345	5.62	0.00	8.1	91.9	0.0	-3.25	0.60	0.56	0.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9627	1167	12	0	16	0	0	logfile
✘	8D85	27247	2024-06-25	2022-06-07	3.81	4.26	4.04	4.2	0.003	0.53	0.0	0.04	19.55	0.00	2.357	4.77	0.00	4.1	95.8	0.1	-2.45	0.68	0.64	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7093	865	10	0	11	0	0	logfile
✘	7XYB	33516	2024-06-30	2022-06-01	3.7	4.48	3.71	3.3	0.005	0.75	1.0	0.05	16.73	0.00	1.956	17.39	0.62	4.8	95.0	0.2	-0.49	0.87	0.82	1.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22525	3187	10	65	1	0	0	logfile
✘	8D2S	27148	2024-06-25	2022-05-30	2.9	3.02	2.89	3.0	0.011	1.35	0.0	0.05	26.51	0.01	2.297	6.89	0.80	5.0	95.0	0.0	-1.07	0.70	0.81	4.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7071	879	5	0	21	27	0	logfile
✘	8D1B	27121	2024-06-25	2022-05-27	3.57	3.85	3.45	3.8	0.006	1.09	0.0	0.05	14.42	0.01	2.084	19.71	0.28	24.1	75.9	0.0	-6.32	0.76	0.81	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6724	874	4	0	0	0	0	logfile
✘	7XW5	33491	2024-06-27	2022-05-26	2.96	3.19	2.99	3.2	0.014	1.88	8.0	0.10	12.54	0.02	2.119	2.60	0.53	4.6	95.4	0.0	-0.98	0.61	0.73	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12618	1522	10	0	27	0	0	logfile
✘	7ZZ6	15036	2024-06-25	2022-05-25	2.15	2.39	2.12	2.1	0.006	0.68	0.0	0.04	17.30	0.00	1.385	8.71	3.48	2.9	97.1	0.0	0.64	0.91	0.90	4.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8257	1017	6	0	6	157	0	logfile
✘	7ZZ2	15032	2024-06-24	2022-05-25	2.48	2.80	2.37	2.1	0.005	0.76	0.0	0.05	17.25	0.01	2.132	4.21	3.27	2.2	97.8	0.0	-0.30	0.90	0.89	3.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4366	541	1	0	3	57	0	logfile
✘	8CYi	27078	2024-06-28	2022-05-23	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14621	932	3	0	2	0	7191	logfile
✘	8CY7	27069	2024-06-25	2022-05-23	2.9	3.84	3.06	3.3	0.003	0.76	10.0	0.17	13.02	0.00	2.018	5.28	0.26	3.7	96.1	0.1	0.96	0.83	0.76	2.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54932	3513	21	0	74	0	26549	logfile
✘	7ZXY	15017	2024-06-28	2022-05-23	3.15	2.97	3.04	3.0	0.006	0.94	0.0	0.05	16.23	0.01	2.106	10.77	0.00	3.5	96.5	0.0	-0.44	0.74	0.81	3.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15606	1913	25	0	23	0	0	logfile
✘	7XVF	33485	2024-06-27	2022-05-22	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13625	1554	8	0	42	0	0	logfile
✘	7XVE	33484	2024-06-27	2022-05-21	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13659	1569	8	0	42	0	0	logfile

• ← previous
• Page 15 of 36
• next →