Table showing results for June 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7URC	26708	2024-06-24	2022-04-21	3.14	3.74	3.25	3.6	0.018	1.00	0.0	0.88	25.61	0.00	2.248	10.09	0.00	3.5	96.5	0.0	-3.02	0.58	0.86	3.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5561	658	4	0	12	0	0	logfile
✘	7XJi	33228	2024-06-25	2022-04-18	3.9	3.60	3.70	3.9	0.003	0.60	0.0	0.04	13.92	0.00	2.165	9.02	0.00	4.3	95.7	0.0	-0.25	0.61	0.78	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7851	1027	6	0	1	0	0	logfile
✘	7UPi	26667	2024-06-25	2022-04-15	2.89	3.71	2.90	3.2	0.002	0.55	0.0	0.04	9.09	0.00	1.843	2.56	0.00	1.9	98.1	0.0	-0.12	0.91	0.87	3.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7775	972	5	0	5	0	0	logfile
✘	7XJ3	33218	2024-06-29	2022-04-14	3.54	3.75	3.55	3.7	0.019	1.03	0.0	0.04	16.43	0.01	2.242	12.56	6.79	8.8	91.2	0.0	-3.52	0.69	0.84	1.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18493	2428	8	0	14	0	0	logfile
✘	7UoP	26652	2024-06-28	2022-04-13	2.8	3.24	2.81	3.1	0.004	0.59	0.0	0.05	12.28	0.00	2.126	2.36	1.02	2.4	97.6	0.0	0.45	0.81	0.83	3.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15702	2010	12	0	12	0	0	logfile
✘	7XGR	33187	2024-06-25	2022-04-06	2.6	3.38	2.47	3.2	0.004	0.71	0.0	0.04	18.88	0.00	2.259	8.70	2.17	6.3	93.7	0.0	-0.28	0.52	0.75	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4340	546	1	0	0	0	0	logfile
✘	7UL4	26591	2024-06-24	2022-04-03	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2524	351	3	0	1	4	0	logfile
✘	7ZGK	14708	2024-06-27	2022-04-03	3.59	4.63	3.57	3.7	0.002	0.45	0.0	0.04	13.81	0.00	0.454	5.10	0.46	2.2	97.6	0.2	1.65	0.73	0.55	1.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13639	1723	3	0	0	0	0	logfile
✘	7UK4	26574	2024-06-28	2022-03-31	1.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14487	1856	6	0	2	390	0	logfile
✘	7XF2	33168	2024-06-25	2022-03-31	3.73	4.88	3.77	3.9	0.004	0.65	0.0	0.04	14.12	0.00	2.133	14.17	0.13	8.5	91.5	0.0	-4.97	0.46	0.78	0.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6591	840	2	0	0	0	0	logfile
✘	7ZEC	14689	2024-06-26	2022-03-30	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8987	1148	2	0	3	0	0	logfile
✘	7ZDC	14642	2024-06-26	2022-03-29	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8960	1147	2	0	3	0	0	logfile
✘	7ZDW	14675	2024-06-26	2022-03-29	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9039	1159	2	0	3	0	0	logfile
✘	7ZDF	14644	2024-06-26	2022-03-29	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9039	1159	2	0	3	0	0	logfile
✘	7ZDG	14645	2024-06-26	2022-03-29	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9007	1157	2	0	1	0	0	logfile
✘	7ZDL	14653	2024-06-26	2022-03-29	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9029	1152	4	0	5	0	0	logfile
✘	7ZDB	14640	2024-06-25	2022-03-29	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8803	1122	4	0	6	0	0	logfile
✘	7XE4	33154	2024-06-27	2022-03-29	3.4	3.88	—	3.8	0.006	0.86	0.0	0.04	15.21	0.01	2.199	8.78	0.45	10.0	89.6	0.4	-2.45	0.71	0.84	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12529	1503	3	0	27	0	0	logfile
✘	7UHG	26514	2024-06-30	2022-03-26	3.0	3.13	—	3.1	0.004	0.58	0.0	0.05	16.29	0.00	2.167	7.48	0.09	4.4	95.5	0.1	-1.09	0.60	0.83	2.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20414	2502	11	0	23	0	0	logfile
✘	7UFi	26476	2024-06-29	2022-03-22	3.4	2.59	3.36	3.1	0.013	1.83	0.0	0.08	20.09	0.00	1.645	3.99	11.94	9.1	90.4	0.5	-3.89	0.66	0.70	1.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18319	2177	16	42	7	0	0	logfile

• ← previous
• Page 17 of 36
• next →