Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8X2N	38018	2025-06-09	2023-11-09	3.18	3.63	3.29	3.6	0.004	0.63	0.0	0.04	13.23	0.00	2.209	9.74	0.26	2.6	97.4	0.0	1.52	0.61	0.84	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10775	1406	2	0	0	0	0	logfile
✘	8X2K	38015	2025-06-07	2023-11-09	3.03	3.27	3.08	3.3	0.005	0.73	2.0	0.05	14.07	0.00	1.909	7.35	0.77	4.9	95.0	0.1	-0.74	0.69	0.82	3.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8570	1111	6	0	1	2	0	logfile
✘	8UW3	42637	2025-06-11	2023-11-06	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12005	1265	4	73	1	0	0	logfile
✘	8UW1	42636	2025-06-14	2023-11-05	2.88	3.37	2.98	3.1	0.008	0.73	0.0	0.05	27.27	0.00	2.273	3.06	0.00	2.4	97.6	0.0	0.97	0.83	0.82	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12164	783	11	292	0	0	0	logfile
✘	8UUM	42590	2025-06-22	2023-11-01	3.9	4.70	4.04	4.0	0.008	1.05	0.0	0.06	14.96	0.01	2.241	5.42	0.14	5.4	94.6	0.0	-1.71	0.88	0.86	1.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25786	3247	10	0	30	0	0	logfile
✘	8R0P	18800	2025-06-10	2023-10-31	2.44	2.81	2.45	2.8	0.012	1.75	6.0	0.08	13.76	0.02	2.132	7.91	6.64	3.9	96.1	0.0	-3.40	0.66	0.86	4.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11154	1410	15	0	40	155	0	logfile
✘	8WX1	37897	2025-06-04	2023-10-27	3.64	3.87	3.66	3.9	0.003	0.74	0.0	0.04	13.80	0.00	2.297	9.47	0.00	4.7	94.9	0.4	0.07	0.51	0.72	0.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3926	500	1	0	0	0	0	logfile
✘	8QYL	18757	2025-06-18	2023-10-26	2.67	3.11	2.72	3.0	0.003	0.52	0.0	0.04	13.75	0.01	2.225	3.90	0.00	2.3	97.7	0.0	0.91	0.77	0.87	3.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20997	2675	13	0	19	0	0	logfile
✘	8UR6	42484	2025-06-06	2023-10-25	3.03	3.72	3.10	3.5	0.007	0.76	0.0	0.05	13.54	0.01	2.219	4.52	0.00	1.9	98.1	0.0	-0.07	0.83	0.84	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7540	930	2	0	0	0	0	logfile
✘	8UR3	42480	2025-06-08	2023-10-25	2.61	3.41	2.64	3.1	0.003	0.51	0.0	0.04	13.47	0.00	2.253	4.15	0.00	2.7	97.3	0.0	-0.63	0.86	0.85	3.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9376	1158	2	0	0	0	0	logfile
✘	8UPH	42448	2025-06-06	2023-10-22	4.13	4.91	4.16	4.4	0.005	0.71	0.0	0.04	14.18	0.02	2.236	13.34	0.12	2.3	97.6	0.1	-0.18	0.89	0.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8121	1054	4	0	2	0	0	logfile
✘	8WUS	37858	2025-06-19	2023-10-21	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18358	1766	6	192	0	0	0	logfile
✘	8WUT	37859	2025-06-19	2023-10-21	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18316	1766	6	190	0	0	0	logfile
✘	8WUV	37861	2025-06-19	2023-10-21	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18899	1779	6	213	0	0	0	logfile
✘	8UNS	42415	2025-06-05	2023-10-19	3.4	3.73	3.46	3.7	0.004	0.77	0.0	0.05	14.48	0.00	2.332	3.61	0.00	2.1	97.9	0.0	1.05	0.65	0.86	4.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6683	916	6	0	2	1	0	logfile
✘	8UMR	42382	2025-06-16	2023-10-18	4.42	5.02	4.77	4.6	0.004	0.82	0.0	0.05	12.52	0.01	2.052	27.72	0.00	2.7	97.3	0.0	-0.03	0.83	0.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18615	2364	21	0	0	0	0	logfile
✘	8WRE	37775	2025-06-05	2023-10-13	2.9	3.39	2.87	3.3	0.003	0.54	0.0	0.04	12.09	0.00	2.265	3.87	0.00	1.9	98.1	0.0	1.24	0.72	0.86	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6328	829	4	0	1	0	0	logfile
✘	8WPF	37715	2025-06-14	2023-10-10	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16896	1908	11	73	1	0	0	logfile
✘	8WPE	37714	2025-06-14	2023-10-10	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16745	1898	11	69	1	0	0	logfile
✘	8WPK	37717	2025-06-14	2023-10-10	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16854	1909	11	70	1	0	0	logfile

• ← previous
• Page 11 of 40
• next →