Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8RED	19083	2025-06-24	2023-12-10	3.9	4.13	3.86	3.8	0.005	0.68	0.0	0.04	19.76	0.01	2.088	10.12	0.41	6.4	93.5	0.0	-0.58	0.80	0.75	1.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28878	3617	10	105	3	0	0	logfile
✘	8XCJ	38245	2025-06-17	2023-12-09	2.98	3.11	2.97	3.1	0.004	0.70	6.0	0.05	18.49	0.00	2.138	9.20	6.95	3.3	96.1	0.6	-0.54	0.72	0.87	3.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19809	2526	6	0	0	0	0	logfile
✘	8XCi	38244	2025-06-07	2023-12-09	3.57	3.94	3.60	3.9	0.017	2.34	11.0	0.11	19.30	0.01	1.529	43.22	14.39	14.1	82.6	3.3	-3.74	0.52	0.82	0.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8842	1143	3	0	0	0	0	logfile
✘	8RCF	19051	2025-06-17	2023-12-06	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20202	2488	18	46	24	0	0	logfile
✘	8RCD	19050	2025-06-17	2023-12-06	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19680	2480	17	23	24	0	0	logfile
✘	8V5A	42981	2025-06-13	2023-11-30	3.0	2.17	3.05	2.0	0.009	1.05	0.0	0.06	13.03	0.01	2.032	6.89	0.00	3.7	96.3	0.0	-0.64	0.78	0.74	3.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13056	1701	6	0	0	0	0	logfile
✘	8R8U	19011	2025-06-09	2023-11-30	3.1	3.24	3.12	3.2	0.002	0.48	0.0	0.04	16.32	0.00	1.792	4.52	0.00	2.4	97.6	0.0	0.37	0.75	0.86	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10140	1280	6	0	12	0	0	logfile
✘	8V5R	42984	2025-06-13	2023-11-30	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15338	1743	6	43	1	0	0	logfile
✘	8R8T	19009	2025-06-04	2023-11-29	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3256	418	2	0	1	0	0	logfile
✘	8V3R	42951	2025-06-04	2023-11-28	3.4	3.53	3.28	3.5	0.013	1.58	0.0	0.09	12.46	0.01	1.701	1.56	0.24	2.2	97.8	0.0	-0.46	0.66	0.75	4.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3953	503	4	0	5	0	0	logfile
✘	8X8N	38150	2025-06-15	2023-11-27	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17358	1133	7	0	2	0	8589	logfile
✘	8R7N	18984	2025-06-11	2023-11-26	3.4	4.11	3.43	3.5	0.006	0.77	0.0	0.04	21.13	0.00	2.108	18.05	0.26	6.1	93.8	0.2	-0.91	0.78	0.69	0.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13171	1324	13	114	0	0	0	logfile
✘	8V28	42901	2025-06-11	2023-11-22	3.36	3.62	3.37	3.4	0.004	0.58	0.0	0.04	27.27	0.00	2.295	5.26	0.56	2.7	97.3	0.0	2.83	0.89	0.88	1.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12659	845	11	290	0	0	0	logfile
✘	8V1R	42888	2025-06-10	2023-11-21	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11864	1355	5	56	6	3	0	logfile
✘	8V1Q	42887	2025-06-10	2023-11-21	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11914	1367	5	56	2	3	0	logfile
✘	8R64	18946	2025-06-11	2023-11-20	3.2	3.36	3.33	3.3	0.002	0.49	0.0	0.05	11.85	0.00	1.940	4.62	0.29	1.4	98.6	0.0	2.70	0.83	0.85	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13429	1765	13	0	12	0	0	logfile
✘	8X64	38079	2025-06-04	2023-11-20	3.4	4.16	3.78	4.1	0.006	0.79	1.0	0.05	14.11	0.01	2.290	13.75	0.42	7.5	92.5	0.0	-0.76	0.45	0.61	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2189	263	2	0	1	0	0	logfile
✘	8X52	38059	2025-06-09	2023-11-16	2.9	3.11	2.86	3.3	0.017	1.46	7.0	0.07	14.34	0.01	1.598	7.57	0.88	4.7	95.2	0.2	-3.49	0.49	0.63	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10907	1334	14	0	25	0	0	logfile
✘	8R57	18903	2025-06-21	2023-11-16	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25048	1878	29	458	28	357	0	logfile
✘	8UY7	42794	2025-06-12	2023-11-13	2.93	3.21	2.98	3.2	0.005	0.74	3.0	0.05	12.81	0.01	2.057	8.32	0.34	3.7	96.3	0.0	0.34	0.71	0.89	4.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14033	1796	6	0	6	200	0	logfile

• ← previous
• Page 10 of 40
• next →