Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8RN7	19389	2025-06-21	2024-01-09	3.09	3.41	3.22	3.4	0.002	0.48	0.0	0.04	16.66	0.00	2.064	6.96	0.00	3.6	96.3	0.1	1.01	0.62	0.79	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24289	1524	6	0	1	0	12184	logfile
✘	8XSE	38617	2025-06-11	2024-01-09	2.5	2.23	2.61	2.0	0.004	0.65	0.0	0.04	17.93	0.01	2.174	6.64	5.41	5.6	94.3	0.1	-0.52	0.79	0.79	3.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8120	1065	6	0	1	0	0	logfile
✘	8XSR	38626	2025-06-08	2024-01-09	2.93	3.12	2.93	3.1	0.006	1.03	0.0	0.05	10.79	0.00	1.972	13.22	0.73	7.7	92.1	0.3	-5.75	0.63	0.86	3.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9130	1190	4	0	4	0	0	logfile
✘	8RMM	19364	2025-06-28	2024-01-08	3.26	3.54	3.38	3.4	0.003	0.67	0.0	0.04	14.99	0.00	2.123	11.42	0.79	4.0	96.0	0.0	0.62	0.64	0.75	2.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32888	4163	27	0	6	0	0	logfile
✘	8XQC	38573	2025-06-06	2024-01-05	3.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7233	842	4	24	3	0	0	logfile
✘	8XQ6	38567	2025-06-06	2024-01-04	3.36	2.35	3.32	3.1	0.005	0.79	0.0	0.05	13.25	0.01	2.301	4.44	4.56	3.8	96.2	0.0	-1.53	0.70	0.78	1.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8063	1020	1	0	0	0	0	logfile
✘	8RL6	19332	2025-06-05	2024-01-02	3.18	2.29	3.42	2.9	0.003	0.55	0.0	0.04	13.54	0.00	2.207	9.09	0.00	1.4	98.6	0.0	1.86	0.61	0.58	1.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6493	436	2	0	1	0	3217	logfile
✘	8RLA	19336	2025-06-07	2024-01-02	3.03	2.57	3.09	3.1	0.002	0.54	0.0	0.04	13.05	0.00	2.009	10.36	0.00	2.0	98.0	0.0	0.42	0.73	0.71	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8304	560	3	0	1	0	4091	logfile
✘	8XMT	38488	2025-06-21	2023-12-28	3.31	2.36	3.26	2.2	0.004	0.67	1.0	0.05	13.24	0.01	2.202	10.21	0.11	4.0	95.7	0.3	0.46	0.68	0.72	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24217	3045	6	0	27	0	0	logfile
✘	8XL1	38434	2025-06-16	2023-12-25	2.57	2.77	2.70	2.8	0.008	0.87	0.0	0.05	11.72	0.01	2.238	2.06	1.29	3.3	96.2	0.4	-0.45	0.59	0.63	2.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18477	2285	4	0	2	0	0	logfile
✘	8RK5	19260	2025-06-12	2023-12-23	4.54	3.79	4.60	3.8	0.013	0.67	0.0	0.04	12.15	0.01	0.555	21.86	0.00	4.5	95.5	0.0	-1.01	0.67	0.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14424	1866	6	0	0	0	0	logfile
✘	8XJL	38400	2025-06-07	2023-12-21	2.77	2.89	2.74	2.9	0.004	0.48	0.0	0.04	10.36	0.00	2.225	5.03	1.05	1.1	98.9	0.0	1.28	0.70	0.80	3.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8846	1140	6	0	1	0	0	logfile
✘	8VDo	43152	2025-06-11	2023-12-16	2.7	2.95	2.74	3.0	0.005	0.72	0.0	0.04	15.24	0.00	2.198	9.48	0.45	0.9	99.1	0.0	1.94	0.61	0.73	2.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12691	1740	1	0	0	0	0	logfile
✘	8RHG	19175	2025-06-12	2023-12-15	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13897	1650	10	0	26	0	0	logfile
✘	8RH7	19171	2025-06-12	2023-12-15	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13866	1610	15	0	61	20	0	logfile
✘	8RH8	19172	2025-06-12	2023-12-15	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14067	1645	15	0	42	135	0	logfile
✘	8VBA	43118	2025-06-08	2023-12-12	3.29	3.69	3.32	3.8	0.010	1.31	0.0	0.12	12.48	0.00	2.200	14.87	0.51	4.6	94.9	0.5	-0.19	0.67	0.76	3.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9416	1260	4	0	39	0	0	logfile
✘	8REV	19109	2025-06-06	2023-12-12	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7797	898	7	26	2	0	0	logfile
✘	8VBi	43126	2025-06-07	2023-12-12	2.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8514	944	4	38	3	0	0	logfile
✘	8VBE	43122	2025-06-07	2023-12-12	2.6	3.21	2.56	3.1	0.004	0.68	0.0	0.05	19.82	0.00	2.052	4.72	4.46	4.0	95.4	0.5	-0.35	0.79	0.86	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8421	931	4	39	3	0	0	logfile

• ← previous
• Page 9 of 40
• next →