cryo-EM Re-Refine

Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	Logfile
✘	8Y9C	39073	2025-06-12	2024-02-06	3.0	3.24	3.07	3.2	0.003	0.49	0.0	0.04	14.35	0.00	2.211	7.37	0.46	3.7	96.3	0.0	1.00	0.71	0.78	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13400	1674	3	0	1	0	logfile
✘	8Y8Q	39055	2025-06-18	2024-02-06	2.67	2.71	2.59	2.8	0.022	0.66	0.0	0.04	17.47	0.00	0.000	6.83	1.56	5.6	94.4	0.0	-1.01	0.68	0.85	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22596	3024	12	0	0	0	logfile
✘	8Y8o	39053	2025-06-18	2024-02-06	2.94	3.07	2.87	3.1	0.034	0.59	0.0	0.03	16.73	0.00	0.000	7.80	1.04	2.4	97.6	0.0	0.25	0.69	0.85	4.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22656	3024	12	0	0	0	logfile
✘	8Y8J	39048	2025-06-05	2024-02-06	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5069	608	10	0	18	0	logfile
✘	8Y7Y	39026	2025-06-05	2024-02-05	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6860	861	13	0	27	0	logfile
✘	8VX4	43607	2025-06-04	2024-02-03	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3650	311	3	60	0	0	logfile
✘	8VX6	43609	2025-06-12	2024-02-03	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14984	1085	11	312	0	0	logfile
✘	8VWT	43596	2025-06-15	2024-02-02	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14451	1061	11	294	0	0	logfile
✘	8VWV	43601	2025-06-16	2024-02-02	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14474	1066	11	294	0	0	logfile
✘	8VWU	43600	2025-06-14	2024-02-02	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12021	757	10	294	0	0	logfile
✘	8VWS	43595	2025-06-14	2024-02-02	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11907	743	10	294	0	0	logfile
✘	8VV0	43546	2025-06-11	2024-01-30	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13250	1580	15	0	30	0	logfile
✘	8Y2D	38851	2025-06-04	2024-01-25	2.8	2.99	2.86	3.0	0.003	0.51	0.0	0.04	16.29	0.00	2.240	3.59	0.00	4.2	95.8	0.0	1.06	0.63	0.86	1.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4189	528	2	0	4	4	logfile
✘	8VT3	43517	2025-06-09	2024-01-25	3.33	3.63	3.39	3.6	0.011	0.88	0.0	0.06	18.19	0.01	2.153	4.40	0.00	8.1	91.9	0.0	-3.58	0.79	0.87	3.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10758	1377	15	0	18	0	logfile
✘	8RSC	19476	2025-06-27	2024-01-24	3.6	3.11	4.02	3.3	0.003	0.64	0.0	0.04	15.63	0.00	1.995	6.21	0.11	7.0	92.9	0.0	-1.45	0.68	0.74	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31874	4457	12	0	10	0	logfile
✘	8XUS	38682	2025-06-22	2024-01-14	3.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25713	3189	6	0	55	0	logfile
✘	8XUU	38684	2025-06-04	2024-01-14	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3598	431	3	0	9	0	logfile
✘	8XUT	38683	2025-06-21	2024-01-14	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25149	3126	6	0	49	0	logfile
✘	8XUR	38681	2025-06-22	2024-01-14	3.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25792	3189	20	0	63	0	logfile
✘	8VML	43359	2025-06-14	2024-01-13	3.5	3.83	3.45	3.7	0.003	0.62	0.0	0.04	14.25	0.00	1.873	5.82	0.55	5.5	94.5	0.0	-1.57	0.57	0.60	0.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14947	1992	7	0	0	0	logfile