Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9B2Z	44118	2025-06-05	2024-03-18	2.83	3.06	2.86	3.0	0.007	0.81	0.0	0.05	15.83	0.01	2.200	8.50	0.18	3.4	96.6	0.0	-0.65	0.64	0.77	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5506	711	4	0	4	0	0	logfile
✘	9EoZ	19870	2025-06-12	2024-03-16	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14100	1033	11	288	0	0	0	logfile
✘	9ENQ	19838	2025-06-05	2024-03-13	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5743	707	6	4	4	7	0	logfile
✘	9ENP	19837	2025-06-10	2024-03-13	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11552	1338	7	48	4	7	0	logfile
✘	8YMP	39402	2025-06-08	2024-03-09	2.6	3.14	2.77	3.2	0.008	1.42	12.0	0.09	25.41	0.01	2.057	14.00	37.57	10.6	87.2	2.2	-3.93	0.45	0.50	1.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9570	1184	4	0	2	0	0	logfile
✘	9AYX	44001	2025-06-21	2024-03-08	3.0	3.22	3.08	3.3	0.004	0.73	0.0	0.05	13.83	0.01	2.313	3.10	0.00	4.0	96.0	0.0	-1.09	0.66	0.79	2.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24813	3123	6	0	30	0	0	logfile
✘	9AU8	43874	2025-06-05	2024-02-28	3.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5393	641	4	15	2	0	0	logfile
✘	8YH6	39282	2025-06-07	2024-02-27	3.62	4.12	—	3.7	0.013	1.51	0.0	0.09	14.43	0.03	2.215	12.85	0.94	4.9	95.0	0.1	-2.37	0.57	0.50	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8706	1104	6	0	1	0	0	logfile
✘	8YGJ	39253	2025-06-19	2024-02-26	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19466	1777	6	241	0	0	0	logfile
✘	9ARF	43780	2025-06-20	2024-02-23	3.13	3.32	3.16	3.3	0.010	1.17	42.0	0.08	11.19	0.01	1.985	8.25	5.16	4.6	95.3	0.1	-3.34	0.69	0.76	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23032	3166	10	0	6	0	0	logfile
✘	8W2Q	43755	2025-06-18	2024-02-21	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20757	2306	7	82	2	0	0	logfile
✘	8W2P	43754	2025-06-18	2024-02-20	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20780	2305	8	82	3	5	0	logfile
✘	8YA0	39087	2025-06-12	2024-02-07	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13920	1755	9	0	4	0	0	logfile
✘	8YA2	39088	2025-06-11	2024-02-07	3.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12899	1624	8	0	4	0	0	logfile
✘	8Y8o	39053	2025-06-18	2024-02-06	2.94	3.07	2.87	3.1	0.034	0.59	0.0	0.03	16.73	0.00	0.000	7.80	1.04	2.4	97.6	0.0	0.25	0.69	0.85	4.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22656	3024	12	0	0	0	0	logfile
✘	8Y8R	39056	2025-06-20	2024-02-06	3.39	3.60	3.30	3.6	0.025	0.66	0.0	0.04	15.54	0.00	0.000	11.10	1.94	3.8	95.8	0.4	-1.54	0.73	0.87	3.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24528	3204	24	0	12	0	0	logfile
✘	8Y8J	39048	2025-06-05	2024-02-06	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5069	608	10	0	18	0	0	logfile
✘	8Y8N	39052	2025-06-20	2024-02-06	3.12	3.25	3.03	3.3	0.018	0.67	0.0	0.04	15.88	0.00	0.000	11.14	0.97	4.5	95.5	0.0	-1.40	0.67	0.84	3.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24168	3204	12	0	0	0	0	logfile
✘	8Y8X	39063	2025-06-18	2024-02-06	2.26	2.31	2.19	2.3	0.018	0.63	0.0	0.04	14.31	0.00	0.000	6.97	1.08	1.6	98.4	0.0	1.31	0.74	0.87	4.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22452	3012	12	0	0	0	0	logfile
✘	8Y8B	39040	2025-06-06	2024-02-06	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7303	902	14	0	26	0	0	logfile

• ← previous
• Page 7 of 40
• next →