Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9BKJ	44642	2025-06-05	2024-04-29	2.59	2.90	2.70	2.9	0.005	0.76	0.0	0.05	12.93	0.00	2.260	9.17	0.71	2.0	97.8	0.2	1.02	0.61	0.68	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6795	891	6	0	1	0	0	logfile
✘	8Z9C	39859	2025-06-19	2024-04-23	3.01	3.22	3.09	3.2	0.009	1.27	0.0	0.07	18.28	0.01	2.128	9.71	0.70	5.4	94.3	0.4	-3.22	0.70	0.81	2.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23182	2727	23	89	9	0	0	logfile
✘	8Z7U	39828	2025-06-04	2024-04-21	3.1	3.31	3.03	3.3	0.014	0.90	1.0	0.05	19.01	0.01	2.218	15.72	0.90	3.1	96.9	0.0	-0.32	0.58	0.82	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3135	387	2	0	1	0	0	logfile
✘	9BH9	44537	2025-06-11	2024-04-19	3.5	3.53	3.41	3.5	0.003	0.68	0.0	0.05	15.03	0.01	2.362	1.75	0.07	0.6	99.4	0.0	-2.11	0.72	0.76	2.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13155	1574	4	50	0	0	0	logfile
✘	9BHA	44538	2025-06-11	2024-04-19	3.5	3.62	3.42	3.6	0.003	0.65	0.0	0.04	15.47	0.01	2.343	1.70	0.00	0.5	99.4	0.1	-1.83	0.72	0.77	2.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13264	1586	4	49	0	0	0	logfile
✘	8Z1C	39722	2025-06-18	2024-04-11	3.15	3.03	3.15	3.2	0.009	1.01	0.0	0.07	16.34	0.01	2.137	14.92	1.14	7.8	92.0	0.2	-1.12	0.57	0.65	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20802	2760	6	0	0	0	0	logfile
✘	9EYK	50056	2025-06-05	2024-04-09	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6639	891	5	8	0	0	0	logfile
✘	9EXP	50043	2025-06-27	2024-04-08	2.85	3.16	2.90	3.2	0.009	0.70	0.0	0.04	11.97	0.00	1.987	5.64	0.00	3.8	96.2	0.0	0.27	0.64	0.83	3.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32064	4136	16	0	16	0	0	logfile
✘	9EXH	50038	2025-06-08	2024-04-08	3.9	4.64	4.04	4.1	0.002	0.41	0.0	0.04	8.92	0.00	2.199	7.78	0.29	3.7	96.3	0.0	0.79	0.92	0.85	1.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9728	1205	1	0	0	0	0	logfile
✘	8YZ5	39685	2025-06-23	2024-04-06	3.93	3.86	3.78	3.8	0.003	0.66	0.0	0.05	12.98	0.01	1.479	16.77	0.07	5.9	94.0	0.1	-1.75	0.44	0.50	0.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27677	3556	7	0	0	0	0	logfile
✘	9EX6	50031	2025-06-11	2024-04-05	2.35	2.22	2.31	2.3	0.006	1.19	0.0	0.09	13.57	0.01	2.343	2.39	0.37	2.3	97.7	0.0	-0.45	0.68	0.85	5.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13115	1550	15	0	35	20	0	logfile
✘	8YYU	39679	2025-06-18	2024-04-04	3.84	15.33	4.83	—	0.013	2.64	142.0	0.12	23.76	0.02	0.002	21.90	8.50	14.7	80.2	5.1	-5.65	0.47	0.09	-1.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20996	2212	12	144	0	0	0	logfile
✘	9BAQ	44411	2025-06-08	2024-04-04	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9733	1153	8	36	2	0	0	logfile
✘	9B8K	44348	2025-06-12	2024-03-30	2.96	2.30	3.08	2.1	0.011	1.26	0.0	0.06	11.29	0.00	2.047	1.95	0.13	2.4	97.3	0.3	0.90	0.71	0.65	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14231	1761	1	0	0	0	0	logfile
✘	9B89	44335	2025-06-06	2024-03-29	3.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7148	817	5	36	6	0	0	logfile
✘	9B87	44334	2025-06-09	2024-03-29	2.65	2.86	2.66	2.9	0.009	1.10	2.0	0.07	14.68	0.01	2.266	3.35	0.62	2.6	97.4	0.0	-0.97	0.61	0.65	1.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10912	1352	4	0	0	0	0	logfile
✘	9B83	44331	2025-06-05	2024-03-28	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6418	735	5	31	6	0	0	logfile
✘	9B84	44332	2025-06-06	2024-03-28	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6982	739	5	58	6	0	0	logfile
✘	9EQ5	19897	2025-06-14	2024-03-20	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15796	2052	8	0	0	0	0	logfile
✘	8YQV	39507	2025-06-25	2024-03-20	2.67	2.93	2.83	3.0	0.006	0.69	0.0	0.05	14.30	0.01	1.905	9.21	0.36	3.9	96.1	0.0	-1.25	0.59	0.84	4.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29637	3717	12	0	5	0	0	logfile

• ← previous
• Page 6 of 40
• next →