cryo-EM Re-Refine

Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	Logfile
✘	9BY3	45019	2025-06-14	2024-05-23	3.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	logfile
✘	9BYG	45030	2025-06-14	2024-05-23	3.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	logfile
✘	9BY8	45021	2025-06-14	2024-05-23	3.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	logfile
✘	9BY7	45020	2025-06-14	2024-05-23	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	logfile
✘	8ZME	60244	2025-06-07	2024-05-23	3.2	2.38	3.21	2.2	0.008	0.87	0.0	0.05	12.33	0.01	2.000	2.58	0.00	4.7	95.3	0.0	-0.71	0.74	0.75	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8687	1143	5	0	0	0	logfile
✘	9BY9	45023	2025-06-14	2024-05-23	4.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	logfile
✘	9BY2	45018	2025-06-14	2024-05-23	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	logfile
✘	9BY1	45017	2025-06-10	2024-05-23	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11522	1394	6	2	6	0	logfile
✘	9BYD	45029	2025-06-14	2024-05-23	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	logfile
✘	9BYA	45024	2025-06-14	2024-05-23	4.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	logfile
✘	8ZKo	60201	2025-06-05	2024-05-17	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6066	772	4	0	3	0	logfile
✘	8ZJM	60150	2025-06-28	2024-05-15	4.52	3.27	4.21	3.6	0.006	0.92	0.0	0.05	14.08	0.01	2.055	50.37	0.00	10.2	89.8	0.0	-2.54	0.85	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32858	4034	6	0	0	0	logfile
✘	8ZJW	60158	2025-06-15	2024-05-15	2.35	2.56	2.35	2.5	0.026	2.28	1.0	0.06	20.98	0.02	2.292	13.66	0.54	1.1	98.9	0.0	3.96	0.71	0.81	3.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14602	1428	56	0	56	0	logfile
✘	8ZJ4	60137	2025-06-07	2024-05-14	2.67	2.69	3.01	1.8	0.005	0.95	1.0	0.07	17.14	0.01	2.083	10.59	2.07	6.1	93.6	0.3	-0.29	0.58	0.47	0.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8734	1070	15	0	35	0	logfile
✘	8ZFL	60064	2025-06-15	2024-05-08	2.61	2.71	2.56	2.8	0.003	0.51	0.0	0.04	16.53	0.00	2.236	3.12	0.69	2.1	97.9	0.0	1.07	0.69	0.87	4.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17070	2060	20	0	25	0	logfile
✘	8ZFM	60065	2025-06-15	2024-05-08	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17120	2060	25	0	30	10	logfile
✘	8ZFE	60058	2025-06-04	2024-05-07	2.56	2.41	2.34	2.2	0.008	0.76	1.0	0.06	12.27	0.01	2.278	10.52	0.48	8.2	91.8	0.0	-2.16	0.80	0.80	3.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2198	293	1	0	0	0	logfile
✘	9F76	50247	2025-06-09	2024-05-03	3.1	2.22	2.66	2.0	0.002	0.53	0.0	0.04	12.28	0.01	2.235	5.77	0.18	2.4	97.6	0.0	1.12	0.81	0.82	2.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10179	1258	1	0	0	0	logfile
✘	8ZDW	60015	2025-06-19	2024-05-03	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22602	2802	33	0	45	0	logfile
✘	9BM2	44685	2025-06-20	2024-05-02	2.82	3.10	2.93	3.2	0.004	0.63	0.0	0.04	14.49	0.00	1.891	7.18	0.00	1.3	98.7	0.0	2.16	0.72	0.89	3.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23046	2859	2	0	6	7	logfile