cryo-EM Re-Refine

Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9CEY	45523	2025-06-12	2024-06-27	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13829	607	6	121	3	3	6298	logfile
✘	9CEU	45519	2025-06-11	2024-06-27	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13398	607	5	108	1	0	6141	logfile
✘	9CEV	45520	2025-06-12	2024-06-27	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14047	600	6	131	3	3	6353	logfile
✘	9CEZ	45524	2025-06-11	2024-06-27	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13540	600	6	115	3	3	6178	logfile
✘	9CEW	45521	2025-06-13	2024-06-27	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15163	600	7	166	3	0	6758	logfile
✘	9iK9	60651	2025-06-15	2024-06-26	3.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16993	1124	9	0	6	0	8388	logfile
✘	9CDC	45467	2025-06-10	2024-06-24	3.08	3.33	3.12	3.4	0.102	1.66	0.0	0.21	26.76	0.01	0.000	21.66	1.95	5.0	95.0	0.0	0.78	0.48	0.62	2.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11410	1200	10	0	40	100	0	logfile
✘	9CDE	45469	2025-06-05	2024-06-24	3.44	3.63	3.44	3.7	0.012	1.15	0.0	0.08	25.59	0.01	2.031	23.67	1.46	7.1	92.9	0.0	1.12	0.56	0.72	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6822	720	6	0	24	36	0	logfile
✘	9CB3	45413	2025-06-05	2024-06-18	3.47	3.78	3.64	3.8	0.015	1.61	1.0	0.05	18.76	0.01	1.293	12.53	1.46	5.0	95.0	0.0	0.03	0.57	0.68	1.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4995	672	3	0	0	0	0	logfile
✘	8ZYC	60561	2025-06-06	2024-06-17	2.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7058	728	6	73	2	0	0	logfile
✘	8ZYD	60562	2025-06-06	2024-06-17	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7058	728	6	73	2	0	0	logfile
✘	9C9Y	45376	2025-06-05	2024-06-16	3.35	2.51	3.35	2.2	0.005	0.66	0.0	0.04	16.02	0.01	2.041	6.79	0.15	6.0	93.9	0.1	-0.01	0.77	0.79	2.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6225	773	4	8	2	0	0	logfile
✘	9C53	45196	2025-06-07	2024-06-05	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9060	1011	6	50	2	0	0	logfile
✘	9C52	45195	2025-06-08	2024-06-05	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9167	1011	6	55	2	0	0	logfile
✘	9C51	45194	2025-06-08	2024-06-05	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9235	1010	5	58	2	0	0	logfile
✘	9FM6	50549	2025-06-19	2024-06-05	2.2	2.31	2.22	2.3	0.009	1.16	0.0	0.06	10.57	0.01	2.516	0.38	0.57	1.5	98.5	0.0	1.39	0.48	0.77	6.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22743	2884	7	0	0	0	0	logfile
✘	9FKN	50523	2025-06-06	2024-06-03	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7921	508	3	0	1	0	3969	logfile
✘	9FJR	50510	2025-06-21	2024-05-31	3.43	3.76	3.53	3.7	0.003	0.57	0.0	0.04	14.25	0.00	1.964	5.67	0.18	2.9	97.1	0.0	0.86	0.78	0.85	1.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25383	3229	8	10	3	0	0	logfile
✘	9BY1	45017	2025-06-10	2024-05-23	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11522	1394	6	2	6	0	0	logfile
✘	9BYA	45024	2025-06-14	2024-05-23	4.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16036	1944	8	2	10	0	0	logfile