Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	9J1J	61073	2025-06-17	2024-08-05	3.42	4.26	3.58	3.9	0.004	0.83	0.0	0.05	17.34	0.00	2.057	15.01	0.33	6.6	93.1	0.3	-1.07	0.84	0.85	1.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19944	2616	18	0	0	0	0	logfile
✘	9J16	61069	2025-06-06	2024-08-03	3.4	3.63	3.45	3.6	0.007	0.97	0.0	0.06	9.60	0.01	2.342	1.46	0.00	8.2	91.8	0.0	-6.55	0.61	0.83	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7458	1008	6	2	0	2	0	logfile
✘	9GCU	51237	2025-06-17	2024-08-02	2.8	3.33	2.68	3.1	0.003	0.67	0.0	0.04	13.27	0.00	2.040	12.45	0.09	2.0	98.0	0.0	0.35	0.86	0.85	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20023	2508	16	0	10	83	0	logfile
✘	9CYT	46049	2025-06-28	2024-08-02	3.7	3.06	3.50	3.0	0.004	0.63	0.0	0.05	14.10	0.01	2.137	6.34	0.21	4.0	96.0	0.0	-0.18	0.41	0.78	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	33991	4390	10	0	0	0	0	logfile
✘	9CXB	45984	2025-06-12	2024-07-31	3.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14479	1749	16	0	22	0	0	logfile
✘	9GBV	51222	2025-06-27	2024-07-31	2.32	3.81	—	1.7	0.002	0.44	0.0	0.04	18.69	0.00	2.243	3.96	0.18	2.6	97.4	0.0	0.74	0.92	0.84	3.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	31890	3236	8	318	2	0	0	logfile
✘	9iY8	60990	2025-06-07	2024-07-30	3.01	2.61	3.04	3.1	0.003	0.79	0.0	0.05	16.61	0.01	2.102	16.87	0.30	4.4	95.6	0.0	0.01	0.82	0.83	1.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9014	1141	5	0	0	0	0	logfile
✘	9CTR	45916	2025-06-14	2024-07-25	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15623	1880	10	0	9	0	0	logfile
✘	9CU6	45929	2025-06-20	2024-07-25	3.3	3.72	3.36	3.7	0.007	1.19	0.0	0.07	14.82	0.01	2.144	3.14	0.20	4.2	95.8	0.0	0.59	0.67	0.82	3.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23631	2874	28	0	77	0	0	logfile
✘	9CTQ	45915	2025-06-13	2024-07-25	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15630	1880	10	0	10	0	0	logfile
✘	9CTS	45917	2025-06-14	2024-07-25	2.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15623	1880	10	0	9	0	0	logfile
✘	9iW0	60937	2025-06-19	2024-07-24	3.24	2.29	3.15	1.6	0.005	0.72	3.0	0.05	16.70	0.01	2.203	9.10	1.54	4.3	95.4	0.2	-0.85	0.80	0.80	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22122	2781	3	0	0	0	0	logfile
✘	9iTo	60873	2025-06-08	2024-07-20	3.3	3.92	3.45	3.7	0.008	0.70	0.0	0.05	16.53	0.01	2.264	8.84	0.95	3.9	96.1	0.0	0.55	0.63	0.80	0.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9987	1378	16	0	0	0	0	logfile
✘	9iRX	60824	2025-06-04	2024-07-16	3.0	3.17	2.77	3.2	0.009	0.58	0.0	0.03	11.28	0.00	2.197	7.04	0.56	2.4	97.6	0.0	2.29	0.65	0.82	3.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3509	469	2	0	1	0	0	logfile
✘	9CMH	45748	2025-06-04	2024-07-15	4.0	4.53	4.01	4.1	0.004	0.87	0.0	0.05	14.79	0.00	2.092	27.43	0.77	5.8	94.2	0.0	-1.26	0.61	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3553	466	2	0	0	0	0	logfile
✘	9CHU	45602	2025-06-06	2024-07-02	3.49	3.92	3.50	3.9	0.008	0.89	3.0	0.06	16.11	0.01	2.165	7.85	0.41	6.6	93.4	0.0	-1.06	0.71	0.80	2.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7009	887	5	0	2	0	0	logfile
✘	9CGi	45580	2025-06-13	2024-06-29	2.92	3.60	3.10	3.4	0.005	0.88	2.0	0.05	12.93	0.01	2.249	3.35	0.24	2.3	97.7	0.0	-0.05	0.85	0.88	3.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14751	1839	5	0	0	0	0	logfile
✘	9CEZ	45524	2025-06-11	2024-06-27	3.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13540	600	6	115	3	3	6178	logfile
✘	9CEU	45519	2025-06-11	2024-06-27	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13398	607	5	108	1	0	6141	logfile
✘	9CET	45518	2025-06-12	2024-06-27	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14090	596	5	134	1	0	6375	logfile

• ← previous
• Page 3 of 40
• next →