cryo-EM Re-Refine

Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# H	Logfile
✘	9HBX	52033	2025-06-05	2024-11-08	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5261	630	5	22	0	0	logfile
✘	9HBR	52027	2025-06-05	2024-11-08	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5236	625	5	22	0	0	logfile
✘	9HBW	52032	2025-06-09	2024-11-08	3.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10702	1259	8	54	0	0	logfile
✘	9E6N	47573	2025-06-14	2024-10-30	2.8	3.68	2.85	3.4	0.003	0.50	0.0	0.04	14.95	0.00	1.976	4.64	0.41	1.4	98.6	0.0	0.67	0.74	0.85	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16522	2085	18	18	12	0	logfile
✘	9DYJ	47306	2025-06-12	2024-10-14	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14391	1735	10	0	11	0	logfile
✘	9DYi	47305	2025-06-13	2024-10-14	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15521	1885	15	0	6	0	logfile
✘	9DYN	47310	2025-06-12	2024-10-14	2.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14391	1735	10	0	11	0	logfile
✘	9JUL	61829	2025-06-07	2024-10-08	3.1	3.11	3.25	3.2	0.005	0.76	0.0	0.05	14.49	0.01	2.238	12.44	0.74	5.3	94.7	0.0	0.64	0.65	0.81	2.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9005	1165	2	0	1	0	logfile
✘	9DRX	47132	2025-06-15	2024-09-26	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17398	2121	17	0	25	0	logfile
✘	9DPL	47106	2025-06-16	2024-09-22	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10555	1092	10	76	6	0	logfile
✘	9DPB	47101	2025-06-15	2024-09-20	2.9	3.52	2.89	3.3	0.005	0.77	0.0	0.04	19.84	0.00	2.231	9.93	1.45	3.3	96.7	0.0	-0.31	0.83	0.76	3.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9836	1013	8	73	7	0	logfile
✘	9JLN	61591	2025-06-04	2024-09-19	2.84	3.29	2.98	3.3	0.004	0.66	0.0	0.04	16.02	0.00	2.219	6.62	0.00	3.1	96.9	0.0	1.28	0.55	0.74	2.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4295	521	2	0	9	0	logfile
✘	9GSZ	51559	2025-06-05	2024-09-16	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6018	383	2	0	1	3051	logfile
✘	9DiS	46917	2025-06-05	2024-09-05	2.51	2.72	2.54	2.7	0.003	0.56	0.0	0.04	12.98	0.00	2.190	10.64	0.00	2.6	97.4	0.0	0.26	0.62	0.76	5.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5721	741	2	0	0	0	logfile
✘	9JDM	61396	2025-06-18	2024-08-31	3.13	3.33	3.16	3.3	0.002	0.51	0.0	0.03	19.02	0.00	2.032	6.95	0.00	7.1	92.9	0.0	-1.89	0.67	0.79	2.02	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20992	2440	8	0	28	0	logfile
✘	9J8V	61241	2025-06-12	2024-08-21	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13498	1677	3	2	0	0	logfile
✘	9D43	46548	2025-06-08	2024-08-12	3.39	4.23	3.39	3.8	0.002	0.48	0.0	0.04	15.66	0.00	2.206	5.57	0.09	3.6	96.4	0.0	1.93	0.90	0.84	1.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9754	1189	1	0	0	0	logfile
✘	9J53	61141	2025-06-05	2024-08-11	3.3	3.55	3.36	3.5	0.003	0.57	0.0	0.04	14.75	0.00	2.117	11.26	4.13	8.6	91.4	0.0	-0.49	0.49	0.71	1.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6598	764	4	0	6	0	logfile
✘	9D2i	46497	2025-06-07	2024-08-08	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9053	1010	6	50	2	0	logfile
✘	9J35	61106	2025-06-15	2024-08-07	2.71	2.86	2.75	2.9	0.014	1.44	4.0	0.07	15.06	0.01	2.161	4.58	0.76	7.4	92.5	0.0	-5.07	0.70	0.83	3.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16960	2092	4	0	0	0	logfile