Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8QCZ	18338	2025-06-04	2023-08-28	3.1	3.56	3.08	3.4	0.004	0.63	0.0	0.04	15.35	0.00	2.259	7.43	0.00	1.9	98.1	0.0	0.21	0.49	0.81	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3316	421	2	0	1	0	0	logfile
✘	8KiE	37258	2025-06-10	2023-08-23	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12424	600	5	361	30	0	0	logfile
✘	8TTB	41604	2025-06-19	2023-08-13	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21924	1376	5	0	2	0	10922	logfile
✘	8KD9	37128	2025-06-19	2023-08-09	2.87	2.59	2.74	2.6	0.003	0.58	0.0	0.04	23.78	0.00	2.203	13.96	8.49	3.7	96.3	0.0	-0.48	0.56	0.71	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23723	2228	17	365	0	0	0	logfile
✘	8KD5	37125	2025-06-23	2023-08-09	2.9	3.00	2.85	3.0	0.003	0.75	0.0	0.04	24.46	0.01	2.044	8.17	0.54	4.3	95.6	0.1	-1.18	0.76	0.74	1.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26908	2502	17	319	1	0	0	logfile
✘	8TRB	41576	2025-06-23	2023-08-09	2.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27145	1662	9	3	31	312	13065	logfile
✘	8TR5	41570	2025-06-23	2023-08-09	2.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26782	1659	12	3	31	204	12924	logfile
✘	8KC2	37090	2025-06-05	2023-08-05	2.6	2.24	2.62	2.0	0.006	0.77	0.0	0.05	14.84	0.01	1.829	5.70	0.87	6.9	93.0	0.1	-0.90	0.79	0.81	3.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6471	790	4	0	5	0	0	logfile
✘	8K9L	36990	2025-06-07	2023-08-01	3.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8919	1142	9	0	3	0	0	logfile
✘	8K9K	36989	2025-06-07	2023-08-01	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8923	1142	8	0	2	0	0	logfile
✘	8TMJ	41391	2025-06-16	2023-07-29	3.2	3.29	3.34	3.2	0.003	0.59	0.0	0.04	15.08	0.00	2.174	9.70	0.00	3.3	96.6	0.1	1.53	0.62	0.80	2.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17758	2165	11	0	3	0	0	logfile
✘	8TKQ	41357	2025-06-14	2023-07-25	2.5	2.25	2.47	2.0	0.007	0.66	0.0	0.04	13.51	0.00	2.166	6.40	0.00	1.9	98.1	0.0	-1.02	0.78	0.80	4.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15950	2024	11	0	0	0	0	logfile
✘	8TJo	41306	2025-06-19	2023-07-23	3.61	4.67	3.63	3.6	0.003	0.69	1.0	0.04	16.36	0.00	2.075	11.63	2.78	8.9	90.8	0.3	-1.32	0.87	0.81	1.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22287	2992	6	0	0	0	0	logfile
✘	8K46	36878	2025-06-25	2023-07-17	3.37	3.91	3.31	3.6	0.007	0.95	2.0	0.07	19.29	0.02	2.197	18.65	6.08	11.2	87.1	1.7	-2.62	0.84	0.85	1.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28908	3620	21	0	49	0	0	logfile
✘	8PTo	17876	2025-06-16	2023-07-14	2.7	3.36	2.83	3.1	0.003	0.43	0.0	0.04	10.47	0.00	2.212	6.93	2.40	1.4	98.6	0.0	1.31	0.89	0.90	3.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19124	2418	12	0	3	0	0	logfile
✘	8PTN	17875	2025-06-19	2023-07-14	3.3	3.95	3.35	3.6	0.003	0.71	0.0	0.04	15.97	0.00	2.077	13.07	0.48	1.7	98.2	0.0	0.48	0.89	0.82	1.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22976	2918	11	0	0	0	0	logfile
✘	8PR3	17833	2025-06-16	2023-07-12	3.9	4.21	3.81	4.0	0.006	1.08	0.0	0.05	17.80	0.01	2.278	6.13	0.67	3.0	96.9	0.0	-1.20	0.80	0.83	1.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17888	2221	9	0	0	0	0	logfile
✘	8K19	36789	2025-06-04	2023-07-10	3.88	6.15	5.33	4.1	0.014	1.84	2.0	0.10	13.09	0.03	1.496	4.27	0.57	4.7	94.6	0.7	-1.84	0.64	0.53	0.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3224	414	3	0	0	0	0	logfile
✘	8K1D	36792	2025-06-05	2023-07-10	3.53	3.93	3.64	4.0	0.003	0.71	0.0	0.04	16.89	0.00	2.230	11.65	0.57	1.4	98.6	0.0	1.26	0.46	0.68	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4902	610	2	0	0	0	0	logfile
✘	8PQ8	17821	2025-06-16	2023-07-10	3.21	3.58	3.25	3.6	0.011	1.49	0.0	0.09	12.41	0.00	2.394	1.65	0.00	0.8	99.2	0.0	-0.24	0.69	0.82	3.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18936	2304	36	0	0	162	0	logfile

• ← previous
• Page 13 of 40
• next →