Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8JXi	36702	2025-06-10	2023-06-30	3.4	3.08	3.40	3.3	0.007	0.92	0.0	0.06	16.69	0.01	2.126	7.87	2.07	6.9	93.0	0.1	-0.57	0.71	0.79	2.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11506	1421	11	0	53	0	0	logfile
✘	8PNP	17782	2025-06-12	2023-06-30	2.49	2.59	2.43	2.6	0.003	0.50	0.0	0.04	18.52	0.00	2.019	4.32	1.24	2.2	97.7	0.1	0.87	0.81	0.91	3.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14460	1715	9	29	0	43	0	logfile
✘	8PHo	17669	2025-06-27	2023-06-20	2.34	2.07	2.31	2.2	0.005	0.77	0.0	0.06	13.64	0.01	2.128	1.78	0.00	1.0	99.0	0.0	-0.02	0.73	0.85	3.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32172	3804	24	0	0	720	0	logfile
✘	8JSP	36626	2025-06-07	2023-06-20	3.65	3.82	3.54	3.8	0.006	0.79	0.0	0.05	14.06	0.00	2.204	13.73	0.86	5.9	94.1	0.0	-0.89	0.61	0.71	1.51	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8599	1102	6	0	1	0	0	logfile
✘	8JPo	36485	2025-06-10	2023-06-12	3.4	3.43	3.15	3.4	0.004	0.63	0.0	0.04	12.94	0.00	2.267	6.38	0.00	2.8	97.2	0.0	0.44	0.75	0.90	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11476	1466	4	0	8	0	0	logfile
✘	8T50	41041	2025-06-11	2023-06-12	3.6	4.00	3.62	3.9	0.003	0.67	0.0	0.04	14.50	0.00	2.194	7.66	0.47	3.5	96.5	0.0	2.00	0.60	0.64	1.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12720	1896	8	0	4	0	0	logfile
✘	8PC6	17595	2025-06-11	2023-06-09	3.04	3.48	3.06	3.1	0.004	0.68	0.0	0.04	28.54	0.01	2.142	7.87	0.13	2.2	97.8	0.0	0.83	0.89	0.83	2.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13493	939	12	294	0	0	0	logfile
✘	8PBB	17583	2025-06-11	2023-06-09	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13334	1684	6	0	2	0	0	logfile
✘	8PBD	17585	2025-06-22	2023-06-09	2.83	3.29	3.26	3.3	0.007	0.52	0.0	0.04	15.39	0.00	2.152	5.21	1.92	6.2	93.5	0.3	-4.28	0.59	0.82	4.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26366	3254	31	54	30	0	0	logfile
✘	8PBL	17586	2025-06-23	2023-06-09	2.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26261	3171	10	68	3	0	0	logfile
✘	8PB1	17580	2025-06-05	2023-06-08	3.5	3.99	3.47	3.7	0.005	0.89	0.0	0.06	15.49	0.01	2.253	6.71	0.26	3.7	96.3	0.0	-0.98	0.75	0.78	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6652	829	8	0	8	1	0	logfile
✘	8P7C	17529	2025-06-12	2023-05-30	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14275	1381	12	166	8	2	0	logfile
✘	8P7B	17528	2025-06-11	2023-05-30	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12363	1142	10	161	7	2	0	logfile
✘	8P7D	17530	2025-06-08	2023-05-30	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9686	1007	6	83	4	1	0	logfile
✘	8JJ8	36342	2025-06-04	2023-05-29	3.2	3.51	3.43	3.5	0.005	0.90	0.0	0.05	15.21	0.00	2.107	14.28	1.86	6.7	93.3	0.0	0.54	0.51	0.75	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3023	375	2	0	1	0	0	logfile
✘	8JJ3	36339	2025-06-13	2023-05-29	2.6476	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14635	1560	15	0	50	265	0	logfile
✘	8JiT	36327	2025-06-08	2023-05-27	2.91	3.75	2.95	3.5	0.006	0.79	1.0	0.05	14.72	0.00	2.204	30.83	4.69	5.5	94.0	0.5	-0.47	0.69	0.80	2.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9193	1176	7	0	1	0	0	logfile
✘	8SYo	40886	2025-06-08	2023-05-25	2.94	2.44	—	2.1	0.004	0.62	0.0	0.04	13.19	0.00	2.182	9.38	0.00	2.7	97.3	0.0	0.88	0.77	0.76	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10069	1259	3	0	0	0	0	logfile
✘	8SY7	40864	2025-06-18	2023-05-24	2.65	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21159	2737	16	43	3	413	0	logfile
✘	8SY5	40862	2025-06-18	2023-05-24	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21411	2682	16	45	3	375	0	logfile

• ← previous
• Page 14 of 40
• next →