Table showing results for June 2025

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8SXG	40851	2025-06-10	2023-05-22	4.14	4.41	4.03	4.2	0.002	0.50	0.0	0.04	14.01	0.00	1.889	8.99	0.00	3.3	96.7	0.0	0.78	0.83	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11372	1477	5	0	6	0	0	logfile
✘	8SXi	40853	2025-06-16	2023-05-22	4.5	4.37	4.46	4.3	0.006	1.01	0.0	0.06	14.40	0.01	1.987	5.43	0.05	6.2	93.4	0.4	-1.44	0.60	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19257	2439	12	0	0	0	0	logfile
✘	8JGK	36237	2025-06-18	2023-05-21	4.04	4.09	3.96	4.1	0.003	0.56	0.0	0.04	14.40	0.00	1.966	12.26	0.00	3.7	96.3	0.0	0.73	0.54	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21650	1368	4	0	2	0	10850	logfile
✘	8SX9	40828	2025-06-16	2023-05-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18596	1153	1	0	0	0	9418	logfile
✘	8SXA	40829	2025-06-16	2023-05-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18596	1153	1	0	0	0	9418	logfile
✘	8JEV	36200	2025-06-15	2023-05-16	3.06	3.54	3.27	3.5	0.007	0.73	0.0	0.04	14.19	0.01	1.812	14.57	0.00	5.3	94.6	0.2	-0.33	0.55	0.72	2.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17598	1112	6	0	6	2	8852	logfile
✘	8JF1	36206	2025-06-15	2023-05-16	2.85	2.80	2.84	3.0	0.091	2.85	0.0	0.08	14.78	0.01	0.001	6.41	0.71	2.6	97.4	0.0	-1.90	0.66	0.83	4.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16884	2052	8	0	32	8	0	logfile
✘	8SQJ	40707	2025-06-22	2023-05-04	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26058	1486	17	85	3	139	12403	logfile
✘	8SQB	40701	2025-06-11	2023-05-04	3.8	4.16	3.89	4.1	0.008	0.84	0.0	0.05	14.86	0.00	1.936	33.89	1.02	19.3	80.6	0.1	-5.64	0.69	0.70	1.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12991	1676	6	0	0	0	0	logfile
✘	8SQK	40708	2025-06-22	2023-05-04	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25574	1487	16	70	3	131	12229	logfile
✘	8So3	40646	2025-06-15	2023-04-28	3.61	3.84	3.58	3.8	0.006	0.85	1.0	0.05	13.96	0.01	1.821	10.38	0.68	6.5	93.4	0.2	-1.49	0.73	0.72	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16718	1205	8	0	4	0	7947	logfile
✘	8oVK	17218	2025-06-04	2023-04-26	2.88	3.04	1.81	3.2	0.012	1.80	0.0	0.11	14.99	0.01	2.386	4.35	12.90	5.3	94.7	0.0	-1.83	0.53	0.84	5.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3060	400	10	0	0	0	0	logfile
✘	8SNA	40618	2025-06-12	2023-04-26	4.0	4.05	3.93	3.9	0.004	0.59	0.0	0.03	25.68	0.00	2.125	10.00	0.00	3.3	96.7	0.0	1.91	0.85	0.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14591	1076	14	294	2	0	0	logfile
✘	8J47	35972	2025-06-04	2023-04-19	2.5	2.05	2.31	2.2	0.004	0.74	0.0	0.06	18.27	0.00	2.518	4.26	2.38	9.3	90.7	0.0	-2.51	0.30	0.75	4.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2080	290	10	0	0	0	0	logfile
✘	8oSK	17157	2025-06-12	2023-04-19	3.6	4.91	—	3.0	0.009	1.12	0.0	0.06	24.39	0.01	2.263	0.52	0.00	0.3	99.7	0.0	1.80	0.86	0.79	0.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13995	1343	12	248	0	0	0	logfile
✘	8J26	35945	2025-06-05	2023-04-14	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5406	427	6	90	1	0	0	logfile
✘	8J23	35943	2025-06-07	2023-04-14	3.2	2.25	3.17	2.1	0.002	0.57	2.0	0.06	17.34	0.01	2.116	7.78	0.43	3.3	96.5	0.2	0.73	0.74	0.74	1.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8596	1101	5	0	0	0	0	logfile
✘	8J1Q	35930	2025-06-05	2023-04-13	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5447	427	6	90	1	0	0	logfile
✘	8J1P	35929	2025-06-10	2023-04-13	3.31	3.00	3.43	3.3	0.003	0.81	0.0	0.05	12.57	0.00	2.158	15.88	0.00	5.2	94.7	0.1	-1.52	0.79	0.70	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11523	1458	4	0	0	0	0	logfile
✘	8SEX	40432	2025-06-18	2023-04-10	2.84	2.99	2.85	3.0	0.005	0.60	0.0	0.04	12.77	0.01	0.419	6.47	2.15	2.8	97.1	0.2	1.60	0.63	0.81	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20568	2504	8	0	8	0	0	logfile

• ← previous
• Page 15 of 40
• next →